genome.fa.s1426.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1426
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  170309

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 140 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
853--927	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
850--927	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
2023--2708	335	2.1	330	86	5	965	28	11	7	52	1.63
2023--2709	165	4.1	166	86	4	892	28	11	7	52	1.63
2023--2743	164	4.3	167	84	6	853	28	11	7	52	1.64
2068--2821	330	2.3	332	82	7	836	29	10	7	52	1.64
3263--3299	15	2.4	16	83	16	51	72	2	24	0	0.97
3924--3985	32	1.9	32	86	3	88	46	16	9	27	1.78
10072--10151	20	3.8	20	67	15	61	30	13	15	41	1.85
10138--10175	13	2.9	13	88	11	60	31	18	18	31	1.95
12761--12786	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
12743--12806	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
14262--14583	154	2.1	157	85	5	440	35	9	13	41	1.77
17869--17938	30	2.3	30	90	0	104	60	4	2	32	1.31
18193--18219	8	3.4	8	100	0	54	22	0	0	77	0.76
18187--18230	16	2.8	15	76	10	52	29	4	0	65	1.12
18712--18739	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
18688--18720	16	2.0	17	88	5	50	63	9	6	21	1.45
24950--25082	50	2.7	50	86	0	167	28	19	13	38	1.90
27433--27580	51	2.9	51	84	4	208	29	22	10	37	1.88
27519--27926	79	5.2	78	83	5	480	27	24	14	33	1.94
32491--32614	52	2.4	51	94	1	212	28	17	18	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32491--32634	52	2.8	52	88	5	195	30	17	18	34	1.94
32620--32647	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
32688--32754	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
32710--32734	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
35392--35433	19	2.3	18	84	15	52	71	2	2	23	1.10
35661--35698	20	1.9	20	88	0	58	52	2	5	39	1.38
36323--36377	22	2.5	22	80	14	60	29	23	23	23	1.99
36565--36606	21	2.0	21	81	9	50	23	30	0	45	1.53
44152--45222	155	6.9	154	82	6	1066	40	19	16	23	1.91
44061--45222	310	3.8	306	83	6	1299	40	19	16	23	1.91
45645--45676	14	2.2	15	94	5	57	21	0	0	78	0.76
46709--46734	13	2.0	13	100	0	52	0	23	0	76	0.78
46966--47031	25	2.6	25	80	2	69	9	25	12	53	1.67
47003--47063	23	2.7	23	87	5	79	6	21	19	52	1.68
47062--47097	12	3.1	11	88	11	54	0	2	11	86	0.68
48269--48520	79	3.2	78	84	3	308	34	15	23	26	1.95
48424--48651	51	4.4	51	68	17	135	32	14	25	26	1.95
48396--48595	107	1.9	106	85	6	278	32	17	26	24	1.97
48528--48697	51	3.3	51	84	3	182	29	12	28	28	1.94
48759--48832	28	2.6	28	87	6	96	22	18	31	27	1.98
48815--48983	50	3.4	51	82	4	200	31	8	25	34	1.87
48346--49026	288	2.4	288	80	4	752	32	13	25	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49000--49127	51	2.5	51	82	1	141	33	12	24	29	1.92
48792--49127	179	1.9	178	84	3	451	32	11	25	31	1.90
51463--51525	13	5.3	13	76	21	75	39	12	17	30	1.87
51475--51512	20	1.9	20	94	0	67	39	13	18	28	1.88
51463--51540	33	2.4	33	95	0	138	41	12	16	29	1.86
52162--52227	35	1.9	34	87	9	98	36	16	25	21	1.94
52209--52361	42	3.5	44	80	13	174	48	11	23	16	1.78
52353--53051	60	11.6	60	79	7	595	27	20	27	24	1.99
52353--53024	121	5.5	120	79	6	552	27	19	27	24	1.99
53068--53311	55	4.3	55	86	4	301	22	21	28	27	1.99
54292--54344	1	53.0	1	76	0	52	0	1	9	88	0.58
54292--54344	15	3.5	15	87	5	79	0	1	9	88	0.58
54292--54342	26	2.0	26	92	0	84	0	1	9	88	0.60
54292--54342	11	4.9	10	79	15	59	0	1	9	88	0.60
58790--59326	165	3.3	162	84	3	650	53	8	9	27	1.63
59915--60037	43	2.9	43	84	7	146	35	17	28	17	1.93
60032--60167	43	3.2	44	85	3	134	33	18	29	19	1.95
60054--60195	43	3.3	43	88	0	212	33	17	31	16	1.93
60357--60636	48	5.8	48	79	4	233	41	18	22	18	1.91
60941--61191	90	2.8	90	86	3	346	28	16	27	27	1.97
62059--62086	11	2.5	11	100	0	56	14	7	7	71	1.29
62935--62983	16	3.1	16	80	16	57	6	14	2	77	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63829--63864	17	2.1	17	94	0	63	16	27	36	19	1.93
63846--64741	62	14.6	60	76	9	683	26	23	18	32	1.97
64329--64663	173	1.9	172	87	3	485	25	23	17	34	1.96
64274--64729	234	1.9	234	83	5	587	25	24	17	32	1.97
64501--64747	66	3.9	63	83	6	306	24	24	17	33	1.97
64724--64868	43	3.5	42	81	8	147	22	26	10	40	1.86
64846--64975	34	3.7	34	75	9	125	22	26	13	37	1.91
64837--64975	72	1.9	72	85	2	190	21	27	12	38	1.89
67735--68128	159	2.5	157	80	8	442	29	24	11	33	1.91
67638--68096	79	5.8	77	75	12	353	28	24	12	34	1.92
67638--68108	158	3.0	155	79	7	493	29	24	12	33	1.92
71767--72802	309	3.3	306	84	3	1274	41	20	13	23	1.88
71481--72802	155	8.5	152	82	3	1216	41	20	14	23	1.89
74425--74471	24	2.0	24	82	0	58	2	14	19	63	1.40
74565--74616	25	2.1	25	92	0	86	11	32	11	44	1.77
74684--74728	23	2.0	21	83	8	54	2	13	8	75	1.13
75367--75919	160	3.4	163	77	9	540	54	8	9	27	1.61
88433--88487	20	2.7	20	83	8	67	47	1	14	36	1.55
99331--99356	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
101807--101844	4	9.8	4	94	5	69	76	0	23	0	0.79
102515--102656	15	9.2	16	69	20	65	53	0	0	45	1.05
102567--102639	16	4.6	14	76	21	56	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102512--102630	32	3.9	31	75	12	104	52	0	0	47	1.06
102536--102694	54	3.0	54	74	14	129	55	0	1	42	1.12
102611--102681	8	9.1	8	69	22	53	60	0	1	38	1.06
102586--102694	27	3.7	29	70	22	77	56	0	0	41	1.11
102776--102814	11	3.5	11	82	0	51	20	0	5	74	1.01
104562--104609	24	2.0	24	84	11	64	39	2	0	58	1.10
104901--104952	22	2.4	22	77	6	61	44	0	0	55	0.99
105436--105497	32	1.9	33	90	3	99	50	14	1	33	1.53
106168--106249	27	3.0	27	76	16	73	37	1	1	59	1.13
106211--106258	22	2.3	20	85	7	60	45	0	0	54	0.99
106226--106257	13	2.4	14	85	15	50	50	0	0	50	1.00
106510--106625	29	4.2	27	71	21	82	50	0	0	49	1.06
106514--106608	51	1.9	47	85	12	129	49	1	0	49	1.07
115830--115932	35	2.9	36	78	9	122	50	23	4	21	1.68
116730--116760	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
118162--118258	49	2.0	50	87	6	144	45	3	2	49	1.29
118658--118711	11	5.0	11	84	11	58	46	0	0	53	1.00
118658--118718	20	3.0	21	83	7	63	49	0	0	50	1.00
118683--118721	12	3.2	12	89	7	53	58	0	0	41	0.98
119309--119340	16	1.9	17	93	6	57	50	6	12	31	1.65
120479--120512	2	17.0	2	93	0	59	0	47	0	52	1.00
120703--120785	43	1.9	43	95	0	148	13	22	8	55	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120957--120989	3	11.0	3	100	0	66	0	33	33	33	1.58
122774--122818	21	2.1	22	83	4	56	66	2	2	28	1.15
124680--124714	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
125347--125384	13	2.8	14	88	4	51	78	0	7	13	0.94
125717--125752	11	3.2	12	92	7	58	88	0	11	0	0.50
125717--125752	18	2.0	18	100	0	72	88	0	11	0	0.50
133420--133552	27	5.0	27	87	2	146	12	1	59	27	1.42
133461--133560	6	15.7	6	82	12	101	12	1	64	23	1.33
133944--133978	6	5.8	6	96	0	61	2	45	0	51	1.16
136073--136115	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91

Tables:   1   2