genome.fa.s135.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold135
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  369576

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
390--675	156	1.8	155	85	3	405	27	12	17	42	1.85
645--810	88	1.9	88	88	1	253	30	10	16	41	1.83
17270--17319	20	2.5	20	100	0	100	34	14	16	36	1.88
17380--17418	13	3.0	13	80	0	51	33	17	15	33	1.92
17414--17487	24	3.1	24	88	0	103	50	6	16	27	1.70
20455--20511	21	2.7	21	82	15	73	22	26	1	49	1.60
22645--22684	14	2.9	14	92	0	62	42	5	22	30	1.75
26215--26239	8	3.1	8	100	0	50	88	0	12	0	0.53
27456--28118	32	20.9	32	80	7	569	30	33	17	18	1.94
27456--28118	64	10.5	64	82	6	631	30	33	17	18	1.94
27455--28118	96	7.0	94	81	7	675	30	33	17	18	1.94
27456--28118	318	2.1	317	86	3	906	30	33	17	18	1.94
28458--28597	52	2.7	52	84	6	185	22	25	17	35	1.95
28347--28672	165	2.0	165	80	6	365	21	24	17	36	1.94
29381--29453	20	3.6	21	83	9	89	43	12	13	30	1.81
29478--29536	22	2.8	20	80	9	73	40	8	10	40	1.69
29574--29627	20	2.7	20	100	0	108	31	18	11	38	1.86
33585--33610	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
34794--34946	77	2.0	76	94	1	270	37	13	18	30	1.90
37280--37322	20	2.2	19	83	8	50	37	2	9	51	1.47
43687--43915	108	2.1	108	84	4	302	33	15	26	25	1.95
43766--43837	28	2.6	27	82	4	81	31	19	26	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43792--43950	80	2.0	80	82	2	194	36	13	23	26	1.92
47226--47324	51	1.9	51	87	0	144	41	7	21	30	1.79
47260--47931	79	8.4	79	80	8	642	38	12	20	27	1.90
47257--47931	158	4.2	158	80	7	748	38	12	20	28	1.90
47475--47735	91	3.0	91	81	9	278	36	15	20	27	1.93
47269--47894	328	1.9	328	86	3	895	37	13	20	28	1.90
50215--50273	20	2.8	22	80	12	70	42	11	16	28	1.84
50818--50874	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
50798--50898	32	3.1	32	95	1	175	35	11	16	35	1.86
50795--50893	19	5.9	17	71	28	79	35	12	16	36	1.85
50936--50960	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
50969--51149	52	3.5	52	91	0	290	35	16	18	29	1.93
66368--66688	30	10.7	29	76	8	202	28	28	16	26	1.97
66362--66533	86	2.0	87	87	1	247	28	30	16	24	1.97
66519--66586	35	2.0	34	88	2	100	19	29	11	39	1.87
66583--66734	28	5.3	28	84	5	173	36	28	15	19	1.92
66754--67093	48	7.0	49	82	5	393	24	26	17	31	1.97
66754--67038	149	1.9	148	91	0	471	24	25	18	31	1.97
67837--67893	13	3.9	13	72	24	51	35	15	15	33	1.90
67817--67917	32	3.1	32	92	1	166	35	12	15	35	1.86
67814--67912	19	5.9	17	69	28	70	35	13	15	36	1.86
67955--67979	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68039--68115	32	2.4	32	93	0	127	33	20	18	27	1.96
67988--68148	84	1.9	84	94	0	286	34	19	18	27	1.95
72998--73023	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
75975--76087	50	2.3	50	87	6	167	25	19	15	39	1.90
78430--78837	79	5.2	78	83	5	473	28	24	14	32	1.94
78425--78837	158	2.6	157	84	3	551	28	23	14	33	1.94
78797--78867	28	2.5	28	93	0	124	25	23	19	30	1.98
78721--78948	106	2.1	107	87	2	343	28	25	14	32	1.94
78641--79027	185	2.1	186	88	1	580	27	24	14	32	1.94
78827--79438	79	7.7	79	81	3	613	28	24	12	33	1.92
78579--79102	264	2.0	265	84	4	702	28	23	14	33	1.94
78482--79155	343	2.0	344	87	3	991	28	24	13	33	1.94
78826--79438	237	2.6	237	82	5	706	28	24	13	33	1.93
79657--79705	23	2.2	22	81	3	53	14	2	16	67	1.33
80889--80914	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
88982--89028	22	2.1	22	92	0	76	34	4	21	40	1.73
89599--89625	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
89609--89665	19	2.9	19	78	2	69	31	15	17	35	1.92
89695--89759	33	2.0	33	82	11	80	35	13	16	33	1.89
99144--99210	1	67.0	1	72	0	53	86	5	4	2	0.77
99161--99194	12	2.9	12	95	4	61	88	11	0	0	0.52
99146--99210	19	3.3	19	84	4	76	86	6	4	3	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99185--99222	16	2.4	15	87	12	58	84	0	15	0	0.63
99145--99222	7	11.6	7	83	5	63	84	5	7	2	0.84
100600--100626	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
100672--100727	19	2.9	19	86	2	67	35	16	12	35	1.86
100695--100766	20	3.7	18	78	12	72	41	15	15	27	1.87
101654--101720	33	2.0	33	88	0	98	26	16	31	25	1.96
103641--103699	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
103980--104005	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
106585--106635	13	3.9	13	97	0	93	31	15	17	35	1.92
108715--108745	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
110548--110592	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
112971--113052	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
113035--113204	51	3.3	50	78	8	180	34	11	25	28	1.91
115730--115755	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
115709--115775	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
115795--115862	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
115817--115841	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
115798--115860	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
115917--115973	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
116584--117314	55	13.3	55	91	4	1117	19	20	30	28	1.97
207012--207065	20	2.7	21	80	8	67	29	18	16	35	1.93
207092--207129	20	1.9	20	100	0	76	26	15	13	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207219--207270	20	2.6	20	84	0	77	40	15	9	34	1.80
207829--208340	61	8.4	62	86	3	596	25	26	19	28	1.98
207831--208351	183	2.8	181	85	5	672	26	25	19	28	1.98
208323--208553	42	5.4	42	79	5	189	22	25	12	39	1.89
211764--211834	27	2.6	27	95	0	124	23	42	19	14	1.88
215088--215280	78	2.5	79	83	8	234	27	25	13	32	1.94
215165--215404	127	1.9	128	82	7	310	26	24	13	35	1.93
215288--215998	79	9.0	79	84	2	759	27	25	13	32	1.94
215092--215486	206	1.9	205	82	5	494	27	25	13	32	1.94
215288--215998	237	3.0	235	83	2	895	27	25	13	32	1.94
218277--218326	7	6.7	7	79	20	57	86	12	0	2	0.67
218255--218338	27	3.0	26	77	16	80	80	15	2	1	0.87
218276--218338	18	3.3	18	75	22	58	84	12	1	1	0.78
219583--219808	33	6.8	33	86	2	301	18	29	14	37	1.91
219583--219808	67	3.4	66	88	1	319	18	29	14	37	1.91
219589--219808	100	2.2	98	87	3	307	18	29	14	37	1.91
219602--219898	100	3.0	100	81	7	292	20	29	13	36	1.91
219660--220739	33	34.4	33	72	14	469	21	32	12	33	1.90
219901--219958	27	2.1	28	84	12	77	27	27	12	32	1.92
219993--220183	35	6.2	28	73	18	107	23	35	10	30	1.88
219999--220095	35	2.8	35	93	0	176	25	39	9	25	1.86
220072--220618	61	8.8	60	74	11	390	21	32	12	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220233--220760	27	17.5	27	69	19	196	21	31	12	34	1.91
220090--220630	95	5.8	92	76	10	471	21	31	12	34	1.90
220400--220479	32	2.5	33	83	2	99	23	26	10	40	1.86
220279--220585	127	2.5	126	79	5	304	21	30	12	35	1.90
220279--220618	59	5.5	59	76	9	322	21	30	12	35	1.91
220246--220603	186	1.9	186	86	2	504	21	30	12	35	1.90
220465--220760	148	2.0	148	85	2	398	21	32	13	32	1.93
220585--220757	60	2.9	61	82	7	208	21	32	13	31	1.93
220769--220844	29	2.5	31	82	12	102	32	30	18	18	1.95
220505--220827	148	2.2	145	79	6	319	23	32	14	29	1.94

Tables:   1   2   3