genome.fa.s1540.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1540
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  198670

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12--36	13	1.9	13	100	0	50	8	0	20	72	1.10
2160--2295	50	2.7	51	91	1	220	26	18	13	41	1.88
2160--2295	51	2.7	50	89	3	211	26	18	13	41	1.88
10821--10885	33	2.0	33	87	0	94	33	12	13	40	1.82
10841--10865	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
10928--10955	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
15084--15212	52	2.5	52	94	0	231	28	19	17	34	1.94
15221--15245	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
15287--15352	19	3.8	19	77	22	90	36	18	12	33	1.88
15306--15331	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
15287--15350	32	2.0	32	100	0	128	34	18	12	34	1.89
25509--25572	27	2.2	30	83	8	80	82	7	6	3	0.92
26655--26906	55	4.5	54	83	8	265	27	26	20	24	1.99
26679--26916	61	4.1	60	87	5	219	26	27	19	26	1.99
26708--27111	211	1.9	209	85	7	557	26	26	19	26	1.99
26947--27298	61	5.9	61	82	9	411	25	25	21	28	1.99
26767--27062	156	1.9	155	90	0	475	26	27	19	26	1.99
27276--27598	83	3.8	83	78	10	248	21	27	12	37	1.90
27276--27634	45	8.5	44	73	14	269	21	27	12	38	1.89
27281--27674	128	3.1	127	82	10	411	21	27	12	38	1.90
27651--27733	35	2.4	34	78	7	78	19	25	12	43	1.85
27681--27783	41	2.5	41	84	7	138	18	27	9	44	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28306--28477	49	3.7	49	72	20	170	26	16	15	41	1.89
28357--28428	20	3.6	20	79	3	74	25	16	13	44	1.85
28308--28477	89	1.9	89	92	0	286	26	17	15	41	1.88
30558--30681	51	2.4	51	80	5	151	27	27	14	30	1.95
30662--30736	29	2.6	29	87	6	100	22	30	22	24	1.99
30719--30836	51	2.3	51	79	5	141	31	25	10	33	1.89
30560--30941	159	2.4	158	86	2	498	27	25	14	31	1.95
30876--31047	51	3.4	51	78	1	193	27	27	15	29	1.96
30591--30994	159	2.5	159	82	3	474	28	25	13	31	1.94
30880--31071	102	1.9	102	83	2	251	29	26	11	32	1.92
30880--31096	102	2.1	102	82	3	249	29	27	11	31	1.91
36840--36888	25	2.0	25	100	0	98	40	6	24	28	1.79
38772--38851	41	1.9	42	85	10	110	32	15	13	38	1.86
38772--38855	21	4.1	20	76	22	77	33	14	14	38	1.86
38897--38951	20	2.8	20	88	0	83	34	14	16	34	1.89
39258--39308	21	2.5	21	87	3	68	37	13	17	31	1.89
44850--45113	132	2.0	132	96	0	483	21	24	16	37	1.93
51487--51516	14	2.1	15	93	6	53	76	0	3	20	0.92
52033--52114	25	3.3	23	77	16	76	57	0	0	42	0.98
52037--52111	29	2.4	32	80	12	86	57	0	0	42	0.98
52051--52113	16	3.9	16	78	17	67	57	0	0	42	0.99
52023--52132	27	4.0	27	70	22	68	56	1	0	41	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53142--53192	25	2.0	26	84	3	68	58	3	0	37	1.16
53142--53192	26	2.0	26	84	7	68	58	3	0	37	1.16
57047--57083	16	2.4	16	90	4	58	75	2	2	18	1.04
57131--57175	15	2.9	15	86	3	54	57	8	2	31	1.41
60814--60863	2	25.5	2	91	4	84	0	48	0	52	1.00
62318--62356	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
65422--65464	23	2.0	20	86	13	59	4	37	4	53	1.43
65750--65779	8	3.8	8	95	0	51	6	13	3	76	1.11
66569--66594	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
69118--69162	20	2.4	18	85	7	54	37	13	20	28	1.90
74984--75013	13	2.3	13	94	0	51	36	20	13	30	1.90
75071--75100	15	2.1	15	93	6	53	33	6	26	33	1.83
75091--75132	21	2.0	21	100	0	84	38	9	23	28	1.86
75128--75158	10	3.1	10	95	0	53	45	0	25	29	1.54
75182--75318	53	2.6	53	94	1	238	27	16	18	37	1.92
75288--75358	20	3.5	20	77	11	74	29	14	16	39	1.88
75398--75438	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
75756--75910	71	2.2	71	85	1	204	23	13	28	34	1.93
76763--76787	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
76744--76814	32	2.2	32	94	0	124	32	11	18	38	1.86
76742--76806	19	3.7	19	73	23	70	32	10	16	40	1.84
76859--76883	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76892--77072	52	3.5	51	95	1	308	35	19	18	26	1.94
80981--81026	16	2.9	15	84	12	56	6	2	8	82	0.91
80975--81027	15	3.4	15	82	12	63	5	1	11	81	0.94
81340--81364	7	3.6	7	100	0	50	28	16	28	28	1.97
82264--82315	8	6.5	8	80	6	52	5	1	9	82	0.90
82264--82322	16	3.8	16	80	10	68	5	3	8	83	0.91
82264--82323	15	3.9	15	83	12	61	6	3	8	81	0.96
82279--82322	8	5.5	8	80	0	52	6	2	6	84	0.86
83441--83466	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
84831--84876	24	1.9	24	82	8	58	58	15	15	10	1.63
90319--90357	17	2.3	17	86	0	60	23	20	12	43	1.86
97217--97299	36	2.4	34	81	14	100	31	25	13	30	1.93
97782--97919	32	4.4	32	88	3	183	42	9	22	26	1.84
97953--97977	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
101810--101843	10	3.3	10	84	8	50	41	23	0	35	1.55
104216--104353	20	6.8	19	70	13	80	31	15	18	35	1.91
104300--104353	20	2.7	20	91	5	83	31	12	18	37	1.89
110382--110425	20	2.2	20	91	0	70	63	9	4	22	1.42
113802--113871	24	3.0	23	73	19	56	40	18	11	30	1.86
113839--114114	153	1.8	148	82	8	351	41	17	13	27	1.87
117505--117538	17	2.0	17	94	0	59	26	17	11	44	1.83
123217--123516	52	5.7	53	73	9	222	39	17	21	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123246--123516	104	2.6	103	79	5	303	39	17	20	22	1.92
123579--123693	31	3.6	32	73	10	92	23	21	27	26	1.99
123577--123772	33	6.0	32	75	11	157	28	17	26	27	1.98
126807--126833	10	2.7	10	100	0	54	7	0	37	55	1.28
127373--127400	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
127424--127475	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
127432--127494	19	3.7	18	74	24	64	36	19	12	31	1.89
127424--127494	32	2.2	32	94	0	124	36	19	12	30	1.89
128242--128664	49	8.8	49	74	9	309	32	16	25	25	1.96
128388--128659	87	3.0	87	80	12	339	30	17	25	26	1.97
128681--128804	28	4.3	29	88	5	164	16	16	32	35	1.91
128681--128804	58	2.2	58	85	7	164	16	16	32	35	1.91
128795--128887	35	2.6	34	88	6	132	40	9	31	18	1.83
128939--129015	33	2.4	33	82	2	93	37	12	27	22	1.91
129019--129162	30	4.9	29	79	7	166	21	18	29	30	1.97
128989--129175	58	3.2	58	83	3	225	24	17	28	29	1.97
130545--130626	8	10.2	8	72	15	53	4	1	14	79	0.96
130545--130577	12	2.8	12	90	0	57	0	0	18	81	0.68
130545--130574	4	7.5	4	92	0	51	0	0	20	80	0.72
130536--130629	12	7.5	12	70	11	55	5	1	14	78	0.98
130536--130628	15	6.1	14	74	12	69	5	1	13	79	0.96
139677--139815	69	2.0	69	95	0	251	24	25	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141409--141433	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
141388--141452	19	3.7	19	71	26	63	33	12	16	36	1.87
141390--141454	32	2.0	32	91	5	105	35	12	16	35	1.87
141495--141519	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
141528--141656	52	2.5	52	94	0	222	33	17	19	29	1.95
148027--148088	13	5.2	13	77	18	80	37	16	16	30	1.90
148027--148109	34	2.4	34	100	0	166	36	15	16	31	1.91
148133--148184	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
148133--148201	32	2.2	32	94	0	120	36	18	13	31	1.89
148141--148201	19	3.6	18	72	25	60	36	18	13	32	1.89

Tables:   1   2