genome.fa.s1961.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1961
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  173942

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1902--1929	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2667--2732	35	1.9	35	90	3	107	40	1	4	53	1.31
2663--2740	35	2.4	33	83	10	97	38	3	5	52	1.42
10212--10263	8	7.1	7	83	12	52	40	0	0	59	0.97
10314--10349	18	2.1	17	89	5	54	33	0	0	66	0.92
10601--10639	20	2.0	20	85	10	53	64	0	0	35	0.94
11378--11421	23	2.0	23	87	12	67	29	0	0	70	0.88
11324--11421	11	8.5	12	69	24	61	35	0	1	63	1.02
11892--12271	189	2.0	189	88	4	570	36	8	6	48	1.59
20371--20433	31	2.0	31	85	11	85	47	0	0	52	1.00
20927--20967	2	20.5	2	94	0	73	0	46	0	53	1.00
23397--23519	41	3.0	41	100	0	246	24	19	17	39	1.92
23607--23731	62	2.0	62	100	0	250	47	8	17	27	1.75
26309--26359	6	8.1	7	77	18	51	56	0	0	43	0.99
26299--26362	30	2.1	31	91	2	103	53	0	0	46	1.00
27231--27266	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
27977--28450	247	1.9	244	80	8	548	39	21	13	25	1.91
29795--29865	20	3.5	20	68	24	58	46	2	1	49	1.25
29791--29868	41	1.9	41	94	0	138	44	2	1	51	1.23
31413--31449	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
32300--32331	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
35345--35401	18	3.1	18	79	5	51	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36593--36659	9	7.7	9	70	18	52	74	0	1	23	0.90
36574--36695	17	7.3	16	73	14	70	67	0	1	31	1.01
36579--36637	23	2.4	25	83	10	70	74	0	3	22	0.96
36589--36658	11	6.7	11	73	22	62	75	0	1	22	0.88
36605--36652	18	2.7	18	90	3	80	77	0	2	20	0.88
36589--36658	21	3.3	23	68	24	55	75	0	1	22	0.88
36647--36693	18	2.8	16	79	20	51	59	0	0	40	0.97
36649--36722	32	2.2	32	83	4	85	54	2	1	41	1.23
36937--37013	17	4.7	17	70	27	60	58	1	1	38	1.15
36970--37032	29	2.2	28	81	16	67	60	3	1	34	1.22
37129--37164	3	12.3	3	88	5	56	0	27	0	72	0.85
37295--37343	24	1.9	26	84	12	66	53	0	0	46	1.00
37906--37940	3	11.7	3	88	11	54	62	2	34	0	1.10
39255--39709	240	1.9	240	95	0	829	25	12	17	44	1.84
45823--45892	32	2.2	33	86	2	97	41	0	0	58	0.98
45794--45874	16	4.9	17	71	21	66	41	0	0	58	0.98
46298--46387	18	5.0	18	67	23	55	38	0	1	60	1.04
46308--46395	27	3.3	27	69	16	51	37	0	1	61	1.04
51950--51974	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
51993--52244	129	2.0	129	80	6	287	43	6	10	39	1.66
52396--52432	15	2.4	16	82	13	51	35	0	0	64	0.94
54746--54778	17	1.9	17	88	11	50	27	3	3	66	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55113--55151	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
55153--55179	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
55431--55484	18	2.8	18	77	20	56	42	0	0	57	0.98
55412--55480	29	2.4	30	88	9	99	40	1	0	57	1.07
55431--55471	18	2.1	20	86	13	59	39	0	0	60	0.96
55440--55551	42	2.6	42	72	16	104	44	2	0	51	1.21
55440--55551	43	2.6	42	75	13	111	44	2	0	51	1.21
60215--60244	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
60427--60472	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
60627--60660	16	2.1	17	88	5	52	61	0	0	38	0.96
61142--61186	21	2.1	22	84	12	58	57	6	6	28	1.50
61199--61253	17	3.4	17	70	25	55	54	1	1	41	1.21
61238--61295	22	2.6	23	75	5	64	60	3	1	34	1.24
61496--61556	25	2.4	26	72	2	61	49	1	0	49	1.10
62292--62326	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
62766--62807	12	3.3	13	80	16	52	66	2	0	30	1.04
62824--62863	14	2.7	14	88	7	53	50	2	0	47	1.14
62857--62914	30	1.9	30	86	6	82	48	0	0	51	1.00
64562--64590	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
66292--66318	13	2.1	13	100	0	54	29	7	33	29	1.85
72255--72321	35	1.9	36	82	14	88	53	0	4	41	1.21
81038--81071	17	2.0	17	88	11	52	50	0	5	44	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81199--81317	46	2.6	45	77	14	118	39	7	9	43	1.65
81555--81618	24	2.8	24	75	13	62	26	1	6	65	1.25
82218--82263	14	3.3	13	82	14	56	56	0	0	43	0.99
84622--84695	35	2.1	35	100	0	148	29	10	0	59	1.31
84744--84768	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
85547--85604	29	2.0	29	86	6	82	58	0	3	37	1.15
85566--85604	15	2.7	14	80	7	51	58	0	0	41	0.98
87281--87351	20	3.5	20	73	5	72	46	0	0	53	1.00
87288--87345	21	2.8	21	75	17	59	46	0	0	53	1.00
88810--89004	107	1.9	104	81	9	236	26	17	15	40	1.90
88810--89018	102	2.0	104	80	10	230	25	17	16	40	1.90
92481--92531	20	2.5	21	81	9	61	41	0	0	58	0.98
92514--92562	20	2.4	21	89	3	73	42	0	0	57	0.99
93010--93050	16	2.6	16	88	0	64	43	0	0	56	0.99
95473--95506	13	2.7	13	86	4	52	52	0	0	47	1.00
96118--96173	2	26.5	2	76	16	51	48	7	0	44	1.30
96075--96173	33	3.0	32	81	14	121	45	5	4	45	1.44
96119--96173	9	6.7	9	78	19	66	49	7	0	43	1.30
96623--96701	32	2.4	33	85	8	108	54	0	1	44	1.08
96628--96727	15	6.3	16	69	22	61	56	1	2	41	1.18
96693--96741	23	2.1	23	85	11	64	55	2	8	34	1.41
99018--99058	21	2.0	21	90	9	66	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100012--100047	11	3.3	11	88	0	54	27	2	0	69	1.02
100003--100047	22	2.0	22	87	8	65	28	2	0	68	1.01
100040--100142	33	3.1	31	76	16	93	45	0	2	51	1.16
100054--100139	32	2.9	28	70	17	75	46	0	3	50	1.18
100891--100935	23	2.0	22	82	4	54	35	6	2	55	1.38
101181--101234	2	27.5	2	96	3	101	48	0	0	51	1.00
101513--101547	13	2.8	12	83	8	52	57	0	0	42	0.99
102080--102143	30	2.1	30	100	0	128	39	26	6	28	1.80
102829--102903	29	2.6	29	81	10	82	48	0	0	52	1.00
102829--102901	28	2.6	28	81	10	80	46	0	0	53	1.00
102869--102931	21	3.1	20	76	13	58	49	0	0	50	1.00
103884--103929	12	3.6	12	78	16	56	39	13	4	43	1.63
108674--108698	12	2.1	12	100	0	50	24	28	32	16	1.96
110072--110126	13	4.3	13	75	13	60	47	0	0	52	1.00
110071--110135	25	2.5	26	85	7	80	47	1	1	49	1.20
110781--110856	40	1.9	40	83	5	100	51	2	6	39	1.42
111233--111262	15	1.9	16	93	6	53	60	0	3	36	1.14
110552--111382	417	2.0	417	95	0	1482	43	9	10	35	1.73
112870--112907	18	2.1	18	90	9	60	31	5	13	50	1.63
113576--113618	14	3.1	13	80	12	50	65	4	2	27	1.25
113657--113711	22	2.7	21	76	18	62	40	0	0	60	0.97
114550--114609	21	2.9	22	72	23	58	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114592--114622	10	3.1	10	90	0	53	45	0	0	54	0.99
114937--115046	47	2.4	47	82	10	120	49	0	0	50	1.00
114993--115034	11	3.8	12	81	15	54	57	0	0	42	0.99
114988--115034	22	2.1	23	88	4	69	55	0	0	44	0.99
114960--115059	47	2.2	46	79	13	109	54	0	0	46	1.00
115881--115944	22	3.0	21	84	6	67	37	0	0	62	0.95
116064--116105	17	2.3	19	92	8	70	57	4	0	38	1.20
116317--116358	16	2.5	17	80	3	50	35	0	0	64	0.94
118200--118271	28	2.7	26	81	12	67	45	0	0	54	0.99
120589--120622	15	2.2	16	89	5	52	29	0	0	70	0.87

Tables:   1   2