genome.fa.s1949.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1949
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82743

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 92 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
486--555	20	3.6	19	78	3	59	38	11	18	31	1.86
3171--3244	20	3.6	20	78	7	94	37	13	17	31	1.89
3171--3265	42	2.3	42	94	1	165	40	12	17	29	1.87
5530--5574	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
7378--7408	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
9486--9524	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
11366--11461	48	2.0	48	100	0	192	37	8	29	25	1.85
12014--12086	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
12031--12107	21	3.7	21	77	6	86	42	11	16	28	1.84
12014--12107	41	2.3	41	94	3	163	39	12	18	29	1.88
12128--12177	19	2.6	19	100	0	100	36	16	20	28	1.93
13148--13202	20	2.8	20	83	2	67	36	16	14	32	1.89
14296--14336	13	3.2	13	85	0	64	43	12	12	31	1.79
16166--16191	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
16146--16209	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
16836--16926	39	2.3	41	77	12	100	35	19	5	39	1.75
18257--18299	20	2.1	20	86	4	59	9	30	44	16	1.79
18740--18777	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
23117--23233	52	2.2	52	93	0	198	30	15	17	35	1.91
23113--23253	52	2.7	51	86	4	194	31	16	18	34	1.93
23242--23266	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
23307--23373	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23329--23353	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
24164--24290	67	1.9	68	85	4	177	38	12	24	24	1.90
24240--24661	43	8.7	52	77	14	313	33	17	24	25	1.96
24347--24672	43	7.1	43	81	12	382	31	17	25	25	1.97
24294--24672	92	4.1	92	93	2	623	32	17	25	25	1.97
24688--24966	37	8.3	34	81	12	303	30	11	35	21	1.90
24709--24796	31	3.1	28	82	10	115	23	14	38	22	1.92
24740--24969	70	3.3	70	86	6	310	32	12	34	20	1.90
24731--24998	104	2.6	103	83	9	346	32	11	34	21	1.90
24958--25093	62	2.2	63	90	4	222	27	15	32	25	1.95
24940--25101	31	5.2	30	84	10	184	29	14	32	23	1.95
33267--33383	52	2.2	52	95	0	207	30	16	17	35	1.92
33267--33403	52	2.6	52	87	4	188	32	16	18	33	1.93
33392--33416	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
33478--33502	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
33457--33522	32	2.0	33	88	2	98	39	15	12	33	1.84
36822--36866	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
39066--39117	19	2.7	20	87	6	79	28	13	15	42	1.85
44563--44623	20	3.0	20	81	11	72	36	13	13	37	1.83
46249--46676	61	7.0	61	83	3	468	25	27	18	28	1.98
46250--47090	123	7.0	122	78	8	810	25	27	18	28	1.98
46250--47090	184	4.7	183	79	7	754	25	27	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46705--47090	62	6.3	61	83	5	433	25	27	19	26	1.99
46413--46970	292	1.9	292	89	1	859	24	28	19	27	1.98
47013--47239	105	2.2	105	88	4	350	22	30	17	29	1.97
47467--47623	85	1.9	80	80	8	181	20	26	12	41	1.87
48195--48251	20	2.8	21	92	7	100	24	15	14	45	1.83
48233--48262	13	2.3	13	94	0	51	30	13	13	43	1.82
50644--50832	79	2.4	79	80	3	202	30	26	10	33	1.89
50928--51024	51	1.9	51	93	0	167	28	22	12	36	1.91
50703--51051	130	2.7	130	85	1	459	30	24	11	33	1.91
51763--51803	20	2.0	20	90	0	64	36	21	14	26	1.93
58948--58992	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
60116--60141	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
62191--62235	22	2.1	22	88	8	67	37	0	28	33	1.58
62200--62244	22	2.0	22	82	4	54	37	0	33	28	1.58
62811--62864	20	2.7	20	86	8	74	38	18	16	25	1.92
62854--62878	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
62866--62918	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
62960--63011	20	2.7	20	90	3	79	36	21	15	26	1.93
63052--63104	20	2.7	20	100	0	106	33	22	11	32	1.90
67504--67542	13	2.9	14	92	3	62	33	15	20	30	1.94
69591--69628	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
71433--71477	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73680--73705	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
73744--73819	21	3.7	21	76	3	82	30	18	11	39	1.87
73765--73837	20	3.6	20	74	17	78	34	20	12	32	1.90
73744--73837	41	2.3	41	92	0	152	31	19	11	37	1.88
74178--74437	46	5.7	46	81	1	270	22	27	11	38	1.88
74178--74438	92	2.8	93	81	4	312	22	27	11	39	1.88
74178--74437	138	1.9	137	84	3	351	22	27	11	38	1.88
74596--75385	85	9.6	84	74	8	350	19	18	13	48	1.80
74753--75043	159	1.8	159	86	1	422	19	18	13	48	1.81
74905--75128	43	5.2	43	65	8	123	18	18	13	49	1.80
74915--75546	85	7.7	85	75	11	400	19	21	13	46	1.83
74705--75545	244	3.5	244	81	3	809	19	20	12	47	1.82
75141--75272	43	3.1	41	76	6	120	19	20	15	44	1.86
75172--75473	42	7.4	42	66	18	129	19	21	12	46	1.83
74985--75300	159	2.0	161	85	2	431	19	20	14	45	1.84
75223--75559	159	2.1	158	80	4	385	18	22	13	45	1.84
77306--77420	51	2.3	51	87	3	169	33	11	22	33	1.90
77431--77542	51	2.2	51	82	7	140	33	10	24	31	1.89
77255--77577	128	2.5	130	82	5	379	33	12	24	30	1.91
78200--78519	46	7.4	44	71	13	209	40	13	27	18	1.89
78457--78684	105	2.2	105	91	1	359	29	17	30	22	1.97
78608--79628	61	16.9	60	76	7	811	28	18	27	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78608--79628	123	8.5	122	80	6	1001	28	18	27	25	1.98
78913--79220	169	1.8	169	88	4	469	29	16	27	25	1.97
80267--80306	19	2.1	19	100	0	80	52	5	20	22	1.65
80661--80692	17	1.9	16	93	6	55	0	0	15	84	0.63

Tables:   1

The End!