genome.fa.s1482.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1482
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  284187

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3209--3264	21	2.7	21	100	0	112	35	10	14	39	1.81
3322--3346	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
3302--3368	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
3390--3467	34	2.3	34	97	0	147	37	17	10	34	1.84
3443--3467	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
10338--10379	21	2.0	21	85	0	57	21	14	0	64	1.29
12454--12561	52	2.1	52	85	0	144	32	15	15	36	1.90
12607--12670	32	2.0	32	87	3	92	40	12	18	28	1.87
13819--13871	25	2.1	25	100	0	106	28	7	20	43	1.79
17868--18234	79	4.7	79	80	8	374	27	24	13	33	1.94
17897--18234	153	2.2	153	81	7	389	27	25	14	32	1.95
19439--19497	29	2.0	29	100	0	118	25	16	16	40	1.90
26089--26155	33	2.0	33	88	5	100	35	14	11	37	1.84
26187--26277	20	4.6	19	81	8	94	37	14	18	29	1.90
29312--29342	14	2.2	14	100	0	62	29	12	12	45	1.80
42057--42110	20	2.7	20	85	2	72	29	14	12	42	1.83
54695--54735	17	2.5	17	92	4	66	19	2	0	78	0.87
54720--55330	159	3.9	158	78	9	613	38	10	10	39	1.75
56331--56368	20	1.9	20	88	0	58	18	21	23	36	1.95
56408--56456	22	2.1	25	85	11	68	4	14	8	73	1.21
56494--56545	26	2.0	27	92	3	88	11	25	15	48	1.78
56504--56565	25	2.4	26	86	7	83	9	24	12	53	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56526--56573	25	1.9	25	86	0	69	14	20	12	52	1.74
56961--57001	16	2.5	17	77	22	52	29	2	0	68	1.03
56977--57019	21	2.1	20	86	4	59	27	0	0	72	0.85
56973--57022	14	3.4	14	84	13	57	32	0	0	68	0.90
59625--59674	20	2.5	20	86	0	64	30	16	16	38	1.90
59731--59794	33	2.0	32	90	3	101	39	17	10	32	1.84
65947--65985	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
66117--66157	22	2.0	21	86	13	59	31	21	4	41	1.74
68285--68334	20	2.5	20	86	0	64	30	16	16	38	1.90
68408--68432	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
68388--68455	33	2.1	33	91	2	111	36	17	13	32	1.89
71098--71162	19	3.8	18	71	24	68	33	12	15	38	1.85
71100--71170	32	2.2	32	94	0	124	33	12	16	36	1.87
73467--73492	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
73446--73512	34	2.0	33	91	2	107	44	13	16	25	1.84
84839--84863	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
90032--90147	52	2.3	51	95	1	205	30	17	18	34	1.93
90032--90167	52	2.6	52	87	5	188	31	16	18	33	1.94
90156--90180	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
90219--90256	20	1.9	19	94	5	67	52	10	10	26	1.68
90979--91132	52	2.9	54	81	5	188	35	16	24	24	1.94
91086--91177	43	2.1	43	93	2	157	29	17	27	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91165--91253	30	3.0	29	78	16	101	16	16	35	30	1.92
91165--91259	27	3.3	27	80	12	100	15	16	35	31	1.91
91239--91320	30	2.7	31	88	1	121	29	21	20	28	1.98
92761--92860	1	100.0	1	70	0	56	5	4	7	84	0.88
92761--92827	15	4.8	13	81	13	71	2	1	8	86	0.73
92761--92857	21	4.7	20	77	17	83	5	4	7	83	0.90
92760--92861	44	2.3	44	83	12	129	4	4	7	82	0.95
106712--106827	52	2.3	51	95	1	205	30	17	18	34	1.93
106712--106847	52	2.6	52	87	5	188	31	16	18	33	1.94
106836--106860	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
106901--106967	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
106923--106947	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
108918--108965	8	5.6	8	79	13	51	85	8	0	6	0.74
108897--108974	19	4.4	17	76	15	68	80	10	5	3	0.99
108917--108974	27	2.1	27	84	12	75	82	10	1	5	0.89
110408--110579	28	6.1	28	85	4	211	31	33	16	18	1.93
110402--110582	87	2.1	86	86	2	247	30	33	15	19	1.93
110560--110717	34	4.7	34	89	2	221	20	34	9	35	1.85
110718--110810	30	3.3	28	75	14	86	34	33	16	16	1.91
110732--110815	28	3.1	28	74	23	81	34	33	15	16	1.91
110832--111273	87	4.9	87	81	4	470	26	25	18	29	1.98
111013--111581	48	11.8	48	70	10	295	25	26	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110832--111374	179	3.0	177	82	4	618	26	26	17	29	1.97
111192--111373	52	3.7	48	74	7	141	27	28	16	28	1.97
111200--111427	49	4.6	49	76	5	199	26	27	15	29	1.96
111191--111523	149	2.2	149	78	4	323	25	27	16	30	1.97
112392--112441	19	2.6	19	93	0	82	34	12	16	38	1.85
112469--112506	20	1.9	20	100	0	76	39	13	15	31	1.86
112493--112518	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
116496--116601	51	2.1	51	92	1	176	42	14	16	27	1.86
116586--116632	20	2.3	20	96	0	85	29	10	23	36	1.89
116713--116759	20	2.3	20	89	7	69	38	23	6	31	1.80
116606--116864	81	3.2	80	68	14	242	31	15	15	38	1.88
116606--116905	162	1.9	162	96	0	555	32	16	14	37	1.89
122657--122716	14	4.4	14	74	12	54	78	1	6	13	1.02
124148--124284	42	3.3	41	72	7	114	20	30	11	37	1.88
124303--124512	85	2.5	84	80	10	214	20	29	13	36	1.92
124346--124541	84	2.3	84	81	6	218	19	28	14	38	1.90
126516--126548	14	2.4	14	95	5	59	87	0	12	0	0.53
129568--129664	39	2.5	40	83	11	128	46	12	0	41	1.41
130325--130382	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
130609--130659	24	2.2	23	82	10	59	52	3	0	43	1.19
130624--130679	8	7.0	8	82	10	62	62	1	0	35	1.06
131632--131669	15	2.4	16	86	8	51	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132627--132651	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
135351--135394	23	1.9	23	85	0	61	38	2	0	59	1.10
141238--141297	21	2.9	21	79	20	72	53	1	25	20	1.55
142780--142805	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
144135--144193	10	5.7	10	77	15	66	22	27	11	38	1.89
144219--144272	22	2.5	22	96	0	99	24	25	12	37	1.91
144153--144326	86	2.0	85	83	9	221	29	24	12	33	1.92
144712--144778	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
145870--145911	21	2.0	21	85	0	57	42	4	28	23	1.74
146297--146457	84	1.9	84	81	7	193	52	3	18	25	1.60
147392--147427	17	2.1	18	89	5	56	25	11	11	52	1.69
148546--148734	99	1.9	99	95	0	342	33	7	27	30	1.85
149621--149721	10	9.8	10	66	9	51	27	25	6	39	1.81
149621--149693	20	3.5	20	78	7	83	27	24	6	41	1.80
149639--149714	22	3.5	22	75	7	75	28	25	7	38	1.84
149621--149714	42	2.2	42	90	0	143	27	25	7	39	1.82
151264--151339	20	3.7	20	75	13	82	31	14	19	34	1.92
151251--151337	42	2.1	42	95	0	156	31	17	17	34	1.93
151251--151317	22	3.1	22	71	16	77	28	19	16	35	1.93
152295--152468	20	8.6	20	74	9	138	34	17	12	35	1.87
152295--152468	40	4.3	40	74	11	165	34	17	12	35	1.87
152314--152489	82	2.2	82	94	3	313	36	17	12	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157029--157054	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
157038--157094	19	2.9	19	84	2	78	29	15	19	35	1.93
163348--163437	33	2.7	33	91	0	144	31	14	12	42	1.82
165322--165398	22	3.6	21	80	7	84	42	2	29	24	1.68
165933--165959	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
165943--165999	19	2.9	19	86	2	78	33	15	15	35	1.90
166031--166081	20	2.5	20	87	6	68	39	13	13	33	1.84
166121--166173	20	2.7	20	100	0	106	33	11	15	39	1.83
178580--178606	10	2.7	10	100	0	54	92	7	0	0	0.38
178579--178621	17	2.6	17	85	7	54	88	6	2	2	0.68

Tables:   1   2