genome.fa.s1437.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1437
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  151910

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1726--1803	39	2.0	39	82	9	97	0	2	48	48	1.15
6934--6963	15	2.0	15	100	0	60	6	0	66	26	1.16
7080--7119	18	2.2	19	86	13	57	0	2	57	40	1.12
7107--7150	19	2.3	19	84	4	52	2	0	65	31	1.05
7784--7847	21	3.1	21	76	13	69	1	0	64	34	1.03
10366--10397	13	2.5	13	100	0	64	37	15	15	31	1.89
10442--10481	20	2.1	19	90	4	62	27	17	15	40	1.89
10466--10490	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
11790--11888	52	1.9	52	95	0	180	38	14	17	30	1.89
11874--11911	18	2.1	18	85	9	51	47	5	26	21	1.71
12116--12231	55	2.2	53	96	3	214	43	9	10	36	1.71
12497--12565	19	4.0	18	75	22	76	37	11	14	36	1.83
12500--12562	32	2.0	32	93	0	108	36	12	15	34	1.86
12519--12543	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
19909--19973	19	3.8	18	71	24	68	32	12	15	40	1.84
19911--19978	32	2.1	32	94	0	118	33	11	16	38	1.85
20026--20050	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
20059--20188	53	2.5	52	92	1	224	34	17	19	28	1.95
30231--30280	20	2.5	20	87	3	75	32	20	16	32	1.94
30309--30375	33	2.0	33	85	5	91	32	10	19	37	1.86
30927--30977	21	2.4	22	83	9	61	37	5	11	45	1.65
30946--30989	22	2.0	22	81	0	52	40	6	9	43	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33800--33845	23	2.0	23	83	8	58	13	13	0	73	1.09
34337--34759	167	2.5	167	85	4	559	51	7	8	32	1.60
34337--34821	167	2.9	163	81	6	526	50	8	9	31	1.64
36441--36465	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
36418--36485	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
37133--37237	51	2.1	51	96	0	192	37	23	0	38	1.62
45239--45263	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
45216--45283	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
46175--46241	15	4.5	15	83	5	82	77	0	19	2	0.89
46175--46240	16	4.2	16	83	9	75	78	0	18	3	0.87
46290--46375	43	2.0	43	97	0	163	15	18	15	51	1.77
47006--47123	52	2.3	51	89	1	173	27	14	15	43	1.85
57149--57662	48	10.9	48	77	11	406	25	25	18	29	1.98
57296--57460	39	4.0	39	74	13	141	27	25	20	26	1.99
57260--57510	87	2.9	86	92	1	394	26	27	19	27	1.99
57438--57668	101	2.3	101	82	3	268	24	25	17	32	1.97
57435--57737	52	5.9	50	77	7	270	24	25	16	33	1.96
57423--57772	153	2.3	153	81	9	394	25	25	16	32	1.96
58451--58513	19	3.6	19	76	24	84	33	12	19	34	1.89
58470--58534	13	4.5	13	77	20	67	35	13	16	33	1.89
58449--58526	32	2.4	32	100	0	156	35	12	17	33	1.88
66842--67381	30	17.3	30	80	9	489	20	28	15	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66859--67381	186	2.8	184	86	6	698	21	28	15	34	1.94
66853--67383	219	2.4	215	86	5	721	21	28	15	34	1.94
67362--67698	34	10.5	34	80	8	263	20	32	12	34	1.90
67336--67583	102	2.5	102	82	4	261	19	31	11	37	1.88
67551--67799	27	9.0	27	87	6	363	22	33	14	30	1.93
67522--67804	115	2.5	114	90	4	445	21	33	14	31	1.93
67813--67937	29	4.3	30	81	7	150	32	31	17	19	1.95
67813--67937	57	2.2	58	86	5	173	32	31	17	19	1.95
67970--68143	49	3.6	48	80	2	204	25	27	17	29	1.97
68105--68269	39	4.0	39	77	13	177	27	26	20	25	1.99
67966--68318	87	3.9	87	88	4	454	27	27	17	28	1.98
68236--68579	52	6.8	49	77	7	233	25	26	15	32	1.96
68247--68579	101	3.3	101	79	5	359	25	25	15	32	1.96
69276--69303	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
78312--78348	14	2.6	14	91	0	56	40	8	21	29	1.82
78328--78393	26	2.6	25	72	11	62	34	12	15	37	1.84
78406--79040	28	22.6	28	76	11	375	27	30	18	23	1.98
78408--79006	56	10.7	55	78	6	551	27	30	18	23	1.98
78407--79006	84	7.2	83	79	6	599	27	30	18	23	1.98
79825--79899	20	3.8	20	76	3	80	33	14	12	40	1.83
86764--86888	58	2.1	58	83	1	151	32	10	13	44	1.78
86899--86998	29	3.4	29	72	16	82	28	7	13	52	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86890--86999	58	1.9	58	83	7	143	28	8	13	50	1.70
88759--88825	20	3.2	20	85	4	80	40	8	16	34	1.80
88865--88951	45	1.9	45	83	4	113	21	12	17	48	1.80
91707--91991	79	3.6	79	78	5	290	27	25	12	34	1.92
92041--92149	51	2.1	50	86	3	146	30	28	9	32	1.88
92083--92395	79	4.0	79	78	6	276	26	24	13	35	1.93
92083--92384	158	1.9	158	81	6	362	27	24	14	34	1.94
92319--92415	51	1.9	51	83	8	126	26	24	11	37	1.89
95254--95468	97	2.2	97	85	0	279	27	24	12	36	1.91
96268--96316	20	2.5	20	87	9	66	32	18	12	36	1.88
96366--96390	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
96542--96587	21	2.2	21	96	0	83	52	19	4	23	1.64
98739--98881	71	2.0	71	93	0	241	40	14	20	23	1.90
98863--98938	33	2.3	33	93	0	125	42	13	14	30	1.84
98863--98917	13	4.7	13	68	25	50	40	12	16	30	1.86
99847--99900	20	2.7	20	83	8	65	27	20	14	37	1.92
103707--103740	16	2.0	18	88	11	54	32	20	0	47	1.51
108524--108578	19	2.8	19	78	8	65	30	16	12	40	1.86
108615--108653	21	1.9	20	94	5	69	35	12	15	35	1.86
109524--109580	20	2.8	20	83	0	69	38	14	15	31	1.87
109566--109594	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
109582--109634	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109686--109710	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
109666--109733	33	2.1	33	89	8	104	36	17	13	32	1.89
116041--116081	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
117723--117765	21	2.0	22	95	4	79	46	0	39	13	1.44
118360--118415	20	2.8	20	83	0	67	39	14	16	30	1.88
118401--118429	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
118417--118469	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
118521--118545	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
118501--118568	33	2.1	33	89	8	104	36	17	13	32	1.89
119337--119580	49	4.9	49	78	5	229	32	16	25	25	1.96
119337--119625	52	5.9	49	76	8	241	32	16	24	25	1.96
119337--119579	101	2.4	101	82	2	292	32	16	25	25	1.96
119535--119620	43	2.0	43	86	0	118	33	19	22	24	1.97
119629--119789	28	5.6	29	80	10	161	21	17	27	33	1.96
119782--119830	24	2.1	23	88	7	73	16	16	24	42	1.87
119946--120039	42	2.3	40	81	7	100	19	29	10	40	1.85
120744--120769	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
121760--121784	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
122635--122686	19	2.6	19	87	6	68	25	13	19	42	1.87
129973--130014	8	5.1	8	85	5	57	85	14	0	0	0.59
129968--130015	25	1.9	25	91	0	78	83	16	0	0	0.65
129973--130015	18	2.4	18	88	7	61	86	13	0	0	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130341--130384	11	3.8	12	85	8	65	86	11	0	2	0.66
130343--130384	12	3.4	12	93	3	66	88	9	0	2	0.61
130341--130391	9	5.9	9	79	4	52	86	9	1	1	0.73
130341--130391	22	2.4	22	90	3	77	86	9	1	1	0.73
131334--131411	31	2.5	31	87	2	104	24	30	17	26	1.97
131397--131429	15	2.2	15	94	0	57	27	39	18	15	1.90
131366--131459	46	2.1	45	87	2	134	24	34	14	26	1.94
131366--131459	45	2.1	46	88	6	138	24	34	14	26	1.94
131415--131748	31	10.5	31	79	10	233	23	31	13	32	1.93
131475--131875	31	12.5	31	80	9	202	21	31	14	32	1.93

Tables:   1   2