genome.fa.s146.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold146
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  254200

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
924--1003	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
989--1014	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
3568--3593	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
6849--7812	55	16.9	54	84	8	1016	28	27	19	24	1.99
6815--7813	116	8.7	115	86	7	1095	27	28	19	24	1.99
8302--8406	21	5.0	21	90	2	158	32	10	20	37	1.86
8302--8406	42	2.5	42	93	3	176	32	10	20	37	1.86
8442--8509	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
8463--8487	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
8444--8506	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
8531--8595	33	2.0	33	87	0	94	29	15	12	43	1.83
10931--11318	51	7.4	50	71	12	165	30	25	12	32	1.92
11042--11114	27	2.7	26	83	10	85	23	30	21	24	1.99
11099--11319	52	4.2	52	78	7	191	29	26	10	33	1.90
11302--11376	28	2.7	27	85	8	89	25	30	18	25	1.98
13356--13402	20	2.4	20	89	3	69	82	8	4	4	0.91
14359--14577	95	2.3	96	88	3	336	26	30	18	24	1.98
14502--14814	173	1.8	173	92	1	529	27	25	20	26	1.99
14636--15001	192	1.9	190	85	8	499	25	26	20	27	1.99
14829--15000	55	3.0	55	82	10	227	25	26	22	25	2.00
15623--15649	6	4.5	6	100	0	54	55	14	0	29	1.40
15755--15855	26	4.0	25	96	3	184	52	7	27	11	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15755--15859	51	2.0	52	96	1	194	51	8	27	12	1.68
16180--16315	43	3.2	43	86	2	184	29	38	24	8	1.84
17264--17872	51	11.6	51	67	14	274	28	26	12	31	1.93
17262--17873	262	2.3	263	91	1	980	28	27	12	31	1.93
17480--17860	211	1.8	211	82	5	493	28	26	13	32	1.94
30196--30294	51	1.9	51	86	8	139	33	9	24	33	1.87
30032--30259	78	2.9	79	77	7	257	32	14	25	26	1.94
30316--30370	28	2.0	28	92	0	92	30	16	29	23	1.96
30404--30477	28	2.7	27	83	8	87	24	16	32	27	1.96
30464--30642	51	3.5	51	79	2	191	34	10	25	30	1.89
33394--33578	42	4.4	43	78	12	181	38	14	25	21	1.91
33547--33736	62	3.1	61	89	5	276	32	18	24	24	1.97
33520--33952	217	2.0	216	87	4	633	30	18	25	26	1.98
33777--34037	61	4.4	61	90	3	381	27	20	24	26	1.99
33954--34037	28	3.0	28	63	6	71	25	21	27	26	1.99
33567--34165	278	2.2	272	89	3	887	28	19	26	25	1.98
34058--34190	55	2.4	55	85	0	167	27	20	23	29	1.99
35178--35208	11	2.7	11	95	5	53	0	3	6	90	0.55
47434--47549	51	2.3	51	83	8	139	32	12	24	31	1.91
47484--47765	110	2.6	106	78	6	323	36	15	22	26	1.93
47653--47714	27	2.3	26	81	10	79	27	22	27	22	1.99
47701--47816	51	2.3	51	83	3	135	37	13	18	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50634--50747	41	2.8	40	72	12	106	41	13	24	21	1.88
50780--50859	42	1.9	42	84	5	108	41	15	25	18	1.89
51035--51119	27	3.1	27	62	12	64	29	16	24	29	1.97
51035--51119	28	3.0	28	62	13	66	29	16	24	29	1.97
50907--51095	61	3.1	61	90	5	301	31	17	25	24	1.97
50880--51310	216	2.0	215	88	4	647	30	18	25	25	1.98
51134--51371	61	3.9	61	92	2	388	29	20	24	25	1.99
51259--51545	149	1.9	149	86	5	412	29	20	24	25	1.99
51415--51547	55	2.4	55	89	0	194	28	21	22	27	1.99
52518--52551	7	4.6	7	89	10	50	0	14	0	85	0.60
52523--52562	18	2.2	18	86	8	55	0	10	5	85	0.75
53773--53863	19	5.4	19	71	28	98	34	13	18	34	1.90
53788--53844	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
53767--53871	32	3.3	32	98	0	201	33	12	20	34	1.90
53915--53942	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
53895--53960	33	2.0	33	88	5	98	30	15	13	40	1.85
54861--54909	21	2.2	21	89	7	71	26	16	16	40	1.89
57799--57862	32	2.0	33	87	3	94	40	18	12	28	1.87
68862--69081	79	2.8	79	77	5	221	32	15	25	27	1.95
69021--69132	51	2.2	51	85	3	145	32	13	25	29	1.93
69115--69188	28	2.7	26	72	8	67	24	24	32	18	1.97
69068--69377	110	2.9	107	81	2	359	30	17	26	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69225--69298	28	2.6	28	93	0	130	22	24	32	20	1.98
69257--69428	79	2.2	79	96	0	326	29	17	27	25	1.97
69360--69479	51	2.4	51	83	8	154	33	15	25	25	1.95
69483--69538	28	2.0	28	89	0	85	32	19	28	19	1.97
68906--69607	347	2.0	347	88	1	1050	31	15	26	25	1.96
69607--69726	50	2.4	50	83	8	136	31	14	25	29	1.94
71585--71629	19	2.4	19	96	0	81	0	6	17	75	1.01
72096--72150	20	2.8	20	88	0	74	41	12	14	30	1.83
73249--73280	15	2.1	15	100	0	64	46	15	12	25	1.81
73314--73357	8	5.1	8	81	13	52	84	13	0	2	0.73
73316--73365	10	5.1	10	73	11	50	84	14	0	2	0.72
73314--73361	18	2.7	18	86	0	69	83	14	0	2	0.74
73315--73366	26	2.0	26	92	0	86	80	17	0	1	0.80
73317--73356	17	2.4	16	87	8	53	85	12	0	2	0.71
73314--73373	26	2.4	25	86	5	84	81	15	1	1	0.85
74622--74700	14	5.9	14	75	14	60	35	11	17	35	1.86
74628--74700	13	5.5	13	78	6	67	34	12	17	35	1.88
74614--74693	25	3.0	25	77	12	72	36	12	17	33	1.87
74721--74792	28	2.6	28	84	2	92	25	27	20	26	1.99
74980--75091	32	3.5	31	86	7	154	30	30	19	19	1.97
74963--75091	64	2.0	63	83	8	163	31	30	17	20	1.95
74966--75102	32	4.3	32	81	5	143	29	29	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75100--75187	43	2.0	43	86	0	122	30	23	14	30	1.95
75192--75623	104	4.2	103	83	3	322	24	25	14	34	1.94
75274--75942	52	12.7	52	70	11	218	24	27	14	34	1.94
75365--75628	104	2.5	104	91	0	456	25	26	14	33	1.94
75605--75720	61	1.9	61	87	3	171	22	26	14	36	1.93
75397--75976	269	2.2	269	91	0	935	23	27	14	35	1.93
75666--75934	104	2.6	104	89	0	385	23	27	13	34	1.93
85038--85097	21	2.9	21	82	5	68	33	25	5	36	1.78
86664--86711	13	4.1	13	75	25	61	37	16	12	33	1.86
86664--86732	33	2.1	34	89	8	106	34	17	14	33	1.90
87354--87387	17	2.0	17	88	0	50	35	23	0	41	1.55
89291--89319	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
94414--94459	20	2.1	23	84	15	71	41	17	4	36	1.69
96135--96184	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
96142--96184	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
102315--102340	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
102297--102360	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
109106--109197	43	2.1	44	97	2	177	50	4	21	23	1.67
109655--109685	14	2.2	14	94	0	53	77	0	12	9	0.99
110641--110666	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
110623--110686	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
114735--114765	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116984--117029	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
119441--119466	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
119423--119486	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
120845--120902	19	3.0	20	82	7	75	34	15	15	34	1.89
120886--120910	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
121754--121817	32	2.0	33	87	3	94	28	12	15	43	1.83
123854--123896	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
126450--126480	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
132142--132179	20	1.9	20	100	0	76	39	10	18	31	1.85
132206--132259	20	2.7	20	88	0	72	35	12	18	33	1.89

Tables:   1   2