genome.fa.s135.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold135
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  369576

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 241 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220876--221369	52	10.7	43	73	14	303	26	26	17	30	1.97
220956--221077	43	3.0	40	81	6	138	26	26	19	27	1.99
221000--221574	52	11.8	49	75	11	434	26	25	15	32	1.96
221231--221366	49	3.0	45	85	10	186	25	25	18	30	1.98
221520--221653	61	2.2	61	80	0	160	23	23	11	41	1.87
222381--222434	19	2.8	20	91	2	83	37	12	11	38	1.79
224672--224726	27	2.0	27	100	0	110	21	36	18	23	1.95
224868--225717	302	2.8	302	97	0	1587	29	14	15	40	1.87
225486--225977	256	1.9	256	97	0	939	27	16	15	41	1.88
229412--229459	21	2.3	20	82	13	53	56	14	0	29	1.39
229427--229459	7	4.7	7	100	0	66	57	12	0	30	1.35
230003--230043	12	3.7	12	78	18	52	0	21	0	78	0.76
230003--230056	21	2.6	20	85	5	72	0	22	1	75	0.89
230327--230876	166	3.4	165	77	11	414	50	8	9	31	1.65
232020--232375	166	2.1	168	78	7	384	42	11	26	19	1.85
231839--232430	84	7.1	83	74	7	347	42	12	25	20	1.86
232499--232757	40	6.4	40	79	6	238	42	15	24	16	1.87
232468--232716	81	3.1	81	83	3	281	42	16	24	16	1.88
232526--232757	120	1.9	121	87	2	342	42	15	25	17	1.88
233474--233723	89	2.8	89	84	6	312	30	13	25	30	1.94
239076--239109	17	2.0	17	88	0	50	50	23	0	26	1.50
239670--239971	167	1.8	167	91	0	496	29	12	18	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240786--241303	155	3.3	156	80	5	550	24	15	20	39	1.91
241344--241387	22	2.0	22	95	0	79	25	9	29	36	1.86
248770--248884	51	2.3	51	87	1	169	28	14	12	44	1.81
251050--251269	99	2.2	100	89	0	325	28	25	11	35	1.91
253874--253922	15	3.3	15	81	18	66	0	18	0	81	0.69
261357--261381	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
261428--261483	19	2.9	19	75	2	58	33	16	14	35	1.88
267331--267404	20	3.7	20	87	3	105	37	14	13	33	1.86
268183--268465	153	1.8	152	79	8	324	39	19	15	25	1.90
272194--272236	11	3.6	11	87	12	59	74	0	11	13	1.07
272194--272236	14	3.5	12	90	9	61	74	0	11	13	1.07
282810--282921	56	2.0	56	92	0	188	34	15	21	28	1.94
284070--284127	9	6.6	9	76	11	57	82	13	3	0	0.79
284075--284135	21	3.0	20	77	17	70	81	13	3	1	0.88
284272--284301	15	1.9	16	93	6	53	30	33	20	16	1.94
285579--285752	28	6.2	28	82	5	199	34	29	14	21	1.93
285579--285752	56	3.1	56	87	4	235	34	29	14	21	1.93
285743--285888	34	4.3	32	80	9	141	15	32	15	36	1.90
285879--286254	49	8.1	43	71	15	186	25	26	18	29	1.98
285928--286362	52	8.9	49	75	10	322	25	25	17	32	1.97
286029--286254	49	4.6	49	83	7	287	23	26	19	30	1.98
290130--290179	19	2.6	19	87	3	64	32	12	18	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298834--298952	52	2.3	52	95	0	211	29	17	19	33	1.95
298832--298972	52	2.7	51	87	4	203	30	17	19	32	1.95
298961--298985	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
299051--299075	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
299029--299095	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
300032--302040	49	40.6	49	86	4	2749	32	17	26	23	1.97
300031--302040	101	20.3	98	96	2	2895	32	17	26	23	1.97
302045--302137	33	2.8	33	93	6	163	15	19	36	29	1.92
302139--302332	35	5.5	35	87	10	272	35	12	34	18	1.88
302142--302332	71	2.7	70	92	3	305	35	12	34	18	1.88
302255--302424	87	1.9	88	90	1	270	34	14	32	19	1.91
302344--302715	70	5.3	70	83	7	441	33	12	32	21	1.90
302512--302817	35	9.1	33	76	14	121	33	14	32	20	1.92
302707--302819	31	3.6	31	79	14	126	27	16	30	24	1.97
303745--303775	12	2.6	12	94	0	53	0	3	6	90	0.55
311024--311142	52	2.3	52	94	0	202	30	17	18	33	1.94
311022--311162	52	2.7	51	85	4	194	31	17	18	32	1.94
311151--311175	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
311241--311265	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
311219--311285	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
311725--311750	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
313965--314009	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
319460--319498	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
321279--321336	28	2.1	28	100	0	116	34	6	15	43	1.74
321977--322050	20	3.7	20	79	16	98	33	13	20	32	1.91
321995--322070	21	3.7	21	78	16	95	39	11	18	30	1.87
321977--322070	41	2.3	41	98	0	179	37	12	19	30	1.89
322109--322134	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
323787--323836	21	2.4	22	83	9	61	30	18	2	50	1.58
326126--326150	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
326104--326169	33	2.0	32	88	8	98	31	15	15	37	1.88
326220--326288	33	2.1	33	84	10	88	33	13	17	36	1.88
333961--334197	79	3.0	78	81	7	262	31	14	27	26	1.95
334070--334273	107	1.9	108	85	1	284	30	15	26	26	1.96
334208--334427	51	4.3	51	80	2	226	34	10	24	30	1.89
334209--334603	52	7.6	51	71	12	264	32	10	26	30	1.90
334098--334602	262	1.9	262	93	0	859	32	12	26	28	1.92
336938--336992	20	2.8	20	100	0	110	40	14	20	25	1.90
336979--337004	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
336991--337032	21	2.0	21	95	0	75	30	16	9	42	1.80
337049--337100	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
337057--337119	19	3.7	18	74	24	64	38	17	11	33	1.85
337049--337121	32	2.3	32	95	0	128	36	17	10	34	1.85
343422--343483	31	2.1	29	87	6	88	19	1	25	53	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
343614--343655	13	3.2	13	86	0	66	33	14	14	38	1.86
345518--345554	19	1.9	19	94	0	65	51	0	18	29	1.47
346217--346282	34	2.0	33	91	8	107	36	13	18	31	1.90
348681--348718	16	2.3	16	86	13	51	76	2	0	21	0.91
348680--348716	11	3.2	12	81	11	51	78	2	0	18	0.87
349218--349263	23	2.0	23	100	0	92	34	13	26	26	1.92
352002--352026	13	1.9	13	100	0	50	40	16	12	32	1.84
352115--352139	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
352704--352760	26	2.2	25	82	11	71	40	26	1	31	1.66
360783--360836	20	2.7	20	88	5	74	35	20	12	31	1.90
360906--361016	33	3.4	33	97	0	213	31	12	19	36	1.90
360952--361018	20	3.7	20	68	25	67	29	11	19	38	1.88
360972--360996	13	1.9	13	100	0	50	44	16	8	32	1.76
361335--361470	69	2.0	70	95	1	247	44	13	15	26	1.84
361606--361737	42	3.1	43	71	9	119	49	15	16	18	1.80
361617--361772	84	1.8	85	86	1	224	50	14	19	15	1.78
361904--362202	44	6.8	44	76	6	237	44	15	21	18	1.86
361904--362209	88	3.5	88	82	4	357	44	16	21	17	1.86
361904--362208	132	2.3	132	80	4	355	44	15	21	17	1.86
362266--362391	40	3.1	40	71	6	128	43	14	24	17	1.86
362272--362394	41	3.0	41	72	1	122	42	15	24	17	1.88
362491--362678	81	2.3	81	82	8	222	43	15	22	18	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
362704--362825	40	3.0	40	76	7	129	43	18	22	15	1.87
362482--362847	202	1.8	202	79	4	434	41	16	24	18	1.89
362704--362862	81	2.0	81	80	0	183	42	16	24	16	1.88
363055--363259	30	6.9	29	70	13	123	44	12	20	21	1.84
363054--363238	30	6.2	30	74	5	124	45	11	21	21	1.82
363041--363353	60	5.2	60	77	7	255	46	12	19	22	1.82
363055--363303	120	2.1	119	82	5	315	45	11	20	22	1.83
364738--364796	19	2.9	18	75	20	55	1	22	0	76	0.88
364744--364782	16	2.4	16	86	0	51	0	23	0	76	0.78
365115--365177	19	3.2	20	86	8	85	4	11	1	82	0.88

Tables:   1   2   3