genome.fa.s1571.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1571
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244772

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 132 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36--682	159	4.1	157	64	18	357	34	12	19	33	1.90
35--14891	476	30.9	476	89	2	21104	36	13	18	31	1.90
1562--1629	34	2.0	34	100	0	136	35	20	11	32	1.89
1770--2917	158	7.2	158	65	13	539	35	13	18	32	1.90
1836--13058	159	70.1	158	64	13	855	35	13	18	31	1.90
3974--4041	34	2.0	34	100	0	136	35	20	11	32	1.89
6864--6931	34	2.0	34	100	0	136	35	20	11	32	1.89
6899--19297	159	77.7	155	63	14	2207	36	14	18	31	1.90
8802--8869	34	2.0	34	100	0	136	35	20	11	32	1.89
15048--19301	476	8.9	476	92	0	6812	35	14	18	31	1.91
15048--23587	952	9.1	951	87	3	11781	35	14	18	31	1.91
20407--23504	158	19.6	159	65	12	939	35	14	18	31	1.91
20311--23587	475	6.9	476	88	2	4810	35	14	18	31	1.91
25769--25863	45	2.0	47	86	6	131	28	24	9	37	1.86
26995--27115	42	2.9	40	84	9	145	9	43	3	42	1.54
27008--27117	42	2.6	42	88	0	157	10	44	3	41	1.55
28736--32697	476	8.4	476	88	2	5589	35	14	19	31	1.91
30262--32697	475	5.1	476	88	1	3486	35	14	18	31	1.91
30600--41854	158	71.1	157	65	10	2642	35	14	18	32	1.91
32360--33012	315	2.1	316	86	1	898	35	13	18	32	1.89
31884--34277	790	3.0	790	92	0	3821	35	14	18	32	1.90
33155--33807	315	2.1	315	87	2	828	35	13	18	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33466--42078	475	18.1	475	89	1	12596	35	14	18	32	1.91
43728--44685	476	2.0	476	88	0	1425	34	14	18	32	1.91
46310--46385	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
46309--46394	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
46300--46418	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
51394--53396	159	12.6	158	66	8	656	35	14	18	31	1.91
51394--60844	476	19.6	476	83	5	10195	36	14	18	30	1.90
53274--53515	119	2.0	119	94	0	421	35	16	16	31	1.91
53393--60844	950	7.8	951	90	1	10735	36	14	18	30	1.90
53393--60844	476	15.7	474	90	2	10556	36	14	18	30	1.90
53476--60671	159	45.5	158	67	11	2370	36	14	18	30	1.90
60558--61131	290	2.0	290	85	2	787	36	15	18	30	1.91
60848--62271	477	3.0	474	85	2	1831	35	14	17	31	1.91
67258--67376	42	2.8	42	90	0	184	8	45	2	43	1.47
67291--67366	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
69029--70250	158	7.7	156	67	14	472	35	15	18	30	1.92
68991--73042	475	8.6	474	86	4	5278	36	14	18	30	1.91
69292--70407	158	7.0	156	66	16	402	37	15	17	29	1.91
70453--72994	158	16.1	159	67	13	836	35	14	17	31	1.90
72761--73333	291	2.0	288	85	3	765	35	14	18	31	1.91
73049--76840	475	8.0	474	89	1	5088	36	14	17	30	1.91
73233--77129	159	24.8	158	65	11	1097	36	15	17	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73049--76840	951	4.0	953	87	2	5132	36	14	17	30	1.91
78966--108693	476	62.7	475	85	2	38529	36	14	17	30	1.91
79120--84005	159	30.9	155	65	14	1008	36	15	17	31	1.91
84164--98918	159	93.3	156	66	13	4041	36	14	17	31	1.90
100218--100281	28	2.2	28	97	2	119	54	10	18	15	1.70
100653--108428	159	49.0	158	66	11	1611	36	14	18	30	1.90
99296--108693	953	9.8	950	92	1	13149	36	14	18	30	1.90
108700--111593	476	6.1	474	86	2	3786	36	14	17	31	1.91
108924--111439	159	15.9	157	65	14	580	35	14	17	31	1.91
113448--115578	159	13.4	159	68	9	936	36	14	17	31	1.90
113076--115851	475	5.8	476	87	1	3870	36	14	18	31	1.90
117476--117551	12	6.9	11	75	15	52	40	1	47	10	1.46
117496--117556	9	7.1	9	72	10	56	44	1	42	11	1.50
117466--117584	42	2.8	42	87	0	166	44	1	44	9	1.46
117499--117568	18	3.6	18	72	20	50	45	1	41	11	1.49
121913--122352	218	2.0	218	98	0	853	30	13	27	28	1.94
122772--124599	476	3.8	476	88	1	2619	36	14	18	31	1.91
123069--124187	159	7.1	155	67	14	397	36	14	18	30	1.91
124540--124661	62	2.0	62	95	0	217	32	14	18	33	1.92
124644--124950	157	2.0	157	88	2	465	39	12	17	29	1.87
124654--124996	157	2.2	157	84	4	424	39	12	16	31	1.86
124760--125936	476	2.5	475	90	1	1781	36	14	18	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124614--125914	159	8.2	157	70	11	656	37	13	18	30	1.90
130912--131030	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
130945--131020	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
130936--131021	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
130927--130997	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
133379--138159	159	30.2	157	67	10	1545	36	13	18	31	1.90
133378--149384	476	33.4	475	82	5	17740	36	14	18	31	1.91
138217--138457	119	2.0	119	82	6	292	33	17	19	29	1.95
139821--139942	62	2.0	62	90	0	190	34	13	19	32	1.90
140085--149381	159	58.7	157	67	11	3291	36	14	18	30	1.91
149494--149558	16	4.1	16	76	7	78	27	16	27	27	1.97
151029--151093	12	5.8	11	75	21	64	40	0	46	13	1.44
151029--151098	32	2.2	33	94	2	124	41	0	44	14	1.45
151048--151126	41	1.9	42	86	2	115	40	1	46	11	1.48
158440--158558	42	2.8	42	90	0	193	10	46	1	42	1.47
162518--169034	159	41.1	155	67	12	2413	36	14	18	30	1.91
162505--169064	476	13.8	475	81	6	4565	36	14	18	30	1.91
164674--166328	794	2.1	794	89	2	2522	36	14	17	31	1.90
162505--168393	317	18.5	314	70	11	2149	36	14	18	30	1.91
165485--167281	953	1.9	952	89	2	2793	36	14	17	31	1.91
165485--167667	953	2.3	949	83	5	2338	36	14	17	30	1.91
166437--168875	794	3.1	794	92	1	3893	36	15	17	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169961--170033	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
169978--170054	21	3.7	21	79	6	95	44	11	15	28	1.82
169961--170054	41	2.3	41	96	3	172	40	12	17	29	1.86
170093--170118	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
170173--170211	20	1.9	21	94	5	71	43	10	10	35	1.73
174180--174210	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
176278--176316	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
178758--178830	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
178775--178851	21	3.7	21	79	6	95	44	11	15	28	1.82
178758--178851	41	2.3	41	96	3	172	40	12	17	29	1.86
178890--178915	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
184643--184761	42	2.8	42	90	0	184	9	45	2	42	1.49
186522--187664	159	7.2	158	68	12	493	36	15	17	31	1.91
186367--187685	475	2.8	476	95	0	2338	36	15	17	31	1.90
187687--195427	475	16.3	476	88	2	10437	36	15	18	30	1.91
188026--195284	159	45.8	157	65	13	1706	36	15	18	30	1.91
195444--199395	476	8.3	476	90	1	5781	36	14	18	30	1.91
195444--199395	951	4.2	951	89	1	5890	36	14	18	30	1.91
195656--199376	159	23.5	157	67	12	1404	36	14	18	30	1.91
201089--201164	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
201088--201173	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
201079--201197	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206618--213175	159	41.4	155	66	12	2376	36	14	18	30	1.91
205833--214142	476	17.6	475	88	3	11273	36	14	18	30	1.91
219125--219243	42	2.8	42	87	0	175	10	43	0	44	1.45
219144--219237	24	4.1	24	71	17	83	11	41	1	45	1.47
219158--219234	12	6.9	12	70	24	53	11	44	1	42	1.49
220235--220264	15	1.9	16	93	6	53	60	6	23	10	1.52
221209--223777	158	16.2	156	66	13	529	36	14	17	31	1.90
220854--224562	476	7.8	474	90	1	5269	36	14	17	31	1.90
224583--233651	476	18.9	476	76	8	7312	35	14	19	30	1.91
224681--228760	159	25.7	158	66	12	1274	36	14	18	30	1.91

Tables:   1   2