genome.fa.s1409.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1409
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  155606

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1208--1254	16	2.9	17	81	9	62	46	0	0	53	1.00
1931--1956	12	2.2	12	100	0	52	42	7	0	50	1.31
2023--2079	17	3.3	18	79	13	66	57	0	0	42	0.98
2343--2424	17	4.7	17	75	14	60	47	1	0	51	1.08
2413--2452	20	1.9	22	90	10	66	55	2	5	37	1.35
3099--3132	7	4.9	7	92	0	59	52	0	2	44	1.16
7704--7730	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8318--8448	6	23.0	6	66	20	59	39	0	0	59	1.03
8328--8387	28	2.2	28	85	5	79	40	0	0	60	0.97
8303--8394	26	3.8	25	70	25	72	41	0	0	58	0.98
8308--8429	15	8.4	15	67	20	64	39	0	0	60	0.97
8384--8443	25	2.3	26	77	11	70	40	0	1	58	1.08
8317--8448	59	2.3	57	80	11	144	40	0	0	59	1.03
8904--8938	16	2.1	17	89	5	54	51	0	0	48	1.00
9736--9785	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
10067--10125	27	2.2	26	82	11	66	54	0	1	44	1.10
10067--10124	28	2.0	27	83	9	71	55	0	1	43	1.10
10540--10585	24	1.9	24	81	0	56	45	4	6	43	1.49
11030--11188	16	10.2	16	67	18	68	59	0	1	38	1.05
11058--11188	5	27.2	5	65	17	55	58	0	1	39	1.07
11050--11103	11	4.8	12	78	15	62	64	0	1	33	1.04
11037--11185	32	4.8	32	73	11	100	59	0	1	38	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11095--11185	32	2.8	32	85	6	105	56	0	1	42	1.06
11657--11719	31	2.1	31	85	8	85	71	0	1	26	0.95
13951--14011	22	2.7	22	77	7	61	36	0	1	62	1.05
18764--18804	21	2.0	21	90	0	64	56	0	0	43	0.99
19078--19124	22	2.1	22	88	7	69	59	0	0	40	0.97
19692--19765	22	3.3	23	78	16	84	55	0	0	44	0.99
20136--20173	12	3.5	11	82	10	51	60	2	7	28	1.38
20381--20408	14	2.0	14	100	0	56	35	0	0	64	0.94
20896--20977	40	2.1	39	82	10	98	53	0	0	46	1.00
21482--21528	14	3.2	14	83	16	60	68	0	0	31	0.90
21482--21532	25	2.0	25	85	7	68	68	0	0	31	0.90
21729--21846	7	17.3	7	68	20	56	40	0	0	58	1.04
21729--21802	26	2.8	25	84	11	87	45	0	0	54	1.00
21729--21800	28	2.7	27	83	14	87	45	0	0	54	0.99
21821--21860	18	2.2	19	86	8	57	32	0	2	65	1.06
22349--22433	44	1.9	44	86	11	120	55	0	0	44	0.99
22714--22768	26	2.0	28	86	6	78	54	1	1	41	1.21
25439--25499	33	2.0	31	81	12	72	47	6	3	42	1.45
26710--26743	16	2.1	16	94	0	59	41	23	8	26	1.83
28007--28046	21	1.9	21	94	0	71	42	2	0	55	1.13
28015--28054	15	2.9	15	75	17	50	50	0	0	50	1.00
28918--28951	16	2.1	16	88	0	50	41	2	2	52	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29273--29319	20	2.3	21	79	13	55	48	4	0	46	1.21
29745--29802	15	3.5	16	79	11	55	58	1	5	34	1.30
29981--30050	14	5.0	14	74	11	54	60	1	0	38	1.06
30543--30626	32	2.6	33	83	5	93	15	15	22	46	1.83
30809--30846	20	1.9	19	89	5	58	44	5	0	50	1.24
33395--33424	15	2.0	15	100	0	60	40	0	6	53	1.27
33397--33429	15	2.3	15	89	5	50	45	0	3	51	1.16
34050--34088	3	13.3	3	83	5	53	64	2	2	30	1.21
34055--34093	20	1.9	21	89	5	62	66	2	2	28	1.18
34480--34520	16	2.7	15	85	14	57	46	0	0	53	1.00
34480--34519	15	2.7	16	88	11	59	47	0	0	52	1.00
36004--36038	2	17.5	2	87	0	52	51	0	0	48	1.00
39615--39657	12	3.4	12	80	6	50	39	0	0	60	0.97
39612--39677	24	2.7	23	82	13	78	43	0	0	56	0.99
39622--39677	26	2.2	26	84	6	71	42	0	0	57	0.99
39761--39811	6	8.8	6	80	20	56	45	0	0	54	0.99
40678--40729	7	7.6	7	87	10	72	55	0	0	44	0.99
40678--40739	22	2.9	22	81	11	74	56	0	0	43	0.99
40673--40730	14	4.1	15	84	10	70	51	0	1	46	1.11
40879--40953	17	4.5	16	76	15	57	52	0	1	46	1.09
41109--41210	53	1.9	53	80	11	120	61	1	0	35	1.14
41762--41812	20	2.5	21	87	9	79	27	3	0	68	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41770--41817	20	2.3	20	89	7	69	29	4	0	66	1.10
43521--43547	14	1.9	14	100	0	54	44	11	7	37	1.68
44299--44328	12	2.5	12	94	0	51	36	0	0	63	0.95
44284--44328	19	2.3	20	81	11	58	33	0	2	64	1.06
44571--44606	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
44903--44947	21	2.1	22	83	4	56	44	2	6	46	1.42
45127--45161	2	17.5	2	87	0	52	42	0	0	57	0.99
47552--47593	20	2.1	20	100	0	84	38	9	28	23	1.86
51029--51074	22	2.1	22	83	0	56	41	2	0	56	1.11
51833--51888	8	6.9	8	74	8	51	55	1	0	42	1.10
51833--51899	16	4.1	15	75	11	53	53	1	0	44	1.09
51940--52012	30	2.3	31	81	13	87	54	0	0	45	0.99
51991--52023	16	2.0	17	94	5	59	66	0	0	33	0.92
52316--52357	22	1.9	22	90	9	68	61	0	0	38	0.96
53201--53230	9	3.2	9	90	9	51	73	0	0	26	0.84
53732--53812	32	2.5	33	80	11	94	46	0	0	53	1.00
54233--54285	22	2.4	22	81	9	63	60	0	0	39	0.97
54233--54284	21	2.4	22	84	9	63	59	0	0	40	0.97
54769--54804	18	1.9	18	88	5	54	50	2	2	44	1.31
55068--55118	19	2.7	19	78	9	59	39	0	0	60	0.97
55794--55873	26	3.1	24	76	15	72	42	1	5	51	1.31
56389--56450	32	1.9	32	86	0	88	40	1	4	53	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58303--58354	21	2.5	21	100	0	104	17	25	15	42	1.88
65280--65330	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
65873--65917	13	3.6	12	82	17	56	44	0	2	53	1.13
66209--66297	23	3.8	23	73	20	69	47	1	1	50	1.15
66250--66304	14	3.8	15	77	13	53	50	0	1	47	1.11
66353--66410	13	4.3	14	78	12	59	67	1	0	31	1.01
66485--66517	16	2.1	16	88	11	50	57	0	0	42	0.98
66407--66510	41	2.5	42	84	7	126	55	1	0	41	1.17
66457--66513	29	1.9	30	82	3	71	52	0	0	47	1.00
73856--73895	17	2.4	17	86	0	53	52	2	0	45	1.14
73990--74067	31	2.5	32	83	8	99	32	0	0	67	0.90
73991--74069	34	2.3	33	83	12	106	30	0	0	69	0.89
74138--74188	21	2.5	20	84	9	68	39	5	1	52	1.37
74171--74217	25	1.9	25	86	4	69	44	6	0	48	1.28
74275--74347	18	4.3	18	67	26	52	61	1	1	35	1.13
75048--75083	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
78083--78116	15	2.2	16	94	5	61	41	0	0	58	0.98
78183--78228	23	2.1	22	88	8	67	58	0	0	41	0.98
78525--78597	14	5.0	14	69	9	56	39	1	2	56	1.22
78522--78602	25	3.4	25	73	16	91	40	1	2	55	1.21
78697--78738	5	8.8	5	84	10	61	54	0	2	42	1.13
78701--78736	19	1.9	19	94	5	65	52	0	2	44	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78696--78757	23	2.7	23	80	9	74	48	1	1	48	1.21
78700--78740	9	4.4	9	87	6	64	53	0	2	43	1.13
82112--82174	2	31.5	2	90	0	99	47	0	4	47	1.23
82854--82879	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
85552--85614	32	1.9	32	87	6	90	52	4	1	41	1.32
85617--85656	20	2.0	20	90	0	62	52	0	2	45	1.14
96329--96379	24	2.2	23	82	3	57	37	0	1	60	1.08
98045--98109	17	3.9	17	68	10	53	56	1	0	41	1.08
98048--98109	18	3.6	18	70	26	62	54	1	0	43	1.09
98738--98768	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17

Tables:   1   2