genome.fa.s1502.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1502
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  140229

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7--2613	32	85.5	32	76	11	1600	31	27	18	22	1.97
7--2667	124	21.8	124	75	11	1720	31	27	17	23	1.97
49--2608	306	8.4	304	76	11	1820	30	27	18	23	1.97
41--2667	92	28.7	91	73	13	568	30	27	17	23	1.97
3863--3909	17	2.9	16	84	9	60	76	0	19	4	0.95
3863--3907	23	1.9	24	86	4	65	75	0	20	4	0.97
19980--20034	20	2.8	20	82	0	65	38	10	14	36	1.81
20051--20159	20	4.9	21	71	24	89	40	13	16	29	1.87
19949--20158	71	2.9	71	87	2	278	41	13	16	28	1.86
20071--20167	51	1.9	51	91	4	160	41	13	17	27	1.87
23710--23789	37	2.2	37	100	0	160	41	10	7	41	1.67
24429--24483	27	2.0	27	82	13	67	45	7	1	45	1.41
27746--27790	21	2.2	20	84	4	54	57	11	4	26	1.52
28031--28083	23	2.3	23	83	3	63	62	0	0	37	0.96
28029--28076	15	2.9	16	81	12	53	60	0	0	39	0.97
28032--28083	12	4.3	12	73	7	52	61	0	0	38	0.96
39136--39212	31	2.5	31	95	0	136	44	10	18	27	1.82
39167--39283	51	2.3	51	93	0	198	41	13	17	27	1.88
39198--39302	20	4.8	20	71	23	77	41	14	15	28	1.86
39249--39302	19	2.8	20	88	2	83	40	16	11	31	1.84
40263--40925	28	23.4	28	82	4	625	23	18	29	28	1.97
45945--46018	20	3.7	20	90	0	103	33	9	16	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45945--46035	40	2.3	40	82	3	103	32	9	15	41	1.80
45945--46035	20	4.6	19	84	5	92	32	9	15	41	1.80
60570--60623	21	2.7	20	75	8	56	37	12	11	38	1.79
62042--62113	7	9.7	7	77	16	56	83	11	1	4	0.85
62055--62144	39	2.3	38	83	11	103	81	12	2	4	0.94
63357--63605	28	8.9	28	91	1	392	28	32	18	20	1.96
63357--63606	113	2.2	113	92	1	405	28	32	18	21	1.96
63872--64299	28	14.9	28	88	4	570	29	32	17	21	1.96
63872--64299	113	3.7	113	90	3	626	29	32	17	21	1.96
63872--64302	85	5.0	84	88	3	578	29	31	17	22	1.96
63090--64122	515	2.0	515	99	0	2039	29	28	14	26	1.96
78936--79056	20	5.6	20	72	18	98	40	14	14	30	1.86
78977--79118	51	2.8	51	91	4	225	44	10	16	28	1.81
79755--79801	20	2.3	20	85	3	67	29	14	12	42	1.83
80110--80307	106	1.9	106	81	2	245	45	14	9	30	1.76
80943--80969	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
80924--80988	32	2.0	32	88	8	96	29	15	12	43	1.83
80953--81009	19	2.9	19	81	2	69	33	15	14	36	1.88
81054--81106	13	4.5	13	71	26	55	32	11	18	37	1.87
81038--81106	33	2.1	33	86	10	97	33	10	18	37	1.85
84805--84871	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
85350--85375	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85452--85480	14	2.1	14	100	0	58	34	6	27	31	1.83
85600--85670	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
85710--85750	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
91941--92011	19	3.6	19	75	7	79	32	18	12	36	1.88
91955--92032	21	3.8	20	76	8	86	32	16	10	41	1.82
91940--92033	40	2.3	40	92	0	161	31	17	11	39	1.85
92881--93380	49	10.8	49	73	13	360	30	18	25	25	1.98
92872--93282	147	2.9	145	79	11	466	31	18	25	25	1.98
93024--93374	88	4.0	88	90	2	517	28	19	25	26	1.99
93024--93370	175	2.0	175	88	1	516	28	19	25	26	1.99
93384--93484	28	3.4	29	77	15	100	18	19	28	32	1.96
93500--93663	34	5.1	33	77	14	146	37	12	32	17	1.87
93534--93659	59	2.1	61	88	2	184	35	12	32	19	1.89
93534--93625	27	3.2	27	76	18	96	36	13	30	19	1.90
93500--93673	93	1.9	94	82	3	226	36	12	32	17	1.88
93593--93671	34	2.4	34	86	2	115	37	12	32	16	1.86
93617--93686	33	2.1	34	83	2	88	35	12	30	21	1.91
95191--95289	1	99.0	1	73	0	63	0	0	15	84	0.61
95216--95290	10	7.8	10	79	18	79	0	0	14	85	0.60
95206--95290	30	3.0	29	80	14	104	0	0	16	83	0.65
95194--95290	39	2.5	40	83	11	112	0	0	16	83	0.65
95192--95287	8	11.9	8	82	13	92	0	0	15	84	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100259--100283	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
107369--107406	6	6.5	6	81	6	51	81	18	0	0	0.69
108612--109003	30	12.7	29	75	11	266	25	27	16	30	1.97
108622--109031	93	4.5	92	81	6	386	25	27	16	30	1.96
108606--109003	123	3.2	119	83	8	419	25	27	16	31	1.96
108889--109010	64	1.9	63	88	1	181	24	25	15	34	1.95
108984--109180	27	7.0	27	80	7	196	22	31	14	30	1.94
108948--109139	87	2.2	89	84	5	241	24	29	13	32	1.93
109309--109965	91	7.0	92	88	5	928	25	25	17	31	1.97
109203--109961	182	4.0	185	89	5	1048	25	26	17	30	1.97
109203--109960	273	2.7	276	88	5	1110	25	26	17	30	1.97
109645--109710	22	3.0	22	62	33	52	24	25	19	30	1.98
109813--110056	49	4.7	52	78	8	192	25	26	15	32	1.96
110722--110746	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
123130--123192	33	1.9	33	87	6	92	42	14	12	30	1.82
125355--125396	22	1.9	22	95	0	75	38	4	35	21	1.75
125980--126006	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
125961--126025	32	2.0	33	90	3	105	29	15	13	41	1.86
128549--128595	3	15.7	3	90	0	76	29	31	0	38	1.58
129149--129684	267	2.0	267	98	0	1036	26	20	17	36	1.94
130514--130584	20	3.6	20	81	10	76	32	18	16	32	1.94
130572--130597	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130606--130644	20	1.9	21	84	5	53	23	15	20	41	1.90
130648--130686	19	2.1	19	100	0	78	20	10	20	48	1.78
130651--130694	19	2.3	19	92	0	70	22	15	15	45	1.85
132003--132044	21	2.1	21	86	8	61	33	2	0	64	1.07
133252--133330	33	2.4	32	85	8	115	46	12	12	27	1.78

Tables:   1

The End!