genome.fa.s1473.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1473
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  155800

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2024--2167	62	2.3	62	90	1	227	25	21	20	31	1.98
3145--3200	20	2.7	20	88	5	76	28	16	12	42	1.84
5555--6113	79	7.2	77	79	7	447	28	21	12	38	1.89
5594--6114	232	2.2	232	81	6	565	28	21	12	38	1.89
6086--6150	33	2.0	33	100	0	130	33	13	0	52	1.41
5682--6103	154	2.7	154	80	5	372	29	20	12	37	1.89
7747--8167	28	14.6	28	79	7	369	28	28	18	24	1.98
7728--8167	56	7.7	56	79	6	416	28	28	17	25	1.98
7726--8239	114	4.4	113	78	7	428	29	29	17	24	1.97
8167--8291	65	2.0	63	87	3	178	28	30	18	22	1.97
10819--11016	79	2.5	79	85	1	272	32	18	24	23	1.97
10972--11039	28	2.4	28	83	11	86	27	17	29	25	1.97
10891--11090	107	1.9	107	83	4	260	34	14	25	26	1.94
11026--11141	51	2.3	51	88	4	171	31	9	28	31	1.89
11155--11272	51	2.4	50	87	5	168	27	15	31	26	1.96
10996--11303	129	2.4	129	87	6	419	30	13	28	27	1.95
11206--11412	80	2.6	78	81	4	245	32	12	25	29	1.92
14464--14649	41	4.4	40	74	14	108	45	11	23	18	1.83
14678--15342	61	11.1	61	82	7	729	29	19	25	25	1.98
14684--15342	177	3.7	179	82	8	761	29	19	25	25	1.99
14678--15364	238	2.9	237	87	1	957	29	19	25	25	1.99
15288--15477	95	1.9	97	83	8	242	29	17	28	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15539--15566	13	2.2	13	100	0	56	7	25	14	53	1.66
16446--16512	1	67.0	1	72	0	53	0	7	5	86	0.70
16445--16509	15	4.6	14	79	9	78	0	7	7	84	0.77
16445--16512	18	3.5	20	78	15	81	0	7	7	85	0.75
26787--26915	52	2.5	52	92	0	222	28	18	17	34	1.94
26978--27062	19	4.7	19	77	18	92	37	18	11	31	1.87
27016--27040	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
26997--27060	32	2.0	33	93	3	112	34	20	12	32	1.90
31605--31847	79	3.1	77	80	3	227	32	13	27	26	1.94
31694--32109	131	3.2	128	81	6	478	33	11	26	29	1.91
31783--31899	51	2.3	50	89	4	180	29	10	29	31	1.90
31914--32027	51	2.2	51	81	3	131	31	10	28	29	1.90
31963--32171	80	2.6	80	84	4	289	33	11	24	30	1.90
38161--38207	20	2.3	21	73	23	55	36	14	19	29	1.92
38274--38318	22	2.0	22	100	0	90	33	26	8	31	1.87
38588--38659	36	2.0	36	91	2	119	31	12	30	25	1.92
38588--38671	36	2.5	34	86	7	109	29	13	27	29	1.94
39241--39681	150	2.9	149	80	5	469	37	19	19	23	1.94
49964--50001	20	1.9	20	94	0	67	39	7	18	34	1.80
49989--50060	20	3.6	20	92	3	110	36	15	12	36	1.85
50873--51044	69	2.5	70	92	1	285	25	16	26	30	1.97
50985--51651	28	23.3	28	82	5	640	24	18	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52856--52922	11	6.1	11	77	10	66	1	2	10	85	0.78
52856--52922	32	2.2	30	86	5	89	1	2	10	85	0.78
52856--52922	21	3.2	20	84	16	82	1	2	10	85	0.78
66679--66704	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
66660--66724	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
73622--73667	7	6.7	7	97	2	85	0	26	0	73	0.83
73615--73667	21	2.6	20	91	5	88	0	24	0	75	0.80
79182--79245	24	2.6	25	76	18	71	43	0	0	56	0.99
79175--79247	23	3.1	22	80	11	74	46	0	1	52	1.09
79464--79505	22	1.9	22	100	0	84	28	4	19	47	1.69
83360--83384	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
83454--83509	21	2.6	22	94	5	105	37	10	25	26	1.88
88181--88219	20	1.9	20	84	5	51	10	28	43	17	1.82
88665--88702	13	2.9	13	88	0	58	34	15	18	31	1.92
91054--91079	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
91118--91194	21	3.8	20	78	3	91	28	15	11	44	1.82
91139--91211	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
91118--91211	41	2.3	41	96	0	170	29	17	12	40	1.86
91765--91860	48	2.0	48	100	0	192	25	29	8	37	1.85
93702--93739	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
95811--95841	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
99741--99766	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99826--99899	20	3.6	20	78	7	94	31	17	13	37	1.89
99805--99899	42	2.3	42	96	1	174	29	16	12	41	1.86
102505--102549	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
104750--104814	32	2.0	32	82	11	78	29	13	13	43	1.83
105706--106172	28	16.5	28	82	5	519	22	16	29	30	1.96
105706--106157	141	3.2	140	82	4	543	22	16	30	30	1.96
105706--106155	113	4.0	113	85	4	552	22	16	30	30	1.96
107411--107496	14	6.3	13	70	17	50	2	5	10	81	0.95
107413--107505	22	4.3	20	76	15	80	4	5	9	80	1.00
121370--121444	20	3.8	20	83	0	96	44	12	10	33	1.76
121374--121515	40	3.8	40	70	16	131	42	14	11	30	1.81
121320--121496	91	1.9	91	89	0	273	41	13	13	31	1.83
121459--121515	20	2.8	20	83	0	78	42	15	10	31	1.81
121339--121515	91	1.9	91	88	0	264	42	13	14	29	1.83
121388--121598	72	2.9	72	94	0	361	44	14	12	28	1.82
121531--121587	20	2.8	20	78	0	69	43	15	10	29	1.80
122857--122988	27	4.7	27	74	16	110	51	5	9	33	1.58
122916--122988	28	2.6	28	86	2	103	52	2	6	38	1.43
123499--123537	7	5.3	7	85	11	51	64	0	0	35	0.94
123513--123565	15	3.5	15	75	12	54	60	0	0	39	0.97
123901--123934	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
129531--129572	16	2.6	17	88	7	61	54	2	0	42	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129878--129923	2	23.0	2	95	0	83	50	0	2	47	1.13
130271--130314	21	2.1	21	87	8	63	25	13	2	59	1.46
130462--130497	16	2.2	16	90	0	54	80	0	0	19	0.71
131697--131801	45	2.3	47	81	8	135	40	1	1	55	1.22
132851--133006	50	3.1	50	92	0	267	26	18	21	33	1.96
139439--139484	20	2.3	20	85	7	58	32	17	13	36	1.88
139520--139570	20	2.6	20	87	3	68	37	17	11	33	1.86
141678--141710	16	2.1	16	100	0	66	39	18	18	24	1.92
141992--142041	26	1.9	26	100	0	100	26	16	12	46	1.81
143900--144144	122	2.0	122	96	0	454	26	11	22	38	1.89
146461--146629	51	3.3	51	83	3	196	33	12	23	30	1.91
146592--146781	76	2.5	76	87	0	281	34	14	24	26	1.94
146720--147000	102	2.8	103	81	6	326	33	11	25	29	1.91
146717--147000	153	1.9	150	81	6	340	33	11	26	29	1.91
146720--146993	51	5.4	52	80	7	255	33	11	25	29	1.91
149377--149439	19	3.7	18	74	24	64	36	15	12	34	1.86
149369--149441	32	2.3	32	95	0	128	35	16	12	35	1.86
149396--149420	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
150142--150333	43	4.4	44	75	15	177	39	14	26	20	1.90
150372--150455	28	3.2	26	64	20	66	22	21	29	26	1.99
150316--151099	155	4.8	156	78	11	760	25	20	28	25	1.99
150469--150946	55	8.4	55	77	12	430	24	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150464--150947	116	4.2	111	79	11	489	25	20	27	26	1.99
150967--151159	55	3.4	55	85	6	226	24	21	28	25	1.99
151061--151146	27	3.1	27	61	9	66	20	23	29	26	1.99
151163--151921	61	12.5	60	87	4	1003	29	18	26	25	1.98
151163--151921	121	6.3	122	87	4	1045	29	18	26	25	1.98

Tables:   1

The End!