genome.fa.s155.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold155
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  191578

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
746--966	79	2.8	77	82	10	241	33	13	25	28	1.94
901--1016	51	2.3	51	90	3	180	30	11	26	31	1.91
1004--1067	28	2.3	28	84	10	78	34	17	25	23	1.96
1107--1177	28	2.5	28	80	11	92	28	18	29	23	1.98
1165--1284	51	2.4	50	80	6	125	32	12	25	29	1.92
3572--3645	20	3.7	19	87	7	103	41	13	16	28	1.86
3684--3709	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
4653--4887	61	3.9	61	84	5	291	26	20	27	26	1.99
4926--5354	55	7.4	58	85	10	483	24	20	27	27	1.99
5130--5216	27	3.2	28	61	16	65	27	20	25	26	1.99
6326--6421	1	96.0	1	72	0	75	3	4	6	86	0.78
6325--6411	34	2.6	34	81	5	97	4	4	5	85	0.84
18714--18933	79	2.8	78	84	6	280	33	14	24	27	1.94
18867--18984	51	2.3	51	91	4	193	31	11	26	30	1.92
18972--19039	28	2.4	29	79	16	81	27	20	27	23	1.99
18920--19160	108	2.2	108	85	2	324	34	14	24	26	1.94
19135--19250	51	2.2	52	83	4	137	33	13	21	31	1.92
20132--20163	15	2.1	15	100	0	64	46	25	12	15	1.81
21603--21676	20	3.7	20	90	3	114	41	13	17	27	1.87
23440--23470	13	2.3	14	94	5	55	0	32	3	64	1.09
28624--29170	79	6.9	79	90	0	790	32	14	25	27	1.95
29100--29224	53	2.4	51	86	12	168	29	13	28	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30129--30329	35	6.2	34	74	18	180	20	30	5	43	1.74
30137--30263	62	2.1	61	88	4	184	20	30	5	43	1.74
30129--30331	97	2.1	96	95	0	361	20	31	5	43	1.74
30988--31086	42	2.4	42	85	10	123	36	15	28	20	1.92
31070--31254	100	1.9	100	89	2	291	25	18	30	24	1.98
31168--31359	55	3.4	55	88	8	289	21	21	29	27	1.99
31070--31569	209	2.4	207	86	8	661	24	19	30	25	1.98
31380--31624	55	4.3	55	82	10	314	22	20	28	27	1.99
31170--32381	265	4.5	265	86	8	1538	23	19	30	25	1.98
31380--31628	116	2.2	109	85	8	322	23	20	29	26	1.99
31692--31898	54	3.5	61	85	10	295	23	18	31	26	1.97
31642--31867	54	4.0	54	84	9	299	22	19	30	26	1.98
31915--32020	55	1.9	55	94	3	187	23	20	26	29	1.99
32067--32385	60	5.4	59	91	4	506	23	21	29	25	1.99
32068--32360	119	2.5	120	94	2	502	24	20	29	25	1.99
32308--32480	94	1.8	94	90	4	278	22	20	31	26	1.98
32401--32507	55	1.9	55	94	3	189	23	20	27	28	1.99
32235--32698	154	3.0	153	87	9	660	25	19	30	24	1.98
32456--32638	99	1.8	99	90	4	298	25	19	31	24	1.98
32543--32758	60	3.6	60	89	4	321	27	20	28	23	1.99
31642--32758	486	2.3	484	92	3	1856	24	19	30	25	1.98
32675--32852	100	1.8	95	83	12	238	25	18	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40144--40688	79	6.9	79	93	0	858	31	15	26	27	1.96
40617--40743	53	2.5	51	85	12	163	29	14	28	27	1.96
41959--42159	35	6.2	34	76	18	198	20	29	5	44	1.74
41967--42093	62	2.1	61	89	4	193	20	29	5	44	1.74
41959--42161	97	2.1	96	97	0	379	20	30	5	44	1.74
48167--48295	52	2.5	52	94	0	231	28	17	17	36	1.93
48304--48362	13	4.9	13	73	26	67	35	13	16	33	1.88
48304--48383	34	2.4	34	100	0	160	35	12	17	35	1.88
48415--48464	19	2.6	19	93	0	82	38	18	14	30	1.89
50634--50707	29	2.5	29	91	2	121	43	0	2	54	1.14
52808--52847	18	2.3	16	84	16	53	42	2	2	52	1.28
53683--53707	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
53663--53729	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
53804--53932	52	2.5	52	94	0	222	34	17	17	30	1.94
57792--57843	20	2.7	18	75	16	50	61	13	1	23	1.42
58401--58450	19	2.7	20	82	14	54	62	4	0	34	1.14
58396--58450	24	2.2	24	84	9	67	65	3	0	30	1.10
59951--59990	2	20.0	2	94	0	71	0	52	0	47	1.00
59993--60020	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
60634--60671	2	19.0	2	94	0	67	47	0	0	52	1.00
61139--61184	16	3.0	16	75	21	53	39	0	0	60	0.97
61142--61183	22	1.9	22	85	9	59	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61139--61197	31	1.9	30	86	3	82	37	1	0	61	1.07
61141--61197	15	3.8	14	76	15	51	35	1	0	63	1.05
61139--61206	31	2.3	29	80	7	73	36	1	0	61	1.05
61802--61849	14	3.4	14	74	8	53	47	0	0	52	1.00
61935--62004	14	5.3	14	79	16	78	42	0	0	57	0.99
61947--61994	25	1.9	25	91	0	78	37	0	0	62	0.95
61998--62033	18	2.0	18	88	0	54	47	2	0	50	1.15
62249--62307	19	3.1	19	72	15	59	52	1	0	45	1.10
63260--63297	12	3.1	12	85	7	58	57	7	0	34	1.28
64460--64484	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
68165--68229	19	3.7	19	76	23	88	32	12	15	40	1.84
68167--68236	32	2.2	32	100	0	140	32	12	15	38	1.86
68186--68210	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
68315--68440	52	2.4	52	93	0	225	36	18	18	26	1.94
75035--75075	14	2.9	14	82	10	57	39	0	0	60	0.96
76147--76201	2	28.0	2	88	3	85	49	0	3	47	1.19
76314--76347	16	2.1	16	94	0	59	41	0	0	58	0.98
78861--78994	30	4.5	31	76	15	138	5	23	31	40	1.76
79345--79387	19	2.3	19	88	4	61	51	11	16	20	1.75
80140--81466	84	15.8	84	77	6	935	33	18	29	19	1.95
80149--81430	126	10.2	126	72	8	768	33	18	28	19	1.95
80149--81466	42	31.3	42	71	7	686	33	17	29	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81448--81485	19	2.0	19	89	0	58	34	18	34	13	1.89
81470--81621	42	3.6	43	79	7	168	38	21	25	14	1.92
81338--81612	146	1.9	145	87	2	399	36	19	28	15	1.92
92850--92900	20	2.6	20	87	9	70	27	13	17	41	1.87
92870--93012	63	2.3	63	98	1	279	30	20	16	32	1.95
95492--95516	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
100778--100812	12	2.9	12	84	16	54	40	0	48	11	1.39
100781--100826	12	3.9	12	81	13	51	43	0	43	13	1.43
100736--100845	42	2.6	42	91	0	175	40	2	46	10	1.52
107511--107541	10	3.1	10	95	0	53	0	12	0	87	0.55
107511--107568	24	2.7	21	80	17	66	1	18	0	79	0.82
108654--108766	45	2.4	45	80	5	118	31	20	28	19	1.97
108637--108766	49	2.8	46	79	6	136	31	20	27	20	1.97
108791--109347	64	8.9	62	80	12	380	21	17	29	31	1.96
108912--112720	28	131.5	28	84	6	3437	22	17	31	27	1.97
108912--112002	692	4.4	692	89	4	4322	21	18	31	28	1.97
112036--112720	27	25.0	27	91	1	1037	27	14	34	23	1.94
112036--112720	137	5.0	135	91	2	1039	27	14	34	23	1.94
113738--113771	11	3.1	11	86	0	50	5	0	14	79	0.91
120107--120152	24	1.9	24	86	8	67	69	6	4	19	1.28
120488--120551	9	6.4	10	77	22	64	1	18	0	79	0.81
120488--120521	17	1.9	18	94	5	61	0	11	0	88	0.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123711--123761	20	2.6	20	87	9	70	27	13	17	41	1.87
127548--127572	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
127560--127612	20	2.6	21	82	8	65	37	16	16	28	1.91
127654--127717	19	3.7	19	72	23	77	37	14	15	32	1.87
127653--127753	32	3.1	32	92	5	159	35	13	15	34	1.88
133692--133722	8	3.8	8	95	4	53	12	0	25	61	1.32
136471--136519	13	4.2	13	70	24	54	32	16	16	34	1.91
136451--136519	34	2.1	32	89	10	104	34	15	15	33	1.90
139452--139491	19	2.1	19	100	0	80	22	5	10	62	1.46
152211--152242	12	2.7	12	100	0	64	34	25	0	40	1.56

Tables:   1   2