genome.fa.s1408.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1408
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  211627

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6847--6872	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
6911--6986	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
6931--7004	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
6911--7004	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
9437--9475	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
9461--9539	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
13380--13424	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
15640--15665	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
15704--15779	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
15724--15797	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
15704--15797	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
16393--16509	31	3.7	31	82	4	146	26	29	16	28	1.97
16393--16604	93	2.2	95	79	8	211	25	29	14	30	1.95
16547--16804	34	7.9	34	74	20	221	20	34	12	32	1.90
16644--16804	36	5.0	35	72	22	138	20	35	13	31	1.91
16680--16882	27	6.9	27	75	16	172	21	33	13	31	1.92
16680--16882	90	2.3	88	86	5	284	21	33	13	31	1.92
16424--16804	63	5.9	63	74	15	282	22	32	13	32	1.92
16895--17086	33	5.9	33	84	4	255	28	32	18	20	1.97
16895--17086	97	2.0	99	90	4	309	28	32	18	20	1.97
17093--17365	92	2.9	91	92	2	429	24	24	17	32	1.97
17093--17375	43	6.0	49	80	12	322	24	24	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17253--17320	21	3.2	21	64	25	52	25	27	17	29	1.97
17275--17420	52	2.8	52	79	3	139	25	22	15	36	1.93
25655--25707	20	2.6	21	90	3	81	41	15	16	26	1.88
25759--25783	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
27381--27416	9	4.0	9	88	0	54	38	0	33	27	1.57
31962--32000	13	3.0	13	88	0	60	33	20	12	33	1.91
32132--32172	22	2.0	21	86	13	59	31	21	4	41	1.74
32435--32486	20	2.4	21	84	9	61	19	48	26	5	1.71
33803--33836	17	2.0	17	100	0	68	41	0	35	23	1.55
34405--34462	20	2.9	20	84	0	71	37	13	15	32	1.87
34448--34476	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
34464--34516	20	2.6	21	90	3	81	41	13	16	28	1.86
34568--34592	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
34548--34615	33	2.1	33	91	2	111	35	19	13	32	1.90
35959--37486	51	30.4	51	72	8	364	35	18	20	25	1.95
36156--36489	93	3.5	94	75	12	340	37	19	16	25	1.93
36148--36576	194	2.2	194	90	2	666	37	18	17	26	1.93
36468--36576	50	2.2	51	83	5	132	40	17	15	26	1.89
36443--37530	102	10.7	101	72	5	572	34	18	21	25	1.96
36690--37482	153	5.2	152	73	5	562	34	18	21	25	1.96
42533--42605	28	2.6	28	86	0	83	34	21	21	21	1.97
42562--42785	80	2.8	79	84	2	297	36	11	23	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42562--42810	78	3.2	78	83	2	309	36	10	24	27	1.89
42908--43036	53	2.4	53	85	6	163	36	10	25	27	1.88
42829--43184	133	2.7	129	81	12	397	35	9	24	30	1.88
43042--43159	52	2.3	52	86	0	173	34	9	22	33	1.86
43145--43193	25	1.9	26	91	4	82	30	20	24	24	1.98
44638--44670	3	11.0	3	100	0	66	0	33	0	66	0.92
45892--46054	69	2.3	70	87	6	224	34	15	23	25	1.95
45967--46229	133	2.0	133	86	2	364	31	17	23	26	1.97
45891--46497	61	9.3	69	75	13	243	32	17	24	25	1.97
45948--46563	198	3.2	186	81	8	574	31	17	23	26	1.97
46017--46593	61	9.0	62	80	10	529	31	17	24	26	1.97
53020--53049	4	7.5	4	92	0	51	73	0	3	23	0.98
55190--55246	28	1.9	28	86	10	78	36	14	24	24	1.92
55097--55397	76	3.9	75	80	6	291	37	9	21	30	1.86
55098--55403	75	4.0	75	80	5	319	37	10	21	30	1.87
56895--56949	20	2.7	21	83	8	69	27	16	16	40	1.89
61454--61479	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
61436--61498	32	2.0	32	87	6	92	39	15	15	28	1.89
63693--63737	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
67590--67665	20	3.5	20	73	16	71	28	15	13	42	1.85
67652--67690	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
70249--70274	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70231--70293	32	2.0	32	84	6	83	41	15	14	28	1.87
74988--75041	21	2.7	20	83	13	67	35	14	12	37	1.85
77180--77239	20	3.0	20	87	2	86	43	16	13	26	1.85
77208--77262	20	2.8	19	88	2	74	34	12	12	40	1.82
77308--77347	13	3.1	13	77	0	53	32	12	17	37	1.87
80039--80090	21	2.5	21	69	12	52	32	17	21	28	1.96
80117--80183	33	2.0	33	85	0	89	32	10	14	41	1.80
80257--80385	52	2.5	52	92	0	213	36	17	16	30	1.91
85184--85258	20	3.7	20	81	12	82	36	14	18	30	1.91
85184--85264	40	2.0	40	86	9	112	37	13	19	29	1.90
85317--85371	20	2.7	21	80	5	67	32	20	12	34	1.90
85317--85389	21	3.5	20	81	3	74	34	19	10	35	1.87
85768--85801	17	2.0	17	88	0	50	44	0	8	47	1.34
88063--88093	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
88180--88204	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
88161--88226	33	2.0	32	91	2	105	34	16	18	30	1.93
88745--88797	19	2.9	19	86	8	76	30	35	1	32	1.69
88755--88808	19	2.7	20	85	11	74	24	38	1	35	1.66
90649--90687	13	3.0	13	96	0	69	38	12	15	33	1.85
96747--96810	33	1.9	33	90	6	103	31	14	14	40	1.85
98044--98497	163	2.8	161	79	7	475	28	9	8	54	1.61
98059--98645	166	3.6	160	76	7	470	31	9	7	51	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98776--98812	5	7.2	5	87	6	56	24	2	0	72	0.97
99111--99158	21	2.3	20	89	10	78	81	0	14	4	0.84
99105--99158	10	5.2	11	82	10	60	81	0	14	3	0.82
99840--99865	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
102086--102135	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
105989--106014	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
106135--106180	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
112015--112091	21	3.7	21	74	10	59	37	7	11	42	1.70
114548--114601	19	2.7	21	82	5	76	40	11	14	33	1.82
119174--119200	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
119155--119219	32	2.0	32	90	3	103	26	16	16	40	1.90
119188--119260	20	3.7	20	92	1	112	34	12	19	34	1.89
119305--119357	13	4.5	13	73	22	53	35	11	15	37	1.83
120600--121103	249	2.0	249	93	0	866	41	13	17	26	1.87
123501--123525	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
123483--123548	33	2.0	33	90	0	105	37	18	15	28	1.91
125813--125853	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
125975--126013	13	3.0	13	92	0	60	35	12	17	33	1.88
132169--132232	32	2.0	32	87	9	94	28	14	17	40	1.88
132305--132329	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
132287--132352	33	2.0	33	93	0	114	36	18	16	28	1.93
133129--133194	28	2.4	28	92	0	105	28	12	18	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133080--133221	76	1.9	76	88	2	214	34	11	16	37	1.85
135794--135836	21	2.0	21	95	0	77	27	6	18	46	1.75
135798--135974	92	1.9	93	83	3	232	33	14	15	36	1.88
135796--135993	92	2.1	91	80	7	229	34	14	15	35	1.88
137026--137103	30	2.6	29	74	9	77	26	7	16	48	1.73
137023--137195	59	2.9	59	78	15	187	28	10	16	44	1.80
136948--137145	89	2.2	89	84	0	243	28	11	16	44	1.81
137289--137451	49	3.3	48	75	4	137	28	8	15	47	1.74
137289--137476	98	1.9	98	81	4	227	30	9	14	45	1.76
140508--140555	23	2.2	21	85	14	62	31	0	2	66	1.03

Tables:   1   2