genome.fa.s146.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold146
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  254200

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 227 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142365--142409	21	2.2	20	84	4	54	24	20	0	55	1.43
142720--142748	14	2.1	14	100	0	58	6	24	6	62	1.45
143628--143665	20	1.9	20	100	0	76	39	10	18	31	1.85
143690--143744	20	2.8	20	86	8	76	32	12	18	36	1.88
145289--145330	16	2.4	18	84	11	52	23	9	0	66	1.21
145962--146108	29	5.1	29	86	1	188	30	29	17	22	1.96
146064--146144	28	2.8	27	85	9	90	34	25	18	20	1.96
146151--146378	43	4.8	49	78	12	237	25	25	17	32	1.97
146151--146375	92	2.4	94	89	3	346	25	25	17	31	1.97
146288--146425	52	2.6	55	80	7	160	24	25	15	34	1.94
147074--147130	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
147054--147154	32	3.1	32	97	1	184	34	11	17	35	1.87
147052--147149	19	5.8	18	71	28	90	33	12	17	36	1.87
147054--147182	65	2.0	65	81	6	154	37	13	16	31	1.88
147225--147405	52	3.5	52	96	0	335	36	18	17	27	1.93
151502--151566	30	2.2	30	86	2	87	46	0	10	43	1.38
152219--152251	3	11.0	3	93	0	57	33	3	0	63	1.10
152381--152411	2	15.5	2	93	0	53	54	0	0	45	0.99
152531--152594	25	2.5	24	75	14	58	48	0	0	51	1.00
156530--156581	22	2.3	22	87	9	70	61	0	0	38	0.96
158304--158351	2	24.0	2	95	0	87	50	2	0	47	1.12
158922--158964	23	1.9	23	85	4	61	51	2	4	41	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162521--162649	52	2.5	52	93	2	224	28	18	19	33	1.96
162658--162682	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
162729--162790	32	1.9	32	96	0	115	38	16	9	35	1.81
163535--163806	49	5.7	48	79	8	290	30	19	25	25	1.98
163850--164045	28	6.8	29	81	5	157	21	16	29	32	1.95
163878--164043	28	5.8	28	85	5	217	19	16	31	31	1.94
163829--164045	58	3.8	58	83	6	246	21	15	30	33	1.94
163850--164045	86	2.3	86	83	4	252	21	16	29	32	1.95
165492--165579	1	88.0	1	73	0	59	3	2	9	85	0.80
165480--165581	19	5.6	17	79	12	96	2	1	11	83	0.84
165480--165549	33	2.2	32	87	7	97	1	1	11	85	0.72
165481--165581	44	2.2	45	83	10	127	2	1	11	83	0.85
179408--179536	52	2.5	52	92	0	213	30	18	17	34	1.94
179545--179569	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
179614--179684	32	2.2	32	92	0	115	36	18	12	32	1.88
179641--179665	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
180920--180989	28	2.5	28	81	6	79	20	12	1	65	1.33
181391--181437	21	2.2	21	84	0	58	36	6	23	34	1.80
181400--181443	21	2.1	21	82	0	52	36	6	18	38	1.77
185873--185910	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
192457--192512	20	2.8	20	97	0	103	33	10	10	44	1.74
193223--193256	13	2.6	13	86	13	52	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195516--195609	47	2.0	47	97	0	179	34	7	20	38	1.80
195884--195941	2	29.0	2	92	0	98	50	0	0	50	1.00
196498--196539	21	2.0	21	100	0	84	42	23	9	23	1.83
198864--198904	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
198944--199014	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
198984--199120	53	2.6	53	91	1	220	37	17	18	27	1.93
199152--199206	21	2.5	21	85	5	74	27	25	10	36	1.89
199801--199867	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
203463--203503	21	1.9	22	90	5	66	43	17	17	21	1.87
204409--204434	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
205030--205059	5	6.0	5	92	0	51	80	16	0	3	0.85
205030--205063	10	3.3	10	87	4	50	79	14	0	5	0.91
205142--205508	65	5.6	65	78	4	328	41	14	24	19	1.89
205154--205508	131	2.7	129	81	4	399	41	14	23	20	1.89
207085--207122	20	1.9	20	94	0	67	34	21	10	34	1.87
209776--209828	20	2.7	20	75	11	56	33	11	13	41	1.80
209972--210002	15	2.1	15	93	0	53	51	16	0	32	1.44
210651--210691	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
210728--210784	21	2.8	20	81	5	69	40	15	14	29	1.87
210772--210909	53	2.6	53	92	1	231	38	18	16	26	1.92
210932--210962	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
210950--211004	20	2.6	22	88	8	87	25	25	10	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211061--211087	13	2.1	13	100	0	54	29	14	22	33	1.94
216101--216159	19	3.4	19	73	26	76	32	11	20	35	1.89
216119--216143	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
216101--216175	32	2.3	32	95	0	132	32	14	20	33	1.92
223255--223383	52	2.5	52	97	0	240	29	17	17	35	1.93
223392--223416	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
223478--223502	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
223457--223521	32	2.0	32	96	0	121	36	16	12	33	1.87
223459--223542	19	4.7	19	80	18	108	36	17	11	33	1.87
224393--224913	49	10.9	52	75	14	278	34	17	23	25	1.96
224510--224575	22	3.0	22	62	33	52	30	19	22	27	1.98
224500--224958	43	10.1	43	80	10	531	32	17	23	25	1.97
224501--224568	21	3.2	21	65	19	59	30	17	25	26	1.97
224447--224957	92	5.5	92	92	0	788	33	17	23	25	1.96
224963--225116	33	4.7	32	86	3	218	18	18	32	30	1.95
224963--225124	65	2.5	66	85	5	231	19	17	32	29	1.95
225132--225185	27	2.0	27	88	0	81	29	12	33	24	1.92
225152--225786	69	9.4	66	78	8	559	33	12	33	19	1.90
225223--225786	237	2.4	238	86	4	770	33	12	33	19	1.90
225185--225788	34	17.9	34	81	6	599	33	12	33	19	1.90
225678--226004	63	5.2	62	86	5	394	30	16	30	22	1.96
226956--227009	27	2.0	27	86	13	76	0	9	5	85	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226953--227010	17	3.6	17	77	17	63	0	10	6	82	0.83
226953--227009	30	1.9	29	89	10	89	0	10	5	84	0.77
234263--234287	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
234330--234427	19	5.8	18	69	28	81	36	16	12	34	1.86
234349--234405	13	3.9	13	74	24	51	33	15	14	36	1.88
234328--234425	32	3.0	32	95	1	169	35	16	12	35	1.86
235096--235138	14	2.7	16	79	20	54	48	16	4	30	1.66
235104--235136	14	2.4	14	95	5	59	48	15	6	30	1.69
235446--235483	20	1.9	20	88	0	58	34	18	10	36	1.85
235540--235605	20	3.7	20	67	26	65	39	15	16	28	1.89
235536--235603	33	2.1	33	97	0	127	38	13	17	30	1.88
236305--236469	75	2.2	75	92	0	276	36	13	20	29	1.91
239418--239960	155	3.5	154	79	6	516	37	19	18	24	1.94
241563--241600	11	3.4	11	89	10	51	0	15	0	84	0.63
241569--241601	15	2.4	14	90	10	50	0	15	0	84	0.61
242251--243030	165	4.7	165	83	3	837	52	8	12	26	1.67
244685--244758	20	3.7	19	82	10	76	33	10	16	39	1.83
245125--245174	22	2.3	22	85	0	64	40	8	20	32	1.81
246075--246116	16	2.7	15	89	7	66	11	4	2	80	0.95

Tables:   1   2

The End!