genome.fa.s1507.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1507
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  297493

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 194 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171246--171270	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
171352--171403	20	2.7	20	90	3	79	38	19	13	28	1.89
172956--172980	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
172968--173020	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
173128--173161	10	3.4	10	95	0	59	20	20	32	26	1.97
179285--179322	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
181771--181795	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
181876--181943	33	2.1	33	86	2	93	33	20	11	33	1.89
189762--189787	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
189848--189920	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
189826--189920	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
190526--190571	16	2.8	16	93	6	74	30	39	2	28	1.69
192376--192414	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
192400--192478	20	3.7	20	70	20	70	45	16	12	25	1.82
194487--194517	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
198579--198604	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
198665--198737	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
198643--198737	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
199464--199494	16	1.9	16	93	0	53	38	6	12	41	1.69
200077--200101	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
200089--200141	21	2.6	21	84	3	72	39	16	15	28	1.89
200201--200226	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209349--209374	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
209443--209499	20	2.8	20	87	12	82	26	17	14	42	1.87
211445--211487	20	2.1	20	86	4	59	9	30	44	16	1.79
211929--211966	13	2.9	13	88	0	58	36	15	15	31	1.90
218108--218176	32	2.1	34	86	5	97	31	13	17	37	1.88
219234--219376	51	2.8	51	91	0	223	39	11	20	27	1.88
221379--221403	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
221474--221539	33	2.0	32	85	8	89	37	13	16	31	1.88
227730--227760	13	2.4	13	94	0	53	35	16	16	32	1.91
230243--230267	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
230339--230402	33	2.0	32	87	9	94	40	17	10	31	1.84
232441--232513	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
232441--232535	41	2.3	42	96	1	174	40	12	17	29	1.87
232574--232599	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
232901--232943	22	1.9	22	81	13	52	18	16	9	55	1.67
236662--236692	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
238707--238784	20	3.6	21	71	15	61	26	12	15	44	1.82
238771--238809	13	3.0	13	92	0	60	33	17	12	35	1.88
240458--240530	36	2.0	36	100	0	146	42	5	35	16	1.71
241116--241188	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
241116--241210	41	2.3	42	96	1	174	40	12	17	29	1.87
241249--241274	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241576--241618	22	1.9	22	81	13	52	18	16	9	55	1.67
246156--246266	47	2.3	47	84	7	161	22	18	15	43	1.88
246120--246815	130	5.3	130	80	7	733	22	18	16	42	1.89
246382--246449	35	1.9	36	84	3	93	22	22	13	42	1.87
246418--246661	47	5.2	47	81	3	258	22	18	18	40	1.91
246120--246866	272	2.8	268	82	4	881	21	19	16	42	1.89
246690--246856	47	3.6	46	70	9	113	22	21	14	41	1.90
247013--247771	85	9.0	84	76	4	625	20	30	14	34	1.92
247017--247770	170	4.4	170	79	2	696	20	30	14	34	1.92
247741--248121	172	2.2	172	83	5	462	16	23	15	43	1.87
247676--248137	86	5.3	86	75	13	355	16	25	14	43	1.87
247741--248077	172	1.9	174	85	4	466	16	23	16	43	1.87
249401--249787	165	2.4	166	79	5	396	32	10	8	49	1.66
250151--250189	20	2.0	20	90	10	62	79	2	17	0	0.84
254115--254165	20	2.5	20	80	0	57	33	13	15	37	1.87
254599--254624	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
256827--256871	21	2.1	22	88	8	67	55	4	17	22	1.60
258675--258705	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
260781--260806	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
260927--260972	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
263286--263341	21	2.7	21	100	0	112	44	10	17	26	1.82
263362--263386	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266049--266090	20	2.0	21	90	4	68	4	28	47	19	1.69
266352--266392	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
277777--277802	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
279872--279914	20	2.1	20	86	4	59	9	30	44	16	1.79
280356--280393	13	2.9	13	88	0	58	36	15	15	31	1.90
286535--286603	32	2.1	34	86	5	97	31	13	17	37	1.88
287660--287802	51	2.8	51	91	0	223	39	11	20	27	1.88
289884--289951	33	2.1	32	86	8	93	36	13	16	33	1.87

Tables:   1   2

The End!