genome.fa.s1559.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1559
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  258979

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 278 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139027--139053	14	1.9	14	100	0	54	37	25	7	29	1.83
140653--140696	19	2.2	21	84	8	56	36	4	0	59	1.18
141397--141448	26	2.0	26	82	14	63	48	0	1	50	1.12
141407--141469	7	9.1	7	71	15	51	57	0	0	42	0.99
141429--141470	21	2.0	21	90	9	68	64	0	0	35	0.94
141725--141754	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
142178--142215	2	19.0	2	94	0	67	47	0	2	50	1.15
145336--145361	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
145613--145684	34	2.1	35	94	5	128	22	19	5	52	1.66
146376--146413	2	19.0	2	94	0	58	50	5	0	44	1.24
148771--148811	22	1.9	22	85	5	57	68	2	2	26	1.15
150085--150117	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
155270--155310	13	3.1	13	82	6	55	51	0	0	48	1.00
155524--155549	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
158914--158979	32	2.0	33	83	16	84	60	0	3	36	1.12
159639--159704	8	8.2	8	74	12	55	51	0	0	48	1.00
159624--159722	40	2.3	41	76	15	103	55	0	0	44	0.99
159683--159751	15	4.6	15	73	20	56	55	0	0	44	0.99
159635--159757	14	7.9	16	67	20	59	53	0	0	46	1.00
159710--159775	20	3.3	20	75	12	64	60	0	0	39	0.97
160082--160111	16	1.9	15	93	6	51	50	0	0	50	1.00
165400--165463	31	2.1	32	82	8	87	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165417--165466	15	3.4	14	74	15	55	52	0	0	48	1.00
165493--165548	5	11.2	5	74	14	53	39	0	0	60	0.97
165487--165540	10	5.2	10	82	8	63	35	0	0	64	0.94
165492--165548	27	2.0	29	86	6	82	38	0	0	61	0.96
165344--165540	42	4.5	44	69	13	106	39	1	1	57	1.15
165502--165560	29	2.1	27	81	12	66	44	3	0	52	1.17
166475--166514	14	2.9	14	85	7	55	27	0	0	72	0.85
166703--166751	22	2.1	22	82	14	55	48	0	10	40	1.37
167440--167473	14	2.5	13	86	9	50	73	0	0	26	0.83
167690--167754	19	3.4	18	70	16	51	43	0	0	56	0.99
167695--167749	19	2.9	19	78	7	58	45	0	0	54	0.99
168038--168077	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
170062--170123	32	1.9	32	84	12	83	53	0	3	43	1.17
171621--171725	35	2.9	35	80	12	106	55	0	0	43	1.06
171608--171786	92	1.9	93	83	5	229	55	0	2	41	1.19
171638--171808	91	1.9	91	81	6	211	54	1	2	40	1.23
171975--172021	24	2.0	23	84	12	60	63	2	6	27	1.30
173244--173293	17	2.7	19	84	9	59	40	0	0	60	0.97
173337--173381	21	2.2	20	77	18	56	33	0	0	66	0.92
182551--182592	14	2.8	15	78	10	50	66	0	0	33	0.92
183183--183230	14	3.4	14	80	11	53	50	0	0	50	1.00
184012--184050	20	2.0	19	85	5	51	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184247--184287	16	2.5	16	85	14	57	48	0	0	51	1.00
184808--184840	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
186362--186388	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
186674--186712	20	2.1	19	90	9	62	46	0	2	51	1.14
186970--187035	24	2.7	24	73	19	64	37	0	4	57	1.19
189848--189888	7	6.1	7	80	11	50	56	0	0	43	0.99
190923--190951	14	2.1	14	100	0	58	6	13	0	79	0.93
191465--191494	9	3.4	9	95	4	53	40	0	0	60	0.97
191422--191486	22	3.0	21	73	10	60	40	0	1	58	1.07
192226--192294	27	2.6	28	75	6	72	52	0	1	46	1.09
196922--196979	22	2.7	21	76	20	57	36	0	1	62	1.06
198555--198605	24	2.1	25	89	10	79	49	0	0	50	1.00
198600--198639	21	1.9	21	90	10	64	60	0	0	40	0.97
198523--198805	144	2.0	140	90	5	444	48	2	3	45	1.33
198699--198805	25	4.6	24	71	17	75	56	0	0	43	0.99
198890--198933	22	1.9	24	86	9	65	54	2	4	38	1.33
199894--199922	7	4.3	7	91	8	51	58	0	0	41	0.98
200987--201056	32	2.2	33	85	12	92	50	4	4	41	1.42
201766--201804	18	2.2	18	95	4	71	48	0	0	51	1.00
201774--201813	18	2.2	18	86	8	55	52	2	0	45	1.14
201959--202005	24	2.0	24	83	8	60	55	4	0	40	1.19
202441--202498	20	2.9	19	87	7	80	27	27	13	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202466--202523	20	2.9	20	80	10	64	27	22	13	36	1.92
210550--210575	7	3.7	7	100	0	52	53	0	0	46	1.00
212921--212966	23	2.0	24	86	4	67	43	23	10	21	1.84
214502--214527	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
215558--215600	19	2.3	19	88	4	61	34	0	0	65	0.93
216671--216703	17	1.9	17	93	0	57	27	0	0	72	0.85
216793--216838	22	2.0	23	87	4	67	28	2	6	63	1.31
216793--216838	11	4.2	11	81	10	58	28	2	6	63	1.31
216968--217029	18	3.5	19	74	14	60	53	0	0	46	1.00
216966--217018	16	3.1	16	80	15	61	54	0	0	45	0.99
216975--217014	20	2.1	19	85	4	53	60	0	0	40	0.97
216987--217038	16	3.2	16	77	0	59	48	0	0	51	1.00
221092--221124	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
222819--222854	18	1.9	19	88	5	56	33	2	0	63	1.08
223115--223154	18	2.2	19	86	4	55	55	0	0	45	0.99
223642--223685	18	2.4	18	85	7	54	65	0	6	27	1.17
223831--223885	28	2.0	26	82	6	65	38	1	0	60	1.08
225351--225390	17	2.4	17	79	4	55	52	0	2	45	1.14
225385--225422	18	2.2	18	90	4	60	50	0	0	50	1.00
225365--225441	40	1.9	41	84	7	104	50	1	1	46	1.17
225654--225720	18	4.2	16	74	24	61	55	0	0	44	0.99
225630--225731	27	3.7	26	72	20	73	55	0	0	43	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225667--225702	12	2.8	13	91	8	56	52	0	0	47	1.00
225679--225747	20	3.6	19	74	20	63	59	0	0	40	0.97
227288--227316	14	2.0	15	93	6	51	37	0	0	62	0.96
228173--228222	20	2.6	19	81	9	57	64	6	0	30	1.18
228145--228225	15	5.4	15	74	11	67	60	4	0	34	1.18
228679--228771	10	9.3	10	71	17	50	49	1	0	49	1.07
229505--229536	4	8.0	4	92	0	55	28	0	0	71	0.86
229810--229937	5	25.4	5	67	19	61	60	0	0	39	0.97
229807--229934	11	11.8	11	70	21	83	60	0	0	39	0.97
229807--229919	61	1.9	59	85	3	154	61	0	0	38	0.96
229807--229924	39	2.9	39	71	14	98	61	0	0	38	0.96
230437--230510	27	2.6	29	70	12	71	39	0	1	59	1.06
231613--231724	54	2.1	54	88	3	163	52	7	3	36	1.46
231668--231710	22	2.0	22	90	0	68	51	4	4	39	1.44
231959--232019	18	3.6	18	75	16	67	47	0	0	52	1.00
231963--232039	16	4.6	16	73	15	59	46	0	0	53	1.00
231971--232050	16	4.9	16	73	13	56	45	0	0	55	0.99
231992--232095	17	6.1	17	73	13	81	39	0	0	58	1.11
232363--232409	23	2.1	22	84	4	58	51	0	4	44	1.21
232457--232487	13	2.3	14	94	5	55	32	0	0	67	0.91
232938--232968	4	7.8	4	100	0	62	51	22	0	25	1.48
233135--233220	19	4.7	19	66	21	67	48	1	0	50	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233086--233199	29	4.0	28	69	8	79	44	0	0	53	1.12
233080--233213	53	2.5	56	83	7	161	44	0	0	53	1.11
234278--234316	14	2.8	13	84	7	51	51	2	2	43	1.29
235243--235329	36	2.4	36	86	7	115	21	39	10	28	1.86
235274--235344	36	2.0	36	85	0	97	23	43	11	21	1.84
235298--235455	57	2.8	57	91	2	250	25	51	6	17	1.68
235407--235491	36	2.4	36	97	0	161	24	48	7	20	1.74
235463--236265	54	13.5	60	85	11	859	31	50	4	13	1.61
235355--235548	93	2.1	89	83	12	232	28	48	5	17	1.69
235277--235560	147	1.9	143	83	7	354	27	47	6	17	1.72

Tables:   1   2   3