genome.fa.s1830.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1830
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  215889

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5254--5328	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
5251--5328	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
7944--8106	44	3.7	44	77	4	150	16	22	18	42	1.89
8633--8947	156	2.0	158	80	6	354	26	14	18	40	1.90
8742--9031	156	1.9	156	79	11	335	24	14	20	41	1.89
21890--21933	15	2.9	15	83	12	54	81	9	6	2	0.94
23365--23417	20	2.7	20	91	5	81	32	20	13	33	1.91
23466--23490	12	2.1	12	100	0	50	32	20	16	32	1.94
26032--26058	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
26046--26096	20	2.5	20	93	0	93	39	19	13	27	1.90
26952--27020	34	2.0	34	100	0	138	31	17	21	28	1.96
32324--32371	20	2.5	19	86	3	60	39	12	18	29	1.88
32324--32373	19	2.5	20	87	3	66	40	12	18	30	1.86
33165--33778	144	4.2	143	81	7	579	29	28	12	29	1.93
33195--33745	217	2.5	216	83	4	664	29	28	12	29	1.93
33226--33778	290	1.9	289	81	5	679	29	27	13	29	1.94
33054--33778	73	9.9	73	75	10	567	29	28	12	29	1.93
34767--34817	26	2.0	26	88	0	75	33	9	17	39	1.83
35565--35642	20	3.8	20	80	6	84	37	12	12	37	1.82
40275--40319	22	2.0	22	83	8	56	40	6	0	53	1.27
40908--40978	20	3.7	18	79	11	70	33	16	12	36	1.87
40927--40979	19	2.7	20	88	2	81	30	16	15	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45805--45953	52	2.9	51	85	4	208	32	16	18	32	1.93
45942--45966	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
46028--46052	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
46007--46072	32	2.0	33	94	2	116	36	16	12	34	1.86
50043--50163	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
50043--50183	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
50172--50196	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
50262--50286	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
51145--51346	49	3.9	50	83	5	208	32	15	25	25	1.96
51204--51347	49	2.9	49	88	3	216	32	17	25	24	1.97
51079--51558	224	2.2	213	91	4	755	33	15	25	25	1.95
51369--52039	49	13.8	49	83	5	835	29	17	26	25	1.97
51361--52039	98	7.0	98	91	5	1013	30	17	26	25	1.97
51860--52044	45	4.1	44	83	10	239	28	17	28	25	1.98
51861--52034	43	3.8	44	87	7	226	27	18	27	26	1.98
52039--52276	33	7.2	33	90	5	367	18	17	35	28	1.94
52040--52275	67	3.6	67	90	5	374	18	17	36	27	1.94
52278--52791	34	15.4	34	85	8	553	33	13	34	19	1.90
52481--52596	33	3.8	28	84	8	90	30	14	34	20	1.93
52574--52778	37	5.9	34	83	9	254	33	12	34	20	1.90
52782--52838	30	1.9	30	96	0	105	31	19	24	24	1.98
54083--54121	15	2.6	15	83	0	51	5	5	7	82	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61015--61132	52	2.3	52	95	0	209	30	17	16	34	1.93
61012--61152	52	2.7	51	87	4	203	31	17	17	33	1.94
61141--61165	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
61232--61256	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
61569--61683	53	2.1	55	87	3	162	38	14	21	25	1.92
61641--61728	43	2.0	44	88	2	133	28	20	25	26	1.99
61772--61897	28	4.4	28	90	2	180	19	17	27	35	1.94
61771--62112	56	5.8	57	70	11	197	26	16	28	29	1.96
61939--62111	29	6.0	29	80	4	197	26	17	28	27	1.97
61957--62117	86	1.9	86	89	2	252	24	16	29	29	1.97
63562--63639	33	2.4	31	81	14	86	5	6	7	80	1.01
63567--63618	27	2.0	26	88	3	77	5	9	3	80	0.99
77474--77602	52	2.5	52	96	0	231	30	17	17	34	1.94
77474--77622	52	2.9	51	89	4	219	31	17	18	32	1.94
77611--77635	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
77676--77741	32	2.0	33	91	2	107	36	15	12	36	1.84
82434--82543	50	2.2	50	88	0	157	26	12	8	52	1.67
84064--84131	23	2.9	23	82	6	91	60	0	1	38	1.06
85899--85944	24	1.9	24	82	8	58	39	2	4	54	1.32
85990--86020	16	1.9	16	93	0	53	51	3	0	45	1.17
86122--86236	55	2.1	57	86	6	164	54	7	6	31	1.53
87078--87107	4	7.5	4	92	0	51	73	0	0	26	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88233--88427	79	2.5	78	83	3	221	34	12	24	29	1.91
88307--88558	131	1.9	131	84	6	332	38	13	20	28	1.90
88233--88767	210	2.6	209	81	5	652	36	11	21	29	1.90
88438--88653	79	2.7	79	82	3	247	37	12	21	29	1.89
88510--88767	130	2.0	130	83	3	331	37	10	22	30	1.87
88589--88704	51	2.3	51	83	0	133	33	8	25	31	1.86
90663--90697	18	2.0	17	94	5	61	5	14	28	51	1.65
96306--96348	18	2.3	19	88	8	61	41	0	0	58	0.98
97107--97158	20	2.7	20	91	8	81	28	15	17	38	1.90
99234--99275	20	2.0	21	90	4	68	11	30	40	16	1.85
104266--104296	3	10.3	3	92	0	53	29	35	0	35	1.58
105935--105963	11	2.5	12	88	11	51	31	13	10	44	1.78
106040--106064	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
106644--106736	32	2.9	32	90	1	143	33	13	17	35	1.89
106772--106797	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
109933--109972	19	2.0	20	85	4	55	60	7	0	32	1.25
110015--110078	32	2.0	32	84	6	85	45	0	1	53	1.10
111155--111212	20	3.1	18	81	16	64	62	1	3	32	1.22
111406--111458	11	4.5	11	74	21	54	67	1	0	30	1.01
111352--111466	27	4.4	27	75	16	91	63	1	0	34	1.05
111403--111450	23	2.1	23	88	3	71	66	2	0	31	1.03
111405--111480	23	3.3	23	78	9	66	68	1	0	30	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111679--111721	12	3.6	12	82	17	54	67	4	0	27	1.10
112045--112095	27	1.9	26	88	4	75	50	1	0	47	1.12
112075--112110	11	3.3	11	84	0	54	47	0	0	52	1.00
112825--112853	4	7.2	4	100	0	58	27	24	0	48	1.51
112906--112992	45	2.0	44	90	2	138	13	18	13	54	1.72
113655--113699	21	2.1	21	95	0	81	20	24	20	35	1.96
114592--114640	25	2.0	25	87	0	71	12	14	4	69	1.33
118227--118255	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
119022--119052	2	15.5	2	93	0	53	48	48	3	0	1.17
122612--122683	20	3.6	20	94	0	126	31	12	4	51	1.59
126255--126303	23	2.2	22	82	10	55	51	10	10	28	1.68
126976--127033	28	2.1	28	100	0	116	27	17	25	29	1.97
127285--127362	20	3.9	20	78	6	86	41	12	15	30	1.85
128154--128619	28	16.0	28	83	5	432	23	16	30	28	1.96
128151--128624	114	4.1	115	80	7	462	24	16	30	28	1.96
128169--128615	142	3.1	143	84	4	495	23	17	31	28	1.96
129841--129889	15	3.4	14	81	13	55	0	2	18	79	0.83
129843--129879	4	9.8	4	82	11	51	0	2	18	78	0.87
129839--129912	11	7.3	10	75	11	62	0	4	17	78	0.90
150531--151130	300	2.0	300	95	0	1083	34	16	23	25	1.95
152065--152131	13	5.5	12	77	13	66	85	11	2	0	0.72
152066--152112	19	2.5	18	83	12	67	89	10	0	0	0.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152069--152131	33	1.9	33	87	12	94	85	11	3	0	0.70
152066--152121	20	2.8	20	86	5	78	87	10	1	0	0.62
152067--152131	7	9.7	7	77	12	57	86	10	3	0	0.69
152066--152124	1	59.0	1	79	0	55	88	10	1	0	0.60
153347--153751	28	13.8	29	78	8	342	30	28	17	24	1.97
153347--153706	58	6.2	57	78	6	350	30	29	16	24	1.96
153347--153654	86	3.6	86	83	3	404	30	29	16	23	1.97
153347--153706	86	4.2	86	80	6	379	30	29	16	24	1.96
161883--161938	22	2.6	22	78	15	73	44	0	0	55	0.99
164282--164350	18	3.5	19	72	27	63	39	1	1	57	1.16

Tables:   1   2