genome.fa.s1846.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1846
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  186639

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7848--7893	18	2.6	18	89	3	67	86	10	2	0	0.64
7839--7898	13	4.5	13	87	6	77	85	10	5	0	0.75
7848--7899	18	3.0	17	81	18	63	86	9	3	0	0.69
8882--9538	59	11.3	58	86	7	736	26	28	20	24	1.99
8915--9538	55	10.8	55	87	6	630	26	29	20	24	1.99
9351--9491	28	5.1	27	61	16	65	27	30	19	21	1.98
10283--10359	21	3.7	21	89	3	111	35	12	16	35	1.88
10395--10494	19	5.9	19	73	25	98	37	12	13	38	1.81
10416--10472	13	3.9	13	76	24	60	36	14	14	35	1.86
10397--10491	32	3.0	32	96	0	172	36	12	13	36	1.83
10534--10559	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
10514--10580	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
13060--13281	52	4.3	51	80	2	237	29	25	12	32	1.93
13269--13340	28	2.6	28	88	0	99	22	34	19	23	1.96
13374--13428	28	1.9	29	85	3	76	21	21	20	36	1.95
15124--15159	16	2.2	16	90	9	56	22	5	0	72	1.05
16638--16711	20	3.7	20	94	0	130	25	14	14	44	1.84
16708--16763	19	2.9	19	83	2	76	32	21	12	33	1.91
19612--19636	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
19594--19658	33	2.0	33	87	0	94	33	12	13	40	1.82
19703--19802	52	1.9	51	88	8	148	32	18	16	34	1.92
22468--22526	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22787--22812	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
22767--22830	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
25353--25390	13	2.9	13	92	7	60	31	15	15	36	1.90
27473--27503	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
29306--29350	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
31231--31289	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
31570--31595	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
31550--31613	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
38936--38991	13	4.8	13	69	24	52	33	16	14	35	1.88
38913--39017	33	3.2	33	95	0	183	31	14	13	40	1.84
38947--39013	20	3.7	20	74	25	85	28	14	14	41	1.86
49229--49277	23	2.1	23	88	7	73	63	2	0	34	1.06
49615--49715	31	3.3	29	81	14	105	78	7	10	2	1.07
49631--49680	23	2.2	23	88	0	73	80	10	6	4	1.02
49784--49813	3	10.0	3	92	0	51	63	33	3	0	1.11
49779--49836	18	3.1	18	79	16	64	56	27	13	1	1.47
49800--49853	23	2.5	21	82	8	56	57	22	16	3	1.55
56710--56734	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
58895--58946	21	2.4	21	78	9	61	63	3	9	23	1.41
62745--62824	20	3.7	20	72	18	70	28	16	15	40	1.88
62811--62849	13	3.0	13	84	0	51	35	17	10	35	1.84
62748--62849	46	2.2	46	84	3	125	31	17	12	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65420--65445	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
66753--66806	20	2.7	20	85	0	72	42	14	12	29	1.83
66858--66883	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
72837--72862	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
73065--73102	13	2.9	13	88	0	58	31	13	18	36	1.89
73536--73587	20	2.4	21	84	9	61	19	48	26	5	1.71
74986--75042	28	2.0	28	96	0	105	35	1	19	43	1.61
75530--75599	20	3.5	20	75	11	63	38	17	14	30	1.89
75570--75620	20	2.5	20	87	0	75	41	13	15	29	1.86
75672--75697	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
75652--75719	33	2.1	32	94	2	118	36	17	13	32	1.89
78686--78718	7	4.9	7	85	7	50	0	12	0	87	0.53
78687--78729	13	3.4	12	87	9	59	0	13	0	86	0.58
78693--78729	12	3.2	12	96	3	67	0	13	0	86	0.57
78686--78729	12	3.4	13	87	9	63	0	13	0	86	0.57
80255--80614	51	7.0	52	74	4	225	33	19	18	28	1.95
80357--80593	103	2.3	103	80	3	255	32	20	18	28	1.96
80165--80732	51	11.3	50	71	9	219	33	19	18	28	1.95
81247--81365	51	2.3	52	80	5	136	28	11	15	43	1.82
83370--83470	28	3.6	28	87	0	139	28	20	25	24	1.99
83444--83554	51	2.1	51	81	3	132	38	8	24	28	1.84
84625--84679	19	2.8	19	83	2	65	29	21	12	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86322--86362	3	13.7	3	84	0	55	41	0	31	26	1.56
86320--86354	9	3.9	9	96	0	61	42	0	31	25	1.55
86994--87067	37	2.0	37	100	0	148	35	10	10	43	1.75
99038--99133	47	2.0	47	100	0	192	36	16	9	37	1.81
100327--100363	13	3.0	13	80	11	51	37	16	13	32	1.87
100392--100420	14	2.1	14	100	0	58	41	6	24	27	1.80
100500--100636	53	2.6	53	94	1	238	26	17	18	37	1.93
100717--100757	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
104937--104988	9	5.4	9	84	8	59	84	7	0	7	0.77
104938--104988	10	5.2	10	88	2	59	86	5	0	7	0.71
104938--105000	18	3.3	18	77	16	65	85	6	0	7	0.73
106216--106517	28	10.4	29	83	6	301	31	28	14	24	1.95
106210--106492	57	4.9	56	80	8	259	31	28	14	24	1.95
106216--106517	85	3.5	85	80	6	297	31	28	14	24	1.95
106357--106554	60	3.3	60	82	10	183	31	26	16	25	1.96
107715--107874	40	3.7	40	73	18	151	31	15	13	40	1.85
107699--107925	91	2.5	91	90	1	348	30	16	12	40	1.85
107715--107877	20	7.6	20	72	18	98	30	15	12	41	1.85
114975--115020	22	2.0	23	91	8	76	43	8	26	21	1.81
116236--116282	23	2.0	23	84	8	60	34	6	21	38	1.79
118188--118244	20	2.8	21	86	10	82	31	14	12	42	1.82
122113--122167	22	2.5	22	100	0	110	61	9	10	18	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123080--123154	20	3.8	20	76	0	69	40	13	13	33	1.83
123077--123154	40	2.0	39	84	2	102	39	14	12	33	1.84
125174--125235	23	2.8	21	76	16	54	69	8	14	8	1.36
125174--125235	21	2.8	22	78	11	56	69	8	14	8	1.36
126829--126932	44	2.4	44	87	7	144	18	26	11	43	1.84
126948--127716	36	20.3	35	70	16	242	20	25	15	38	1.92
126754--127103	189	1.9	182	84	7	463	19	24	14	41	1.89
126941--127688	118	6.5	116	82	6	766	20	25	15	38	1.92
126954--127786	73	10.9	73	69	14	287	20	25	16	37	1.93
127596--127681	44	2.0	41	82	6	100	16	29	12	41	1.85
127647--127717	35	2.0	36	83	2	90	16	22	19	40	1.91
126941--127712	116	6.7	115	82	6	761	20	25	15	38	1.92
127560--127786	79	2.8	80	79	9	219	19	25	16	37	1.93
128582--128719	51	2.7	51	79	4	145	31	15	12	40	1.84
131045--131344	78	3.8	79	83	2	356	30	28	9	32	1.89
132584--132916	113	2.9	115	86	4	444	39	9	10	40	1.72
137921--137946	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
137903--137966	33	2.0	33	90	3	103	42	17	14	26	1.87
138000--138043	20	2.1	22	91	8	74	40	20	9	29	1.83
146752--146795	20	2.1	22	91	8	74	40	20	9	29	1.83
147812--147852	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
147892--147962	20	3.6	19	77	7	70	39	16	14	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147932--148068	53	2.6	53	90	3	204	37	16	18	27	1.92
148092--148122	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
148139--148229	47	1.9	48	93	2	157	29	21	8	39	1.84
150484--150521	20	1.9	20	94	0	67	47	10	21	21	1.80
153690--153807	58	2.0	58	100	0	236	32	12	14	40	1.84
157511--157557	2	23.5	2	95	0	85	48	2	0	48	1.13
160535--160585	20	2.6	19	76	11	59	33	13	17	35	1.89
169507--169575	32	2.1	33	91	2	113	34	10	17	37	1.83
169591--169741	52	2.9	52	88	1	221	34	18	17	29	1.94
177908--178027	30	3.9	30	81	7	107	24	28	16	30	1.96

Tables:   1   2