genome.fa.s1929.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1929
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  264168

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1284--1309	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1933--2012	38	2.0	40	83	4	101	35	25	5	35	1.78
2017--2060	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
3865--3890	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
5969--5999	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
7801--7845	21	2.1	21	88	8	65	22	17	4	55	1.60
10061--10086	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
11305--11406	43	2.3	43	82	16	129	19	14	6	58	1.58
11307--11395	43	2.1	41	89	8	135	22	13	6	57	1.60
16438--16479	17	2.8	14	86	13	57	80	0	14	4	0.86
16441--16481	16	2.6	15	81	11	55	80	0	12	7	0.90
19074--19285	90	2.4	90	91	5	335	39	8	19	32	1.82
19264--19424	88	1.8	88	89	0	250	31	13	26	29	1.94
19502--19732	84	2.7	85	84	4	268	32	10	25	31	1.90
19583--19875	154	1.9	151	86	3	408	36	11	20	32	1.88
19738--19923	87	2.1	87	84	3	232	38	11	16	33	1.85
19884--20042	84	1.9	84	87	5	232	37	8	21	33	1.83
25611--25798	86	2.2	88	82	1	218	29	27	13	28	1.94
25658--25848	88	2.2	87	82	2	222	30	25	13	30	1.93
33149--33388	96	2.5	95	79	6	250	35	11	26	27	1.90
39102--39261	51	3.1	50	84	10	200	43	13	15	28	1.83
40013--40038	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40736--40779	21	2.1	21	83	8	54	27	31	2	38	1.69
42586--42624	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
42610--42688	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
44703--44733	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
46537--46581	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
48799--48824	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
51087--51151	33	2.0	32	87	3	94	33	9	20	36	1.84
53931--54002	20	3.7	19	83	3	72	29	16	13	40	1.87
62839--62915	33	2.3	33	95	0	145	32	12	15	38	1.86
62851--62919	20	3.8	20	71	25	80	33	14	15	36	1.89
72805--72838	15	2.3	15	89	0	50	79	0	20	0	0.73
74696--74729	16	2.1	16	94	0	59	52	5	20	20	1.67
74750--74782	2	16.5	2	93	0	57	45	3	0	51	1.16
79209--79247	20	1.9	20	84	5	51	56	10	7	25	1.59
80008--80119	59	1.9	59	90	0	179	33	26	14	25	1.94
85639--85693	20	2.7	20	88	2	74	38	9	14	38	1.78
88273--88325	29	1.9	26	85	11	70	30	33	11	24	1.90
88186--88555	79	4.6	80	79	9	375	29	27	9	33	1.88
88146--88542	79	5.0	80	78	7	337	29	27	9	33	1.88
93043--93073	14	2.2	14	94	0	53	51	0	6	41	1.27
100361--100577	107	2.0	108	90	4	339	43	8	11	35	1.73
101599--101635	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101635--101663	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
104063--104142	37	2.2	36	88	2	115	21	8	15	55	1.67
112232--112314	25	3.2	26	65	27	66	46	20	10	21	1.81
112226--112332	53	2.0	53	92	0	178	46	21	10	21	1.80
119515--119539	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
119492--119559	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
119591--119639	20	2.4	21	82	3	64	26	16	16	40	1.89
121620--121664	20	2.1	22	88	8	67	4	28	48	17	1.66
121934--121974	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
122517--122575	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
122856--122880	12	2.1	12	100	0	50	32	16	16	36	1.90
122835--122898	32	2.0	32	96	3	121	31	12	15	40	1.85
127545--127582	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
129386--129430	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
130981--131019	13	3.0	13	92	0	69	33	15	20	30	1.94
137031--137055	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
137119--137143	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
137152--137280	52	2.5	52	96	0	231	34	18	17	29	1.94
151059--151138	1	80.0	1	74	0	61	86	13	0	0	0.58
151059--151138	19	4.3	18	86	10	99	86	13	0	0	0.58
151061--151137	26	3.0	25	83	11	93	85	14	0	0	0.59
152524--152811	30	9.7	30	75	9	166	29	27	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152558--152835	30	9.4	28	74	12	173	30	29	15	23	1.96
152709--152835	58	2.2	59	85	8	170	35	29	16	18	1.93
152855--153083	48	4.8	48	80	10	256	26	24	17	31	1.97
152953--153038	42	2.0	42	93	0	145	27	24	18	29	1.98
152904--153083	91	1.9	93	91	3	292	27	23	17	31	1.97
152971--153038	21	3.2	21	64	22	52	27	26	17	27	1.98
152995--153146	52	2.8	53	80	4	180	25	23	15	34	1.95
156742--156766	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
156719--156786	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
156819--156891	21	3.5	21	92	1	112	28	17	13	39	1.88
156879--156903	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
157611--157641	14	2.1	15	94	5	55	54	6	6	32	1.51
160020--160072	20	2.6	20	81	3	61	41	15	15	28	1.87
160124--160148	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
160104--160171	33	2.1	33	88	2	102	35	17	14	32	1.91
166030--166067	13	2.9	13	92	0	58	34	15	15	34	1.90
166501--166542	20	2.0	21	90	4	68	19	47	28	4	1.69
168540--168591	20	2.5	20	81	3	59	38	15	17	28	1.90
168645--168670	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
176945--176996	19	2.7	20	84	6	70	28	13	17	40	1.87
176945--177002	19	3.0	18	80	12	62	25	12	20	41	1.87
177659--177704	21	2.2	21	84	7	58	26	30	4	39	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179509--179547	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
183435--183479	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
185684--185709	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
185664--185728	32	2.0	33	87	3	96	27	13	16	41	1.87
186972--187002	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
189081--189119	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
189240--189286	22	2.3	21	82	10	62	34	14	4	46	1.64
191195--191261	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
191719--191744	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
191783--191858	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
191803--191876	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
191783--191876	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
192493--192536	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
193528--193552	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
194107--194153	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
196711--196777	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
197235--197260	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
197299--197374	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
197319--197392	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
197299--197392	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
198397--198422	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
206768--206817	27	2.0	26	84	11	68	24	38	18	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208828--208901	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
208846--208921	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
208828--208921	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
208960--208985	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
209443--209509	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
214017--214378	31	11.8	30	79	7	386	24	29	14	31	1.95
214023--214378	61	5.8	61	81	5	389	24	29	15	31	1.95
214017--214365	92	3.8	92	85	5	447	24	28	14	31	1.95
214626--214655	13	2.3	13	100	0	60	36	13	16	33	1.88
214696--214720	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90

Tables:   1   2