genome.fa.s1422.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1422
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  293460

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 276 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146511--146581	20	3.5	20	78	0	79	35	14	11	39	1.81
147498--147550	23	2.3	23	100	0	106	16	9	7	66	1.43
147502--147557	23	2.6	21	86	8	51	19	8	8	62	1.51
150603--150635	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
155626--155659	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
158558--158591	16	2.1	16	89	10	52	64	0	0	35	0.94
159129--159177	15	3.4	14	80	8	53	61	0	4	34	1.15
161440--161511	20	3.6	19	70	18	58	29	0	0	70	0.87
161437--161513	29	2.6	31	76	17	74	31	0	0	68	0.90
161465--161523	29	2.0	29	83	6	75	33	0	1	64	1.04
161788--161812	12	2.1	12	100	0	50	20	16	8	56	1.65
162456--162505	24	2.0	24	84	7	64	62	2	0	36	1.07
162573--162613	19	2.2	19	83	16	50	41	0	2	56	1.13
165993--166030	3	13.0	3	94	5	69	68	0	0	31	0.90
167631--167669	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
167980--168017	16	2.3	17	81	9	51	47	0	2	50	1.15
167987--168017	16	1.9	16	93	0	53	51	0	3	45	1.17
169879--169920	14	3.0	14	89	6	59	42	0	2	54	1.13
170563--170596	13	2.7	13	90	4	52	67	8	0	23	1.18
170715--170757	18	2.4	18	84	0	59	51	0	0	48	1.00
171445--171502	5	11.4	5	76	9	55	58	0	0	41	0.98
171426--171513	26	3.4	26	81	6	90	59	0	0	40	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171464--171502	11	3.6	11	89	6	62	64	0	0	35	0.94
171888--171927	21	1.9	21	90	10	64	40	0	0	60	0.97
172633--172674	17	2.6	16	82	17	52	26	0	0	73	0.83
172633--172679	14	3.1	15	77	19	53	27	0	0	72	0.85
172652--172709	22	2.6	23	83	8	66	43	0	0	56	0.99
176203--176261	20	2.7	22	82	7	68	40	0	3	55	1.16
176645--176703	17	3.3	18	77	13	68	40	1	0	57	1.09
181774--182069	97	3.1	97	90	1	452	30	28	10	29	1.91
186731--186790	30	2.0	29	81	12	68	76	8	10	5	1.14
187543--187598	19	3.3	19	72	27	70	32	10	19	37	1.86
187563--187587	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
187678--187806	52	2.5	52	94	0	231	34	18	18	27	1.95
191469--191543	20	3.8	20	80	0	96	33	13	12	41	1.81
191469--191546	40	2.0	39	89	2	120	33	12	12	41	1.82
209129--209158	13	2.3	13	100	0	60	90	10	0	0	0.47
209131--209161	16	1.9	16	93	0	53	90	9	0	0	0.46
210594--210928	27	11.7	29	84	9	447	33	34	13	18	1.90
210605--210957	57	6.2	56	91	3	503	33	33	14	17	1.91
210941--211114	71	2.5	70	81	9	203	18	31	13	36	1.90
210941--211114	35	5.0	35	82	6	194	18	31	13	36	1.90
211082--211157	27	2.7	27	82	10	73	26	32	13	27	1.93
211115--211220	30	3.6	29	77	14	96	33	28	18	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211227--211518	49	5.9	49	92	1	431	25	26	16	32	1.96
211350--211430	27	3.2	27	63	22	75	25	27	13	33	1.94
211232--211524	147	2.0	150	91	2	484	25	25	16	32	1.96
212336--212406	32	2.2	32	92	0	115	32	12	18	36	1.88
212355--212384	13	2.2	14	94	5	53	33	13	16	36	1.88
212483--212611	52	2.5	52	96	0	240	34	19	18	27	1.95
216542--217271	28	25.2	28	81	8	718	29	28	16	25	1.97
216542--217271	172	4.2	173	81	7	779	29	28	16	25	1.97
217195--217277	32	2.6	32	86	7	107	28	33	19	18	1.95
218909--219236	97	3.4	97	84	3	450	28	29	12	29	1.93
220218--220270	24	2.2	24	93	0	88	32	11	11	45	1.76
220226--220272	24	2.0	24	100	0	94	29	8	10	51	1.66
225395--225432	18	2.1	19	95	5	69	50	0	0	50	1.00
226532--226581	21	2.3	23	86	6	68	28	2	2	68	1.12
226964--227038	19	3.9	19	80	11	75	69	0	1	29	0.97
226994--227036	8	5.0	8	78	15	50	72	0	0	27	0.85
226964--227038	10	7.9	9	76	15	71	69	0	1	29	0.97
226969--227038	27	2.5	27	84	11	79	68	0	1	30	0.98
227498--227540	15	2.6	16	85	10	52	51	0	0	48	1.00
227513--227583	5	15.4	5	70	24	50	60	0	0	39	0.97
227497--227652	21	7.6	21	64	21	62	57	0	0	42	0.99
227539--227580	17	2.6	16	88	3	57	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227565--227648	32	2.5	33	80	5	107	57	0	0	42	0.99
227496--227643	16	8.8	17	65	17	51	57	0	0	42	0.98
227838--227892	27	2.0	27	86	6	76	52	0	0	47	1.00
233210--233235	11	2.4	11	100	0	52	57	26	7	7	1.54
234599--234638	20	2.0	20	90	0	62	40	15	10	35	1.80
235174--235247	34	2.1	34	85	10	94	27	17	9	45	1.79
235959--236041	43	1.9	43	87	0	121	30	13	22	33	1.92
236981--237012	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
237011--237046	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
237669--237701	14	2.2	15	89	10	50	69	9	0	21	1.15
238468--238512	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
238676--238709	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
239586--239626	6	7.3	6	81	15	52	39	12	0	48	1.41
239779--239803	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
242924--242963	19	2.2	18	95	4	71	65	0	0	35	0.93
243022--243048	12	2.2	12	100	0	54	14	0	33	51	1.43
243240--243267	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
243529--243585	28	2.0	28	86	6	80	43	0	0	56	0.99
243518--243586	28	2.3	29	76	16	79	44	0	0	55	0.99
243983--244051	29	2.4	29	79	9	70	47	0	0	52	1.00
244015--244072	25	2.3	25	76	5	64	43	0	0	56	0.99
244067--244117	18	2.6	21	75	18	63	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244581--244607	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
245053--245087	16	2.2	16	89	0	52	60	20	2	17	1.49
245564--245594	15	2.0	16	93	6	55	41	0	0	58	0.98
246607--246651	13	3.5	13	85	11	58	48	2	11	37	1.51
247192--247225	14	2.3	15	90	5	52	76	0	0	23	0.79
247520--247579	23	2.6	23	82	10	77	65	0	0	35	0.93
247568--247651	32	2.5	33	84	11	109	54	0	1	44	1.07
247632--247704	8	9.1	8	75	21	73	61	0	1	36	1.05
247633--247704	21	3.4	21	79	9	74	62	0	1	36	1.04
247633--247703	29	2.5	28	84	13	92	63	0	1	35	1.03
247600--247703	47	2.2	49	84	10	135	59	0	0	39	1.04
247627--247701	9	7.9	10	74	24	65	61	0	1	37	1.05
248769--248816	19	2.5	20	80	16	57	29	14	0	56	1.39
249352--249382	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
251357--251386	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
254163--254206	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
255048--255082	18	1.9	18	88	0	52	54	0	0	45	0.99
255694--255721	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
257497--257702	8	26.1	8	66	30	67	37	0	0	60	1.10
257482--257614	51	2.6	50	91	2	203	40	0	3	56	1.15
257506--257703	18	11.9	17	68	26	72	37	1	1	60	1.10
257502--257663	78	2.1	79	82	13	192	39	0	1	59	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
257635--257710	39	2.0	38	82	12	93	31	2	0	65	1.06
257852--257894	22	2.0	21	86	13	61	39	0	0	60	0.97
257852--257894	21	2.0	22	86	13	63	39	0	0	60	0.97
258589--258654	24	2.8	24	81	6	73	39	7	0	53	1.30
258615--258676	32	2.0	32	87	3	90	43	4	0	51	1.23
258696--258758	30	2.1	30	88	5	92	61	4	0	33	1.17
258873--258904	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
259138--259213	28	2.7	27	73	22	77	48	1	5	44	1.33
259140--259213	26	2.6	29	77	18	93	48	1	5	44	1.34
259500--259524	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00

Tables:   1   2   3