genome.fa.s1475.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1475
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  209212

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6310--6381	28	2.6	28	82	10	85	27	20	30	20	1.98
6332--6386	28	2.0	28	92	0	92	30	16	29	23	1.96
6370--6483	51	2.2	51	84	3	149	31	8	26	33	1.87
6226--6419	107	1.8	107	86	4	284	32	14	26	25	1.94
6421--6596	80	2.2	80	88	3	266	30	13	26	28	1.94
6494--6842	51	6.7	50	75	13	260	32	11	26	29	1.92
6550--6620	27	2.6	29	82	11	94	23	19	30	25	1.98
6224--6722	237	2.1	238	87	3	727	32	13	26	28	1.93
6603--6841	51	4.6	51	83	4	293	32	10	26	30	1.91
6603--6841	102	2.3	103	85	5	331	32	10	26	30	1.91
9197--9237	21	2.0	21	95	0	73	26	21	9	41	1.84
13936--13962	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
14012--14080	33	2.1	33	86	5	95	31	14	17	36	1.90
18734--18827	19	5.6	18	71	28	82	35	17	12	35	1.87
18729--18827	32	3.1	32	97	1	180	35	17	12	35	1.87
18753--18809	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
23872--23993	61	2.0	61	96	0	226	22	13	22	41	1.89
24085--24198	51	2.3	49	90	3	174	42	7	18	30	1.79
25093--25137	18	2.5	18	96	0	81	28	22	8	40	1.84
34117--34240	52	2.4	51	94	1	212	28	17	18	35	1.94
34117--34260	52	2.8	51	88	5	202	29	17	18	34	1.94
34249--34273	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34318--34380	33	1.9	33	86	0	90	42	14	9	33	1.78
39642--39837	97	2.0	97	87	7	283	39	10	22	28	1.86
42243--42288	21	2.2	21	88	3	67	32	13	8	45	1.73
46095--46574	167	2.9	167	79	10	403	30	11	8	49	1.68
46309--46620	169	1.9	168	83	2	410	32	12	6	49	1.65
47210--47259	22	2.4	20	83	12	57	78	0	12	10	0.98
48093--48123	5	6.4	5	92	7	55	80	0	0	19	0.71
48093--48131	15	2.9	14	85	14	55	79	0	0	20	0.73
48145--48528	140	2.7	141	85	4	492	33	10	10	45	1.73
50477--50512	17	2.1	18	89	5	56	38	16	5	38	1.72
51496--51672	46	3.9	45	80	7	200	46	5	8	38	1.58
53768--53813	24	1.9	24	91	8	76	45	10	0	43	1.39
54016--54182	83	2.0	83	88	2	246	26	17	12	43	1.85
54681--54733	26	2.1	25	82	10	63	66	5	16	11	1.42
56160--56184	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
59630--59686	20	2.8	20	91	0	96	24	17	15	42	1.88
59671--59697	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
60715--61474	33	22.8	35	81	12	783	33	13	33	20	1.91
60883--60975	27	3.2	27	77	16	96	31	15	36	17	1.90
61122--61313	98	2.0	95	87	5	278	30	14	34	20	1.92
61361--61415	28	2.0	28	85	3	76	27	14	34	23	1.94
61252--61446	68	3.0	62	83	7	196	33	13	32	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61390--61507	30	3.8	31	84	4	121	31	16	28	22	1.96
62534--62565	13	2.6	13	90	9	50	0	12	0	87	0.54
69726--69852	52	2.5	51	89	5	193	28	18	18	33	1.95
69861--69885	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
69948--69972	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
69926--69992	33	2.0	33	85	0	89	41	13	10	34	1.79
70784--71499	49	14.8	53	78	13	516	31	17	25	25	1.97
70848--71488	49	13.5	49	81	11	775	31	18	25	24	1.98
71151--71218	22	3.1	22	62	26	54	30	20	25	23	1.98
70892--71450	92	6.0	92	89	5	806	30	18	26	24	1.98
70892--71504	183	3.3	183	87	6	831	30	18	26	24	1.98
71334--71401	22	3.1	22	62	26	54	30	20	25	23	1.98
71314--71380	21	3.1	21	62	26	50	26	19	28	25	1.99
71499--71568	33	2.1	35	94	5	126	20	17	37	25	1.94
71573--72360	34	23.6	34	81	12	783	33	12	34	19	1.90
71553--72365	33	24.3	33	80	13	723	32	12	34	20	1.90
71774--71866	27	3.2	27	77	16	96	31	15	36	17	1.90
72013--72204	98	2.0	95	88	5	287	30	14	34	20	1.92
72252--72306	28	2.0	28	85	3	76	27	14	34	23	1.94
72281--72398	30	3.8	31	84	4	121	31	16	28	22	1.96
73330--73364	1	35.0	1	94	0	61	0	2	0	97	0.19
73494--73648	79	2.0	79	84	5	206	32	13	27	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73581--73699	51	2.3	51	82	5	134	31	10	26	31	1.89
73502--73910	130	3.1	130	85	3	536	32	12	25	28	1.93
73765--73908	78	1.8	78	89	0	225	30	14	26	28	1.95
76211--76317	20	5.7	20	78	16	122	45	12	13	28	1.79
76211--76317	33	2.8	38	77	21	118	45	12	13	28	1.79
76253--76277	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
76213--76318	53	2.0	53	92	0	176	44	12	13	30	1.80
76304--76447	30	5.5	29	65	29	108	41	15	15	26	1.88
76284--76467	50	3.7	50	96	0	332	42	15	15	26	1.86
76923--76974	9	5.7	9	80	8	52	78	0	19	1	0.84
76933--76974	17	2.4	16	85	14	57	80	0	16	2	0.81
78290--78563	143	1.9	142	83	5	354	25	18	17	37	1.93
79024--80471	728	2.0	725	85	2	1960	35	13	16	33	1.89
83193--83245	20	2.6	21	90	3	81	41	15	16	26	1.88
83277--83344	33	2.1	32	86	2	91	38	16	11	33	1.85
86526--86551	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
86506--86571	33	2.0	33	82	5	80	25	15	18	40	1.89
88919--89307	51	7.4	50	71	17	200	30	25	12	31	1.92
89028--89103	27	2.8	27	90	9	111	23	32	21	22	1.98
89086--89308	52	4.3	52	82	7	231	30	25	11	32	1.91
89088--89308	105	2.1	103	84	3	282	30	25	10	33	1.90
89291--89367	28	2.8	28	86	4	93	23	35	19	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88917--89417	264	1.9	262	90	2	790	28	26	12	31	1.93
93800--93831	13	2.5	13	94	0	55	37	15	12	34	1.85
95622--95659	19	2.0	19	100	0	76	42	0	36	21	1.53
95656--95775	59	2.0	59	100	0	240	37	3	25	33	1.73
95744--95787	21	2.0	21	86	4	61	36	2	29	31	1.70
96355--96407	20	2.6	20	87	3	70	41	15	18	24	1.89
96459--96484	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
96439--96506	33	2.1	32	91	2	109	36	16	13	33	1.87
103342--103406	32	2.0	32	84	3	85	30	15	16	36	1.90
109586--109618	17	1.9	17	100	0	66	42	12	18	27	1.85
111517--111556	19	2.1	19	100	0	80	52	0	35	12	1.39
112912--112937	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
115290--115336	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
115457--115495	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
115481--115559	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
116938--116968	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
118772--118816	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
121017--121042	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
121436--121502	33	2.0	32	86	11	91	35	11	17	34	1.87
126637--126686	20	2.5	20	87	3	66	30	20	14	36	1.91
129596--129899	79	3.8	79	77	7	269	32	16	25	25	1.96
132149--132218	33	2.1	33	92	5	115	41	12	17	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132180--132244	20	3.2	20	91	0	103	46	15	12	26	1.81
132169--132198	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87
143970--144118	52	2.8	52	92	1	235	34	18	17	30	1.94
148255--148588	52	6.6	50	80	6	307	34	17	23	24	1.96
148261--148588	101	3.2	100	82	5	347	34	17	23	25	1.96
148261--148954	49	14.8	50	73	15	334	29	18	25	26	1.98
148261--148864	88	6.3	98	83	7	353	30	17	25	26	1.98
148566--149289	39	16.9	39	73	17	512	25	19	27	27	1.98
148517--149168	88	7.5	88	90	2	983	26	18	27	27	1.98
148518--149338	214	3.8	214	78	13	881	26	19	27	27	1.99

Tables:   1   2