genome.fa.s1610.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1610
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  159875

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4060--4158	43	2.3	43	96	0	180	21	32	19	27	1.97
18040--18175	52	2.6	52	88	4	195	30	16	18	34	1.93
18232--18329	19	5.8	18	71	28	90	36	17	12	33	1.87
18227--18327	32	3.1	32	97	1	184	35	17	11	34	1.87
18251--18307	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
20631--20671	21	1.9	22	90	5	66	48	2	26	21	1.63
20708--20754	24	2.0	23	95	4	85	21	17	4	57	1.56
24223--24290	20	3.8	20	70	25	78	42	11	16	29	1.83
24225--24292	33	2.1	33	97	0	127	39	11	17	30	1.86
29836--29860	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
29901--29967	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
29923--29947	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
30899--31702	49	17.0	49	84	9	972	31	18	25	24	1.97
30942--31692	92	8.0	93	85	8	851	31	18	25	24	1.97
31714--32140	49	8.7	52	80	9	248	32	16	24	25	1.96
31777--32146	49	7.7	49	81	8	449	31	17	24	26	1.97
31777--32151	92	4.0	93	91	4	565	31	17	25	25	1.97
32139--32469	31	10.3	32	86	7	467	15	17	36	29	1.91
32150--32468	65	4.9	65	97	0	588	15	18	36	30	1.91
40773--40797	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
40838--40904	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
40860--40884	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41614--41642	15	1.9	15	100	0	58	27	6	6	58	1.50
42425--42481	23	2.5	23	97	0	105	38	14	15	31	1.87
44971--45154	88	2.1	88	82	4	219	30	26	12	29	1.93
50853--50883	15	2.1	15	100	0	62	41	19	12	25	1.87
54812--54836	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
54825--54874	19	2.6	19	93	0	82	32	14	18	36	1.90
54926--54950	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
63236--63437	33	6.2	33	76	10	209	18	31	12	37	1.89
63374--63429	27	2.1	27	93	0	94	21	28	14	35	1.92
63238--63465	100	2.3	98	82	8	266	21	30	13	34	1.92
63512--64648	43	24.6	43	75	13	890	24	27	17	30	1.97
63491--64647	95	12.5	91	83	7	1193	24	27	17	30	1.97
63696--64647	138	6.9	132	79	12	886	24	27	17	30	1.97
64557--64685	49	2.6	49	86	0	186	25	24	16	33	1.96
68000--68024	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
68067--68152	32	2.7	32	90	0	136	37	18	11	32	1.87
68943--69114	49	3.5	49	76	6	123	33	17	24	24	1.96
68878--69196	48	6.8	48	69	10	156	32	17	24	24	1.97
69027--69284	87	3.0	87	87	0	354	30	18	24	26	1.98
69360--69454	29	3.3	30	77	12	110	17	15	33	32	1.92
69495--69553	27	2.2	27	93	3	102	35	13	30	20	1.91
69434--69620	93	2.0	95	81	4	218	35	13	32	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69434--69717	34	8.6	33	81	10	237	34	13	30	20	1.92
69698--69752	28	2.0	28	92	0	92	18	16	30	34	1.93
71182--71323	1	142.0	1	73	0	113	1	2	9	86	0.71
71182--71323	14	10.6	13	81	9	137	1	2	9	86	0.71
71182--71323	32	4.5	30	79	15	144	1	2	9	86	0.71
76611--76739	52	2.5	52	92	0	213	30	17	16	35	1.92
76611--76759	52	2.9	51	86	4	201	31	17	16	34	1.93
76748--76772	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
76836--76860	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
77655--77783	67	1.9	66	83	9	163	38	11	25	24	1.89
77785--78806	92	11.1	92	94	0	1713	30	17	25	25	1.97
78207--78274	21	3.2	20	66	25	50	29	16	27	26	1.97
78483--78550	21	3.2	21	68	25	61	30	16	26	26	1.96
78575--78642	21	3.2	21	63	19	50	29	16	27	26	1.97
78801--78899	33	3.0	33	88	1	155	19	17	33	30	1.94
78902--79370	34	15.0	33	77	15	288	30	13	35	21	1.91
78995--79163	70	2.5	68	85	8	220	31	13	34	20	1.90
79138--79301	27	6.0	27	79	10	172	26	14	36	22	1.93
78895--79301	158	2.7	154	81	14	472	29	13	35	21	1.91
79318--79423	50	2.1	51	78	15	114	30	11	33	25	1.91
79371--79515	30	4.7	30	75	12	123	30	15	28	25	1.96
79448--79510	33	1.9	33	86	0	90	33	15	28	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87735--87863	52	2.5	52	92	0	213	30	17	16	35	1.92
87735--87883	52	2.9	51	86	4	201	31	17	16	34	1.93
87872--87896	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
87960--87984	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
88779--88907	67	1.9	67	84	3	170	40	12	24	23	1.89
88909--89746	92	9.1	91	94	1	1352	31	17	25	25	1.97
89741--89839	33	3.0	33	92	1	173	19	18	34	28	1.95
89734--89843	32	3.5	31	86	8	168	18	17	36	28	1.93
89872--90220	34	11.0	31	75	15	256	30	13	35	21	1.91
89827--89996	62	2.7	63	87	6	229	28	12	36	21	1.91
89795--90187	159	2.5	150	80	11	464	28	13	36	22	1.91
90222--90365	30	4.7	30	75	10	130	30	14	29	25	1.95
90298--90360	33	1.9	33	86	0	90	33	15	28	22	1.95
90224--90365	63	2.3	59	83	6	167	30	14	29	24	1.95
99710--99734	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
99690--99756	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
99797--99821	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
99810--99949	52	2.7	53	86	4	178	35	17	15	30	1.92
106481--106505	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
106558--106609	19	2.7	19	90	0	86	42	17	9	30	1.81
107492--107574	32	2.6	32	92	0	130	34	12	16	36	1.86
107523--107547	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107595--107653	21	2.8	21	100	0	118	38	16	10	33	1.83
107640--107664	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
111033--111061	15	2.0	15	93	6	51	48	0	6	44	1.29
122514--122560	24	2.0	23	84	15	62	59	2	0	38	1.09
124571--124614	23	2.0	22	90	4	70	36	9	6	47	1.62
130532--130588	16	3.5	16	72	11	53	70	0	0	29	0.88
130539--130588	8	6.4	8	77	11	50	72	0	0	28	0.86
130944--131024	42	1.9	42	82	9	103	55	0	1	43	1.07
131026--131052	13	2.1	13	100	0	54	29	0	0	70	0.88
131156--131184	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
131536--132316	401	1.9	401	98	0	1508	29	19	19	31	1.97
135391--135519	52	2.5	52	98	0	249	28	17	18	34	1.94
135391--135537	52	2.8	51	92	4	233	29	17	19	34	1.94
135595--135692	19	5.8	18	70	28	81	38	17	10	33	1.83
135614--135670	13	3.9	13	74	24	51	35	17	12	35	1.87
135593--135690	32	3.0	32	93	1	160	37	17	10	34	1.83
136527--137014	49	10.1	49	81	7	550	30	17	27	24	1.97
136525--137009	98	5.0	96	85	6	617	30	17	27	25	1.97
137072--137158	27	3.1	27	80	8	95	26	16	32	25	1.96
137126--137291	34	4.8	34	82	5	199	36	11	32	19	1.88
137126--137298	68	2.5	71	86	3	244	36	10	32	19	1.87
137289--137355	29	2.4	28	77	5	71	20	16	31	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152358--152406	24	2.0	24	84	7	64	67	8	6	18	1.37
153959--154087	52	2.5	52	90	0	213	30	17	17	34	1.93
153959--154107	52	2.9	51	86	4	201	31	17	17	33	1.93
154096--154120	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
154163--154260	19	5.8	18	71	28	90	37	17	11	33	1.85
154182--154238	13	3.9	13	74	24	51	35	17	12	35	1.87
154161--154258	32	3.0	32	95	1	169	36	17	11	34	1.85
154592--155171	28	20.7	27	82	8	531	23	17	29	29	1.97
154574--155165	56	10.5	56	82	5	608	24	17	29	29	1.97
154592--155165	84	6.8	84	82	5	624	23	17	29	29	1.97

Tables:   1   2