genome.fa.s1507.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1507
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  297493

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1574--1599	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1553--1619	32	2.1	32	91	5	109	34	16	13	35	1.88
2634--2667	14	2.5	13	90	9	59	29	32	5	32	1.81
3325--3446	31	3.9	31	77	14	126	26	25	18	29	1.98
3312--3451	31	4.4	31	76	13	115	27	25	18	29	1.98
3315--3446	63	2.1	65	81	11	157	25	25	19	29	1.99
3496--4516	52	19.5	52	73	8	588	26	25	15	33	1.95
3512--3894	102	3.7	102	78	4	306	27	26	14	31	1.95
3504--4484	163	6.3	153	74	9	607	26	25	15	33	1.95
3506--4473	318	3.1	317	78	4	739	26	25	15	33	1.95
4291--4485	102	1.9	104	84	4	261	24	25	18	31	1.97
4293--4516	102	2.2	103	80	6	256	25	25	17	31	1.97
5567--5622	20	2.8	21	86	8	80	42	14	14	28	1.84
5671--5696	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
5653--5717	32	2.0	34	87	6	98	44	13	12	29	1.81
7958--8030	35	2.1	35	100	0	146	36	30	16	16	1.91
10975--11029	20	2.8	20	88	5	76	38	5	18	38	1.74
11014--11133	52	2.3	51	85	1	159	43	13	15	28	1.84
14632--14690	29	2.0	29	93	0	100	28	11	18	40	1.86
16320--16966	44	14.7	44	76	6	418	20	23	15	40	1.91
16361--16926	88	6.4	89	80	4	556	19	22	16	41	1.90
16320--16948	132	4.8	132	77	6	542	20	23	16	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16363--16966	176	3.4	176	80	4	637	20	22	15	40	1.90
17082--17228	43	3.5	42	72	9	138	21	22	9	46	1.79
17081--17278	85	2.3	84	84	2	254	20	20	10	47	1.79
17081--17308	85	2.7	83	80	6	242	19	21	10	48	1.78
17812--17863	20	2.7	20	85	8	72	36	17	17	28	1.92
26382--26406	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
26476--26527	20	2.7	19	85	8	61	38	15	13	32	1.86
28208--28558	166	2.1	167	82	7	412	31	10	8	48	1.68
28904--28934	10	3.1	10	90	0	53	77	0	9	12	0.99
30176--30779	310	1.9	310	80	8	694	24	16	19	39	1.91
30188--30788	155	3.9	155	77	8	580	23	16	19	39	1.91
33923--33973	20	2.5	20	83	0	66	47	5	15	31	1.70
34084--34137	20	2.7	20	88	2	81	35	18	9	37	1.83
43340--43487	76	2.0	75	94	1	260	50	10	8	30	1.68
51381--51669	65	4.4	65	82	1	292	19	22	13	43	1.86
51477--51708	65	3.6	65	83	5	222	19	21	13	44	1.86
55249--55346	19	5.8	18	71	28	90	37	17	11	33	1.85
55244--55344	32	3.1	32	94	1	175	36	17	10	34	1.85
56140--56583	43	9.8	43	81	10	440	31	18	23	25	1.97
56183--56583	49	8.7	49	83	8	465	31	18	23	26	1.98
56138--56585	92	4.9	86	84	8	466	31	18	23	26	1.97
56417--56484	21	3.2	21	64	25	52	27	16	27	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56745--56878	39	3.3	39	75	21	123	32	11	34	21	1.89
58244--58292	24	2.0	24	84	0	62	2	4	14	79	0.97
58227--58303	18	4.3	18	80	6	66	2	3	18	75	1.07
58257--58309	25	2.2	25	82	3	63	5	7	13	73	1.23
65119--65249	52	2.5	52	93	0	226	27	17	19	35	1.95
65292--65390	13	6.9	13	69	22	65	32	16	15	36	1.89
65347--65410	19	3.7	19	76	23	86	35	18	12	32	1.89
65332--65409	32	2.4	32	100	0	156	34	17	12	34	1.88
66480--66525	23	2.0	23	91	0	74	36	13	13	36	1.83
68121--68445	155	2.1	155	81	5	370	28	12	19	40	1.88
70386--70439	19	2.7	21	82	5	76	40	11	14	33	1.82
73099--73149	19	2.5	21	84	6	70	43	11	13	31	1.80
80186--80221	14	2.6	14	91	8	56	83	13	0	2	0.76
81500--81662	32	5.2	31	88	7	213	19	28	15	36	1.92
81502--81716	34	6.7	32	87	6	222	19	29	13	37	1.91
81502--81663	61	2.5	65	87	4	215	19	28	15	37	1.92
81501--81666	33	5.2	32	88	5	205	18	28	15	37	1.91
81571--81913	34	10.8	34	77	13	311	19	32	13	34	1.90
81698--81960	27	9.0	27	76	16	229	21	33	12	32	1.91
81666--81940	61	4.5	61	92	1	453	20	33	12	33	1.90
81974--82069	30	3.3	29	78	8	106	34	36	13	15	1.87
82086--83014	49	19.8	49	72	12	543	24	26	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82139--82518	39	9.0	40	72	15	257	26	25	20	27	1.99
82091--82480	87	4.5	88	90	0	577	26	25	19	28	1.99
82484--83014	148	3.5	150	89	2	714	23	26	17	32	1.97
82485--83014	101	5.3	101	74	10	371	23	26	17	32	1.97
83573--83626	19	2.7	21	82	5	76	40	12	14	31	1.84
88490--88520	14	2.1	15	94	5	55	77	6	9	6	1.12
96186--96652	154	3.0	150	78	7	436	28	15	16	40	1.88
96297--96709	154	2.7	154	77	3	330	28	15	16	39	1.89
103414--103439	12	2.2	12	100	0	52	26	15	7	50	1.71
103804--103876	20	3.7	19	80	8	76	30	13	19	36	1.90
103907--103956	20	2.6	19	90	9	75	34	14	18	34	1.90
103991--104028	20	1.9	19	89	5	58	36	7	15	39	1.77
108838--108910	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
108856--108931	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
108838--108931	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
108970--108995	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
113057--113095	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
120788--121475	347	2.0	347	100	0	1376	29	14	16	38	1.89
121595--121672	1	78.0	1	83	0	84	89	5	3	1	0.62
121595--121669	21	3.7	19	84	12	96	89	5	4	1	0.64
121598--121672	33	2.3	32	88	6	107	89	5	4	1	0.64
125801--125878	20	3.6	21	73	15	70	25	12	16	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125865--125903	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
128360--128432	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
128378--128453	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
128360--128453	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
128492--128517	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
133374--133426	18	2.8	20	82	5	65	20	33	32	13	1.91
134903--134929	14	1.9	14	100	0	54	48	7	7	37	1.59
140364--140417	21	2.7	20	86	13	76	31	14	16	37	1.89
140499--140523	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
140469--140544	32	2.3	33	84	6	93	30	13	19	36	1.90
142024--142080	21	2.7	21	86	0	69	66	0	14	19	1.25
145404--145508	52	2.0	52	88	0	156	32	18	10	39	1.84
146782--146814	7	4.7	7	85	14	50	87	3	0	9	0.63
148242--148643	66	6.1	65	73	4	243	19	23	15	41	1.90
148242--148612	198	1.9	198	81	4	453	20	22	15	41	1.90
150776--150827	20	2.6	20	87	0	77	40	15	15	28	1.88
150880--150907	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
157007--157077	13	4.9	13	76	21	70	29	18	16	35	1.93
156987--157065	33	2.4	33	89	4	115	30	17	17	34	1.94
157348--157395	16	3.0	15	78	21	53	18	8	16	56	1.65
158185--158209	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
158197--158248	20	2.6	20	87	0	77	40	15	15	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158301--158326	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
158281--158348	33	2.1	32	89	8	102	35	17	13	33	1.89
159443--159511	36	1.9	36	85	2	95	53	1	7	37	1.38
159844--159886	13	3.3	12	84	12	50	23	2	0	74	0.93
159844--159886	7	6.7	6	80	15	50	23	2	0	74	0.93
166558--166684	35	3.6	34	73	19	100	58	0	0	40	1.04
167874--167929	23	2.3	23	84	6	67	39	3	3	53	1.36
170063--170121	12	4.9	12	76	15	59	77	5	15	1	1.01
170063--170115	13	4.3	13	76	11	58	81	3	15	0	0.83
170638--170669	16	2.0	16	93	0	55	34	6	18	40	1.76

Tables:   1   2