genome.fa.s1741.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1741
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92496

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3179--3252	20	3.6	20	83	3	76	32	17	12	37	1.87
5704--5729	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
7773--7803	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
9885--9923	13	3.0	13	92	0	69	30	12	15	41	1.85
10044--10090	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
10046--10088	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
12030--12086	20	2.8	20	86	2	69	38	14	17	29	1.89
20450--20475	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
20429--20493	32	2.0	33	93	6	114	27	12	15	44	1.82
20429--20493	19	3.6	19	73	26	70	27	12	15	44	1.82
23023--23060	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
25140--25170	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
26972--27016	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
29704--29922	51	4.3	51	80	2	253	34	14	23	27	1.94
29704--29922	100	2.2	101	85	3	280	34	14	23	27	1.94
29881--30157	76	3.6	76	82	6	342	33	14	24	26	1.94
29859--30157	155	1.9	157	89	5	471	33	15	24	26	1.95
29859--30157	79	3.8	79	83	4	374	33	15	24	26	1.95
30090--30259	51	3.3	51	77	10	175	32	12	26	28	1.92
32698--32723	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
32710--32751	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
32772--32836	17	4.0	16	76	23	73	35	16	12	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32768--32838	32	2.3	31	92	4	117	33	16	12	36	1.87
32768--32817	13	3.5	13	78	19	55	32	18	14	36	1.90
33610--33776	42	3.9	42	80	11	160	40	14	26	19	1.89
33760--34002	55	4.3	54	83	6	263	25	21	25	27	1.99
33868--34150	148	1.9	149	89	0	442	24	20	28	27	1.99
33818--34185	203	1.8	202	86	3	542	23	20	28	27	1.99
34021--34273	59	4.4	54	85	7	285	22	21	28	26	1.99
35240--35265	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
35220--35283	33	2.0	32	87	9	94	28	14	17	40	1.88
35220--35283	32	2.0	33	87	9	96	28	14	17	40	1.88
37835--37870	13	2.8	13	91	0	54	38	19	16	25	1.92
41773--41824	21	2.5	20	78	9	59	23	9	3	63	1.41
44054--44079	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
44034--44097	33	2.0	32	87	9	94	28	14	17	40	1.88
44034--44097	32	2.0	33	87	9	96	28	14	17	40	1.88
57681--58015	79	4.2	78	82	4	386	33	13	25	27	1.94
57681--58015	158	2.1	158	85	7	439	33	13	25	27	1.94
57971--58070	51	2.0	51	88	4	148	31	11	28	30	1.91
57972--58106	51	2.6	51	77	6	139	33	8	26	31	1.87
57867--58334	182	2.6	182	87	1	695	30	13	28	27	1.94
58049--58195	80	1.8	79	80	7	172	30	12	29	27	1.93
58364--58465	52	1.9	53	88	7	154	35	10	23	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60831--60856	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
60810--60876	34	2.0	33	91	2	107	44	13	16	25	1.84
63713--63980	61	4.4	60	82	3	302	23	30	13	32	1.93
63713--63980	30	8.8	30	85	3	293	23	30	13	32	1.93
63989--64813	34	25.8	34	78	10	573	20	30	11	36	1.89
64086--64232	33	4.7	29	81	8	105	23	29	8	37	1.85
64086--64618	101	5.6	97	79	7	524	21	30	11	35	1.89
64381--64437	27	2.1	27	86	0	78	24	28	10	36	1.88
63989--64597	158	3.8	158	77	10	443	21	30	11	36	1.89
64441--64727	63	4.7	61	76	13	200	21	30	12	35	1.90
64537--64648	27	4.2	26	89	1	170	20	34	14	30	1.92
64537--64649	53	2.1	53	90	1	172	20	34	14	30	1.92
64920--65079	39	3.9	39	72	16	133	25	26	21	26	1.99
64870--66127	87	14.0	87	73	15	433	26	25	19	29	1.98
64960--65219	138	1.9	137	90	3	414	26	27	18	27	1.98
64818--65855	225	4.6	225	93	0	1657	26	25	19	29	1.98
65182--65441	138	1.9	137	90	3	414	25	24	19	30	1.98
65406--66180	138	5.6	136	78	10	756	26	25	19	29	1.99
65630--66040	186	2.2	186	93	1	691	26	24	19	29	1.98
66041--66227	100	1.9	101	89	1	295	25	27	17	29	1.97
66041--66228	49	3.8	49	83	5	243	26	27	17	29	1.97
66041--66280	100	2.4	101	83	4	288	25	28	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72267--72323	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
72379--72446	19	3.9	19	74	21	76	35	13	14	36	1.85
72486--72511	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
72466--72532	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
74869--75255	53	7.4	51	71	15	218	29	24	12	32	1.92
74977--75050	27	2.7	27	85	6	96	24	31	20	24	1.98
75035--75256	52	4.3	52	80	3	180	29	24	12	33	1.91
75081--75256	52	3.4	51	80	6	201	30	25	11	32	1.92
75239--75315	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
74867--75366	263	1.9	262	90	2	790	28	26	13	32	1.94
75269--75472	78	2.6	79	82	4	234	24	29	16	29	1.97
88184--88239	21	2.7	21	76	17	64	32	25	8	33	1.87
89007--89775	57	12.9	58	70	22	224	24	21	27	27	1.99
89089--89425	192	1.8	178	83	13	414	24	20	27	27	1.99
89401--89590	55	3.4	54	78	17	164	18	22	28	29	1.98
89460--89595	53	2.5	52	82	16	138	19	22	28	29	1.98
89270--89911	353	1.8	346	82	14	812	22	21	28	27	1.99
89624--89773	63	2.4	60	76	17	155	23	23	26	26	2.00
89751--89952	59	3.6	54	76	18	157	19	22	28	29	1.98
89783--89951	56	3.0	54	79	16	161	20	23	28	28	1.99
89752--89976	57	4.0	56	76	21	172	20	22	28	28	1.98

Tables:   1

The End!