genome.fa.s1431.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1431
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  237145

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
643--1066	166	2.6	166	80	5	466	32	13	7	46	1.70
1567--1600	16	2.2	15	89	5	50	70	2	14	11	1.27
1705--1748	10	4.2	10	85	8	52	81	0	18	0	0.68
1706--1754	11	4.2	12	82	10	66	79	0	20	0	0.73
1708--1750	13	3.4	13	84	9	54	83	0	16	0	0.64
1709--1761	24	2.2	24	90	3	81	79	0	18	1	0.83
1706--1761	12	4.7	12	82	8	69	78	0	19	1	0.84
2435--2467	12	2.6	13	85	9	50	39	15	12	33	1.84
4914--4939	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
7444--7484	20	2.0	20	100	0	82	29	31	9	29	1.89
9581--9611	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
13681--13706	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
20763--21885	312	3.6	309	79	7	993	24	17	20	37	1.94
20766--21856	155	7.0	155	77	3	871	24	17	20	37	1.94
26223--26276	20	2.7	20	94	0	90	31	14	12	40	1.84
26314--26338	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
26325--26401	21	3.7	21	92	0	118	32	11	16	38	1.85
26368--26410	21	2.0	21	82	8	52	30	13	16	39	1.87
27139--28091	49	18.8	52	81	8	374	33	16	25	24	1.96
27088--27329	49	4.9	49	76	5	236	33	17	26	22	1.96
27355--28179	49	16.9	49	89	2	1044	31	17	25	25	1.97
28067--28135	22	3.2	22	62	25	56	30	17	26	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28070--28140	24	3.2	24	61	19	62	28	19	25	26	1.99
28089--28156	21	3.2	21	62	25	52	27	17	27	26	1.98
28562--28587	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
28544--28607	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
30806--30850	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
32653--32683	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
34762--34800	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
37344--37369	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
37326--37389	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
37422--37461	20	2.1	19	90	4	62	42	15	7	35	1.75
38121--38416	49	6.1	49	92	1	470	32	17	24	25	1.97
38443--38560	32	3.6	33	82	6	127	38	12	27	21	1.90
38504--38658	66	2.4	64	87	5	229	37	13	27	21	1.91
38504--38672	32	5.2	32	83	8	189	36	13	27	23	1.92
38498--38681	99	1.9	98	88	1	278	36	13	27	22	1.91
39630--39664	14	2.6	14	90	4	54	0	8	2	88	0.61
39888--39940	28	2.0	26	81	7	61	7	9	11	71	1.30
41494--41531	20	1.9	20	94	0	67	34	10	13	42	1.78
41650--41725	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
41671--41743	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
41650--41743	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
44197--44235	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44221--44299	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
44437--44468	8	4.0	8	100	0	64	62	25	0	12	1.30
51947--51971	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
51924--51991	33	2.1	33	91	2	111	33	14	16	35	1.89
52045--52094	20	2.5	20	86	0	64	38	16	16	30	1.90
52231--52276	19	2.4	19	100	0	92	32	10	21	34	1.88
58359--58474	52	2.2	52	86	3	153	31	18	19	31	1.96
58540--58622	19	4.7	19	78	17	106	36	18	10	34	1.85
58533--58600	32	2.1	32	100	0	136	35	17	13	33	1.89
58559--58583	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
61284--61334	16	3.3	15	79	17	59	58	7	17	15	1.60
66415--66559	50	2.9	50	89	5	229	44	10	17	27	1.81
68764--68824	9	7.1	9	72	10	56	44	0	42	13	1.43
68734--68829	42	2.3	42	90	0	147	46	0	40	12	1.42
68744--68818	12	6.8	11	78	15	68	41	0	45	13	1.43
68785--68835	24	2.1	24	81	0	57	49	0	39	11	1.40
68755--68849	42	2.3	42	84	0	118	46	1	40	12	1.49
73590--73628	20	2.0	20	94	0	69	35	12	15	35	1.86
74077--74143	37	1.9	35	85	11	93	32	10	25	31	1.89
75966--76004	21	1.9	21	84	5	53	64	5	23	7	1.40
82317--82354	18	2.1	18	90	0	58	18	31	0	50	1.47
82345--82420	24	3.4	23	65	18	63	11	40	1	46	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82311--82420	42	2.6	41	84	5	139	13	39	0	46	1.50
88986--89079	41	2.3	42	83	1	118	45	0	42	11	1.40
89045--89095	18	2.8	18	79	5	50	45	0	43	11	1.40
89017--89100	42	1.9	44	88	9	127	41	0	45	13	1.43
91414--91495	40	2.0	40	100	0	164	14	7	24	53	1.66
102498--102578	42	1.9	42	82	5	101	11	38	1	49	1.46
103330--103358	15	1.9	15	100	0	58	27	17	20	34	1.95
107807--107855	23	2.1	23	96	0	89	32	28	12	26	1.92
114540--114613	20	3.7	19	80	8	94	40	12	14	32	1.83
115527--116358	28	28.8	28	82	5	772	23	17	29	29	1.97
115527--116351	85	9.5	85	80	6	809	23	17	29	29	1.97
116201--116517	28	11.2	28	79	5	219	30	14	26	27	1.95
115533--116466	113	8.1	113	78	8	485	25	17	28	28	1.97
116390--116518	27	4.6	27	81	12	145	34	11	27	26	1.91
116374--116518	55	2.6	55	85	2	182	36	11	26	25	1.90
116455--116748	147	2.0	147	96	0	543	32	13	25	28	1.94
119234--119258	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
119246--119298	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
119286--119457	53	3.2	53	91	1	274	36	16	18	28	1.93
120599--120636	20	1.9	20	100	0	76	7	13	26	52	1.67
122738--122870	61	2.2	61	91	0	221	24	15	27	33	1.95
126373--126410	20	1.9	20	100	0	76	31	13	15	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126394--126422	15	1.9	15	100	0	58	34	13	13	37	1.85
126437--126514	20	3.9	19	81	8	93	42	14	12	30	1.83
127439--128368	28	32.5	28	81	5	706	25	17	28	28	1.97
127439--128368	85	10.8	85	79	6	734	25	17	28	28	1.97
127439--128303	113	7.5	112	79	5	759	24	17	29	28	1.98
127777--127996	32	7.1	32	83	6	240	19	17	30	32	1.95
128143--128334	27	7.0	27	80	4	163	31	15	26	26	1.96
128143--128329	54	3.4	55	82	5	191	31	15	27	26	1.96
132095--132119	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
132211--132243	13	2.4	14	85	15	50	42	15	15	27	1.86
132218--132243	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
132200--132264	34	2.0	32	88	11	96	38	16	15	29	1.90
140191--140259	33	2.1	33	94	0	120	42	4	20	33	1.72
141017--141065	13	4.2	13	70	24	54	32	16	16	34	1.91
140997--141065	34	2.1	32	89	10	104	34	15	15	33	1.90
146210--146249	20	2.0	20	100	0	80	10	10	30	50	1.69
146770--146847	20	3.9	20	85	6	95	35	15	14	34	1.87
148638--148904	144	1.9	144	82	3	340	23	21	20	34	1.97
151889--151999	58	1.9	58	85	7	154	45	15	9	29	1.78
158031--158069	20	2.0	20	100	0	78	41	12	15	30	1.85
159017--159055	20	2.0	20	89	0	60	23	23	12	41	1.88
165979--166039	9	7.1	9	72	10	56	14	42	0	42	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165950--166069	42	2.9	42	92	0	186	11	44	0	43	1.46
165984--166060	12	6.9	12	76	19	62	14	45	0	40	1.45
171696--171784	12	8.0	11	80	15	87	38	1	48	12	1.48
171695--171787	24	4.1	24	80	16	126	39	1	47	11	1.47
171716--171747	9	3.6	9	91	0	55	43	0	43	12	1.42
171686--171771	42	2.0	42	95	0	154	43	0	45	11	1.40
177518--177567	18	2.7	20	79	11	54	10	44	2	44	1.49
177552--177612	9	7.1	9	74	10	65	13	44	0	42	1.43
177557--177633	12	6.9	12	76	19	62	11	46	1	40	1.48
177518--177642	42	2.9	42	89	3	178	10	44	1	44	1.48

Tables:   1   2