genome.fa.s1373.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1373
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  199800

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2741--2792	22	2.4	22	86	0	77	11	17	44	26	1.83
2825--2946	40	3.0	40	81	2	138	12	19	40	27	1.88
3118--3242	45	2.8	45	90	2	189	5	24	13	56	1.58
3167--3203	17	2.1	18	90	5	58	5	24	10	59	1.52
3478--3584	55	1.9	57	88	3	164	42	13	21	22	1.87
3655--3707	23	2.3	23	80	6	63	15	1	5	77	1.04
4414--4506	48	1.9	48	93	0	159	33	11	19	35	1.88
10965--11002	13	2.9	14	88	7	53	39	18	13	28	1.88
13948--13978	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
13932--13998	33	2.0	33	86	11	93	37	13	16	32	1.88
20158--20186	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
21571--21596	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
25663--25693	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
27771--27796	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
27917--27962	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
30347--30372	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
31736--31760	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
31823--31847	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
31856--31984	52	2.5	52	93	0	213	34	17	17	30	1.93
35632--35665	15	2.1	17	89	10	54	35	0	35	29	1.58
36285--36315	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
36269--36335	33	2.0	32	88	11	100	35	13	17	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47883--47931	21	2.3	21	79	6	55	57	4	16	22	1.56
48526--48552	13	2.1	13	100	0	54	37	0	22	40	1.54
49741--49771	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
51853--51877	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
51989--52034	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
54372--54397	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
54354--54417	32	2.0	33	87	9	96	42	15	12	29	1.84
54420--54444	10	2.5	10	100	0	50	28	20	32	20	1.97
60257--60296	11	3.4	11	83	16	53	85	7	2	5	0.83
61512--62038	28	18.4	29	87	4	727	29	30	16	23	1.96
61512--62038	57	9.2	57	87	6	685	29	30	16	23	1.96
61512--62038	85	6.2	84	86	6	666	29	30	16	23	1.96
62766--62913	20	6.8	20	74	20	129	29	17	13	39	1.88
62817--62913	40	2.4	40	100	0	194	31	15	14	38	1.88
68057--68412	176	2.0	176	98	0	685	36	16	17	29	1.92
70175--70249	20	3.8	20	87	0	114	42	13	12	32	1.80
70125--70321	91	2.2	90	81	2	232	41	12	15	30	1.84
70266--70316	20	2.5	20	83	0	66	39	9	15	35	1.81
70338--70393	20	2.8	20	86	0	76	37	14	14	33	1.86
70195--70403	72	2.9	71	92	2	348	41	12	16	29	1.85
71302--72082	113	6.9	112	86	4	904	23	18	29	28	1.97
71302--72082	28	27.5	28	84	6	876	23	18	29	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73361--73471	10	10.5	10	73	20	84	2	2	12	81	0.89
73350--73469	19	5.8	19	76	18	91	3	2	11	82	0.89
73350--73469	1	120.0	1	72	0	51	3	2	11	82	0.89
80113--80240	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
80249--80273	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
80314--80380	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
80336--80360	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
80859--81565	49	14.9	49	85	8	962	30	18	26	24	1.98
80901--81558	92	7.0	92	84	10	772	30	18	26	24	1.98
81580--81731	56	2.8	52	79	4	169	33	15	25	25	1.95
81731--81800	33	2.1	35	94	5	126	20	17	37	25	1.94
81785--82299	34	14.5	36	75	16	386	33	12	34	20	1.90
81805--81991	71	2.7	70	90	3	288	34	13	33	18	1.89
81914--82082	87	1.9	88	93	1	295	33	13	33	19	1.91
82000--82411	58	6.4	67	85	8	338	31	13	34	21	1.91
81810--82182	191	1.9	191	86	7	524	34	12	33	19	1.90
82084--82413	34	10.5	31	78	15	229	29	13	35	22	1.91
83438--83479	16	2.6	16	84	0	57	0	7	9	83	0.81
90659--90786	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
90795--90819	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
90860--90926	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
90882--90906	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92005--92071	33	2.0	32	86	11	91	34	17	11	35	1.87
92098--92153	19	2.8	20	86	8	78	32	16	14	37	1.88
92142--92166	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
92123--92184	32	1.9	32	86	3	88	38	14	17	29	1.89
92708--92780	36	2.1	35	92	5	121	30	32	2	34	1.72
92723--92780	18	3.2	19	70	9	66	29	32	3	34	1.74
94645--94670	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
99625--99745	52	2.3	52	92	0	206	29	17	17	35	1.93
99625--99765	52	2.7	51	86	4	194	31	17	17	34	1.93
99754--99778	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
99843--99867	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
99821--99887	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
104518--104574	19	2.8	20	86	7	80	33	15	14	36	1.88
110575--110702	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
110711--110735	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
110776--110842	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
110798--110822	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
111702--112490	49	16.7	49	81	10	950	31	18	25	25	1.97
111693--112490	92	8.5	92	89	6	1052	31	17	25	25	1.97
112490--112559	33	2.1	35	94	5	126	20	17	37	25	1.94
112564--113332	34	23.6	32	76	16	551	32	13	33	20	1.91
112544--113337	61	12.1	68	80	11	589	32	12	34	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112673--112726	27	2.0	27	92	0	90	22	14	40	22	1.90
112569--113337	131	5.9	131	78	12	522	32	13	33	20	1.91
112544--113251	165	4.3	159	77	15	601	32	12	34	20	1.90
112896--112947	27	2.0	26	92	3	86	21	17	36	25	1.94
112728--113309	62	9.0	63	85	8	603	32	13	33	20	1.91
113100--113275	28	6.0	26	69	24	109	29	14	33	22	1.93
121508--121757	124	2.0	124	94	0	437	26	19	12	41	1.87
124722--124953	112	2.0	113	95	2	412	26	18	13	41	1.87
130366--130409	21	2.1	21	83	8	54	4	15	0	79	0.89
130385--130411	10	2.7	10	100	0	54	0	18	0	81	0.69
130715--131255	167	3.3	167	88	1	793	51	9	9	29	1.66
130717--131329	167	3.7	166	85	3	756	49	9	10	30	1.68
133308--133345	20	1.9	20	94	0	67	31	15	10	42	1.81
133255--133394	52	2.7	52	88	0	199	27	15	15	42	1.86
135791--136222	80	5.4	79	77	4	350	30	25	10	33	1.90
139137--139162	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
139201--139276	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
139222--139294	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
139201--139294	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
139898--139968	36	2.0	36	97	0	133	39	23	2	33	1.70
141756--141794	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
141780--141858	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143874--143904	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
147969--147994	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
148033--148108	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
148054--148126	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
148033--148126	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
148983--149249	79	3.4	78	82	3	338	42	10	17	28	1.83
149201--149318	51	2.3	51	86	0	164	39	12	20	27	1.89
149121--149391	130	2.1	129	84	6	352	40	9	20	28	1.84
149258--149408	78	1.9	78	89	4	232	39	12	19	28	1.89
151338--151412	35	2.2	33	90	4	123	34	17	18	29	1.94

Tables:   1   2