genome.fa.s1753.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1753
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  212588

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7103--7934	62	13.4	62	76	5	642	29	28	23	17	1.97
7103--7934	31	26.8	31	72	6	533	29	28	23	17	1.97
8433--8486	20	2.7	19	82	8	63	44	11	12	31	1.78
8435--8506	21	3.5	21	79	11	69	44	12	12	30	1.79
9022--9078	30	1.9	30	88	0	87	57	8	28	5	1.50
15808--15859	20	2.6	20	73	11	52	34	11	15	38	1.83
18777--18820	21	2.1	21	100	0	88	40	13	4	40	1.65
21977--22032	15	3.5	15	80	11	58	83	7	7	1	0.86
21996--22037	15	2.8	15	81	0	57	83	9	2	4	0.88
23421--23525	43	2.4	43	88	0	147	19	21	14	44	1.86
23510--24073	84	6.8	84	76	6	427	19	29	14	36	1.91
23464--23901	41	10.4	42	67	9	151	19	28	14	37	1.90
23510--24050	249	2.2	248	83	2	647	19	29	14	37	1.91
27450--27475	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
28527--28552	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
29296--29410	57	2.0	57	100	0	230	38	18	3	40	1.68
30699--30737	20	1.9	20	84	5	51	10	30	43	15	1.80
31183--31221	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
32643--32793	75	2.0	75	100	0	302	35	21	15	27	1.94
37472--37590	51	2.3	51	82	5	150	31	13	26	29	1.94
37576--37649	28	2.6	28	91	4	114	25	18	31	24	1.98
37632--37748	51	2.3	51	85	4	164	32	11	25	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37445--37779	158	2.1	159	82	3	399	31	12	26	28	1.93
37684--37980	79	3.8	78	82	7	336	31	13	25	28	1.94
37917--38093	51	3.5	50	81	9	189	34	10	24	29	1.90
40424--40463	20	2.0	20	90	0	62	40	15	20	25	1.90
45517--45546	12	2.5	12	88	0	51	33	33	6	26	1.83
45625--45668	18	2.5	17	75	17	54	68	2	4	25	1.20
47127--47201	21	3.7	21	91	5	118	32	18	14	34	1.91
47190--47214	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
47171--47235	33	2.0	32	87	3	94	35	16	16	30	1.92
47754--47820	18	3.7	19	73	15	63	31	32	0	35	1.58
47755--47829	35	2.1	37	90	5	118	30	32	1	36	1.66
49895--49954	29	2.1	29	100	0	120	43	20	6	30	1.77
54227--54263	3	12.3	3	94	0	65	29	35	0	35	1.58
55959--55983	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
61714--61788	20	3.8	20	85	0	105	41	13	12	33	1.81
67461--67523	19	3.6	19	74	24	75	36	19	11	33	1.87
67448--67525	32	2.4	32	95	0	138	34	17	12	34	1.88
67480--67504	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
68907--69256	101	3.5	101	81	5	412	54	12	18	15	1.71
69545--69581	13	2.8	13	91	4	56	54	24	16	5	1.63
69546--69587	14	3.1	13	89	6	57	57	26	14	2	1.50
72494--72524	14	2.1	15	94	5	55	12	12	6	67	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83696--83929	49	4.7	49	81	5	245	34	16	23	26	1.95
83849--84101	87	2.9	87	88	1	337	29	18	25	26	1.98
84110--84455	34	10.8	33	72	12	247	36	13	31	19	1.90
84209--84456	95	2.6	91	82	7	291	35	14	29	20	1.92
84368--84421	27	2.0	27	88	0	81	33	12	29	24	1.92
84333--84455	61	2.0	62	85	1	167	38	13	27	21	1.90
84436--84959	31	17.0	30	81	4	517	32	16	29	22	1.95
84430--84959	61	8.6	60	80	5	515	32	15	29	22	1.95
84369--84952	156	3.8	155	84	4	691	32	15	28	22	1.95
86233--86274	6	6.8	6	97	2	75	0	0	16	83	0.65
86209--86280	24	3.0	24	77	6	65	4	6	13	75	1.17
90898--90953	19	2.8	19	76	10	58	30	16	12	41	1.85
94584--94632	21	2.3	22	86	6	66	36	14	18	30	1.90
95206--96443	42	29.5	42	75	5	566	17	27	15	39	1.90
95246--96478	126	9.8	125	74	6	675	17	27	15	39	1.90
97467--97551	20	3.8	20	70	26	71	24	15	15	44	1.85
97468--97600	49	2.7	50	90	4	207	25	17	16	40	1.90
100011--100126	51	2.3	52	89	4	182	31	25	11	31	1.91
99952--100425	129	3.7	129	87	2	619	28	25	12	33	1.92
100139--100255	51	2.3	52	85	7	159	32	23	11	32	1.90
100269--100388	51	2.4	51	85	0	150	26	27	15	30	1.96
99952--100465	130	4.0	127	85	5	586	29	25	11	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100373--100548	79	2.2	79	85	0	235	27	26	13	31	1.94
101959--102044	9	9.6	9	70	18	54	46	32	16	4	1.67
101957--102043	24	3.8	24	72	9	81	45	32	17	4	1.68
101983--102048	15	4.2	15	70	11	51	51	31	13	3	1.56
107892--108287	166	2.4	166	83	5	478	29	11	9	49	1.69
108864--108902	17	2.3	17	90	0	60	84	0	15	0	0.62
108850--108898	9	4.7	11	78	17	52	79	0	18	2	0.83
109840--110239	165	2.4	163	79	8	391	29	11	9	49	1.70
110803--110869	11	5.6	12	83	13	59	79	0	20	0	0.74
110804--110866	24	2.7	23	80	9	74	79	0	20	0	0.73
110814--110869	6	9.2	6	75	24	55	80	0	19	0	0.71
115067--115101	18	1.9	18	88	11	54	42	2	0	54	1.15
117065--117095	5	6.2	5	100	0	62	19	0	0	80	0.71
117069--117111	15	2.5	19	85	14	58	20	0	2	76	0.89
117831--118004	80	2.2	81	85	1	224	43	16	17	21	1.88
117863--118206	41	8.5	41	74	10	201	41	16	18	23	1.90
117865--118130	122	2.2	121	84	2	345	41	17	18	22	1.90
117977--118208	81	2.9	80	82	5	263	40	16	19	23	1.91
117830--118206	202	1.9	202	81	7	471	41	16	18	23	1.90
118507--118676	41	4.1	41	79	0	178	39	15	20	24	1.91
118507--118676	82	2.1	82	81	0	196	39	15	20	24	1.91
119958--119987	11	2.7	11	94	0	51	0	0	13	86	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123021--123074	20	2.7	20	94	2	90	38	5	16	38	1.72
127421--127523	28	3.7	27	80	7	109	28	16	28	27	1.97
127498--127685	28	6.6	28	78	7	126	26	19	27	27	1.99
127450--127656	113	1.8	113	82	2	263	26	18	27	28	1.98
127605--127685	31	2.7	30	88	7	121	29	24	23	22	1.99
127311--128876	30	51.9	30	77	7	975	25	17	27	28	1.98
127358--128876	61	25.2	61	77	8	1060	25	17	28	28	1.98
128896--129089	34	5.9	33	74	7	162	31	11	30	25	1.91
128896--129052	64	2.4	65	82	6	210	32	10	31	24	1.90
128878--129096	34	6.9	31	73	13	144	32	11	30	26	1.91
130470--130504	15	2.2	17	90	10	56	0	5	11	82	0.82
133113--133161	21	2.4	21	83	16	59	20	16	18	44	1.86
140970--141060	19	5.1	18	68	24	66	34	12	17	36	1.87
140992--141054	19	3.6	19	76	24	84	33	12	19	34	1.89
141011--141035	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
140992--141062	32	2.2	32	100	0	142	32	12	19	35	1.90
155046--155092	22	2.1	22	84	7	60	82	8	6	2	0.90
156496--156592	28	3.4	28	84	10	142	37	32	14	15	1.88
156674--156820	35	4.4	34	84	5	149	18	29	13	38	1.89
156674--156820	69	2.2	68	78	8	158	18	29	13	38	1.89
156794--156863	30	2.4	29	88	4	97	35	30	17	17	1.92
156880--157662	87	9.0	87	95	0	1404	26	26	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157624--158318	87	8.0	87	93	0	1174	26	26	19	27	1.99
156928--158271	261	5.1	261	89	5	1185	26	26	19	27	1.99
156879--158369	174	8.5	167	87	6	1036	26	26	19	27	1.99
157239--158058	396	2.1	396	96	0	1505	25	26	19	27	1.99
158233--158368	48	2.8	48	82	1	164	26	24	18	30	1.98
159219--159277	19	3.0	20	76	16	68	33	10	16	38	1.83
165005--165039	15	2.3	15	90	9	54	8	0	25	65	1.21
167726--167764	20	1.9	21	94	5	71	41	20	17	20	1.91
167803--167840	20	1.9	20	100	0	76	44	10	13	31	1.77
171976--172002	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86

Tables:   1   2