genome.fa.s1855.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1855
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  154734

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1023--1085	27	2.3	27	78	13	67	38	17	4	39	1.71
1726--1785	28	2.1	27	84	9	75	55	3	3	38	1.33
3357--3399	2	21.5	2	95	0	77	0	51	0	48	1.00
6435--6485	25	2.0	25	85	7	68	56	0	9	33	1.32
6623--6654	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
7433--7461	12	2.4	12	100	0	58	31	10	6	51	1.62
7802--7834	15	2.2	15	100	0	66	27	12	24	36	1.91
9395--9451	19	2.9	19	84	5	78	38	14	12	35	1.83
9367--9429	32	1.9	33	90	3	101	31	15	12	39	1.85
9391--9450	20	3.0	20	82	4	77	38	13	13	35	1.84
11111--11145	18	1.9	18	94	0	61	40	5	28	25	1.78
16555--16585	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
16538--16601	33	1.9	33	87	12	96	32	18	12	35	1.89
16631--16686	19	2.8	19	89	5	76	32	16	16	35	1.90
16672--16696	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
16653--16714	32	1.9	32	86	3	88	33	16	19	30	1.94
17967--18009	21	2.0	21	90	0	68	32	23	4	39	1.75
17970--18022	21	2.5	21	81	0	61	35	24	3	35	1.74
18419--18461	23	1.9	22	90	4	68	44	0	0	55	0.99
19783--19826	22	2.1	21	91	8	72	45	6	9	38	1.63
19882--19946	32	2.0	33	87	3	96	27	13	16	41	1.87
20520--20578	31	1.9	30	83	10	75	33	13	18	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22793--22827	18	1.9	18	94	0	61	40	5	28	25	1.78
27387--27432	20	2.3	20	82	17	60	30	21	0	47	1.51
32462--32631	49	3.5	49	83	9	226	23	27	19	29	1.98
32462--32680	52	4.5	49	80	11	211	23	26	18	31	1.98
33356--33380	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
33369--33418	19	2.6	19	96	0	91	32	12	18	38	1.87
36620--36679	13	5.1	13	69	22	60	38	16	18	26	1.92
36619--36698	33	2.4	33	100	0	160	36	18	20	25	1.95
36633--36698	20	3.7	20	73	26	83	36	18	21	24	1.95
39061--39181	52	2.3	52	94	0	215	29	17	18	34	1.94
39061--39201	52	2.7	51	87	4	203	31	17	18	33	1.94
39190--39214	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
39277--39301	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
41381--41421	13	3.2	13	89	0	64	39	12	14	34	1.84
47587--47650	13	5.4	13	75	21	68	34	15	15	34	1.90
47570--47666	33	2.9	33	93	6	162	32	18	13	35	1.90
47600--47665	20	3.7	20	73	26	83	33	18	15	33	1.92
47696--47751	19	2.8	19	89	5	76	32	16	16	35	1.90
47737--47761	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
47718--47779	32	1.9	32	86	3	88	33	16	19	30	1.94
49444--49486	23	1.9	22	90	4	68	44	0	0	55	0.99
50807--50850	22	2.1	21	91	8	72	45	6	9	38	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50906--50970	32	2.0	33	87	3	96	27	13	16	41	1.87
51544--51602	31	1.9	30	83	10	75	33	13	18	33	1.90
53142--53217	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
53163--53235	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
53142--53235	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
55678--55716	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
55702--55780	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
57794--57824	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
67201--67259	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
67446--67484	20	1.9	21	94	5	71	30	10	15	43	1.80
67539--67564	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
67519--67582	32	2.0	33	96	3	121	28	12	15	43	1.83
69637--69679	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
70111--70148	13	2.9	13	92	0	58	28	15	21	34	1.94
72206--72236	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
74032--74076	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
75958--76016	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
76297--76322	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
76276--76340	32	2.0	33	93	6	114	27	12	15	44	1.82
76276--76340	19	3.6	19	73	26	70	27	12	15	44	1.82
80971--80998	13	2.2	13	100	0	56	39	14	14	32	1.86
83594--83624	8	3.8	8	95	4	53	61	25	0	12	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89420--89444	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
89526--89550	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
93926--94048	9	12.4	9	74	19	86	82	9	5	1	0.88
93935--93973	15	2.5	15	95	4	69	84	0	15	0	0.62
93926--94048	31	4.2	27	73	18	93	82	9	5	1	0.88
93926--94039	1	114.0	1	66	0	57	83	8	6	1	0.88
95423--95573	28	5.2	28	76	10	144	29	33	16	20	1.95
95433--95546	29	3.8	30	79	10	119	29	30	18	21	1.97
95434--95546	60	1.9	59	87	5	165	29	30	18	21	1.97
95434--95619	88	2.1	86	81	9	207	27	33	16	22	1.95
95587--95658	27	2.7	27	86	0	108	25	37	12	25	1.91
95755--96277	43	11.2	44	69	18	258	24	24	18	32	1.97
95666--95893	95	2.4	94	81	5	251	24	25	19	30	1.98
95806--96180	49	7.8	51	72	12	190	23	25	18	31	1.97
95809--95938	51	2.5	51	82	2	161	24	27	17	30	1.97
96015--96274	49	5.5	48	76	12	254	24	23	17	33	1.96
95997--96275	92	3.0	92	90	1	434	24	24	17	34	1.96
96954--97043	13	6.0	13	71	26	63	34	14	16	34	1.89
96967--97029	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
96953--97042	32	2.8	32	96	0	162	33	14	16	35	1.89
97081--97106	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
104035--104081	20	2.4	20	89	3	69	34	19	14	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104811--104895	35	2.4	34	78	5	89	22	27	10	40	1.87
105211--105312	42	2.4	41	82	9	116	19	23	15	41	1.90
105238--105356	42	2.8	42	84	2	141	19	23	17	39	1.92
105157--105356	84	2.4	84	75	9	183	18	25	17	39	1.91
105437--106221	43	18.4	42	77	7	607	18	27	17	36	1.93
105437--106197	128	5.9	127	80	6	673	18	27	17	36	1.93
105437--106207	171	4.5	170	77	7	693	18	27	17	36	1.93
106190--106664	42	11.4	42	77	6	336	18	29	19	32	1.96
106263--106498	80	2.9	82	78	13	241	18	29	21	30	1.97
107004--107165	83	1.9	83	83	6	211	20	23	11	43	1.85
108322--108346	13	1.9	13	100	0	50	24	8	28	40	1.83
108594--108635	13	3.2	13	86	6	50	26	0	0	73	0.83
108605--108655	15	3.3	15	76	23	52	27	0	1	70	0.98
109427--109479	22	2.4	22	93	0	88	45	32	22	0	1.53
109820--109878	17	3.4	17	90	4	82	27	18	8	45	1.78
110006--117247	658	11.0	658	99	0	14370	30	10	17	41	1.83
117930--118231	157	1.9	156	83	3	392	24	19	19	36	1.95
117902--118480	156	3.7	157	76	6	412	23	19	19	37	1.94
118263--118592	156	2.1	156	80	2	367	21	18	21	37	1.94
118641--118983	156	2.2	155	83	5	424	21	16	22	39	1.92
118371--118928	286	1.9	285	83	6	716	20	17	23	38	1.93
124928--125155	114	2.0	114	99	0	447	32	16	16	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128450--128476	10	2.7	10	100	0	54	77	0	11	11	0.99
128578--128630	13	4.1	13	83	11	56	73	1	22	1	1.03
128583--128630	12	4.1	11	80	15	51	75	2	20	2	1.02
129831--129860	15	1.9	16	93	6	53	76	0	0	23	0.78
129831--129883	21	2.6	21	79	8	56	71	3	1	22	1.12
129827--129868	16	2.7	15	85	7	57	76	2	0	21	0.90
136134--136500	80	4.6	79	79	7	350	31	9	30	28	1.88
136107--136542	80	5.5	78	79	6	342	30	10	31	27	1.91
136214--136542	158	2.1	157	81	5	378	30	10	30	28	1.90
136424--136650	107	2.1	108	83	7	284	27	11	32	28	1.91

Tables:   1   2