genome.fa.s1966.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1966
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  403291

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 285 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142094--142282	49	3.9	49	82	10	246	25	24	16	32	1.96
141975--142196	116	1.9	119	82	5	279	24	25	14	35	1.94
142100--142238	43	3.1	43	87	6	170	25	25	17	31	1.97
143085--143180	13	5.7	18	68	28	77	35	11	15	37	1.84
143089--143180	32	2.8	32	93	1	148	36	11	15	35	1.84
143197--143221	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
143230--143354	52	2.4	52	94	0	223	36	17	18	28	1.94
146911--146940	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
147601--147653	20	2.7	20	75	0	61	32	7	11	49	1.67
152018--152142	51	2.4	52	95	1	225	27	20	17	35	1.95
152151--152175	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
152223--152288	32	2.1	32	91	0	105	36	18	10	34	1.85
154764--154867	48	2.2	48	100	0	208	45	12	16	25	1.83
168350--168380	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
168380--168408	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
170682--170714	18	1.9	18	88	11	52	45	0	0	54	0.99
170768--170802	18	2.0	18	88	5	54	20	2	2	74	1.08
172647--172693	2	23.5	2	91	0	67	51	4	0	44	1.21
173429--173455	13	2.1	13	100	0	54	33	22	7	37	1.82
175268--175293	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
176300--176325	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
176282--176345	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178249--178303	23	2.3	23	78	9	58	52	3	1	41	1.29
178263--178304	12	3.6	12	75	18	52	52	2	0	45	1.13
178266--178328	23	3.2	18	80	15	54	50	1	0	47	1.10
178681--178712	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
179473--179515	21	2.0	21	90	0	68	30	11	6	51	1.65
181837--181896	12	4.8	13	78	17	56	73	3	21	1	1.07
181835--181884	25	2.0	26	84	11	68	76	4	18	2	1.04
182546--182878	58	5.6	58	76	10	248	25	10	13	50	1.73
182620--182865	126	2.0	125	82	7	302	25	9	13	51	1.70
182599--182873	126	2.2	125	80	8	301	25	9	13	52	1.70
182899--182959	29	2.1	29	84	0	77	21	9	21	47	1.79
182929--183150	58	3.7	57	77	11	212	27	9	17	45	1.79
182965--183151	65	3.0	63	77	11	190	28	9	16	45	1.79
182929--183150	123	1.8	123	88	2	338	27	9	17	45	1.79
185217--185271	20	2.8	19	86	8	74	32	14	16	36	1.89
187094--187135	20	2.1	20	100	0	84	30	28	11	28	1.92
189936--190609	28	23.9	28	84	5	482	28	31	14	25	1.95
189986--190609	85	7.4	84	83	3	452	29	32	14	24	1.95
190215--190609	113	3.5	111	83	6	470	31	31	15	21	1.95
190709--190828	49	2.6	46	80	10	127	21	25	19	33	1.97
193642--193878	97	2.4	97	84	1	296	27	27	13	31	1.94
198723--198747	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198700--198765	33	2.0	33	85	5	89	33	15	16	34	1.90
198839--198863	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
198819--198886	33	2.1	33	88	2	102	35	17	14	32	1.91
200463--200493	9	3.4	9	95	0	53	38	0	35	25	1.56
205038--205076	13	3.0	13	92	0	69	30	20	15	33	1.94
205208--205248	22	2.0	21	86	13	59	31	21	4	41	1.74
207473--207523	20	2.5	21	87	3	68	39	13	17	29	1.88
207438--207503	33	2.0	33	82	5	80	33	16	16	33	1.92
209891--209948	31	1.9	31	96	3	109	25	22	18	32	1.97
209900--209952	15	3.5	15	69	5	52	22	24	20	32	1.98
215560--215617	25	2.4	25	83	11	75	60	0	6	32	1.23
216703--216728	6	4.3	6	100	0	52	53	0	30	15	1.42
217058--217091	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
220455--220569	36	3.3	35	78	7	117	39	13	16	31	1.87
220451--220557	35	3.1	35	78	10	96	35	12	18	33	1.88
220953--220988	16	2.2	16	100	0	72	25	16	33	25	1.96
221188--221236	16	3.1	16	80	11	64	38	12	28	20	1.89
222669--222713	14	3.1	15	90	6	74	0	11	8	80	0.92
224338--224561	80	2.8	79	77	6	229	37	15	20	26	1.92
224521--224589	28	2.4	29	80	7	79	28	21	24	24	1.99
243022--243089	29	2.3	29	85	5	84	42	11	23	22	1.86
245960--245999	13	3.2	12	86	10	53	47	10	0	42	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246534--246566	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
246850--247180	165	2.0	164	92	0	554	31	27	16	24	1.96
253282--253321	16	2.5	15	84	11	53	50	0	0	50	1.00
254165--254252	43	2.0	45	80	12	103	46	1	2	50	1.21
255091--255138	19	2.6	19	83	9	55	45	4	4	45	1.41
260150--260199	19	2.6	19	87	3	73	52	2	6	40	1.38
260195--260237	16	2.6	16	85	3	50	60	0	2	37	1.10
260156--260241	17	4.8	17	77	11	66	56	0	3	39	1.16
276046--276116	11	6.4	11	77	16	67	84	11	2	1	0.79
276047--276121	12	5.9	12	74	14	62	84	10	2	2	0.83
276046--276093	1	48.0	1	82	0	51	89	10	0	0	0.48
276046--276092	10	4.7	10	84	10	69	89	10	0	0	0.49
277331--278138	28	28.0	28	82	5	819	29	29	16	24	1.97
277331--278138	143	5.6	141	82	6	942	29	29	16	24	1.97
279044--279101	20	2.9	20	89	5	82	32	13	13	39	1.85
282497--282521	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
283618--283667	17	3.0	16	81	16	57	54	4	0	42	1.19
283641--283719	34	2.3	37	76	14	96	54	0	0	45	0.99
283636--283742	17	6.7	17	71	12	59	58	0	0	41	0.98
283706--283764	11	5.2	11	78	17	59	71	1	0	27	0.96
283708--283757	24	2.0	25	88	11	77	70	2	0	28	0.99
283706--283764	23	2.6	22	82	17	68	71	1	0	27	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
283747--283805	27	2.2	28	82	11	79	61	6	3	28	1.38
285267--285315	24	2.0	24	92	4	80	69	0	0	30	0.89
285921--285967	12	3.6	13	88	8	53	34	2	2	61	1.20
285934--285967	12	2.8	12	95	4	59	35	0	2	61	1.11
286647--286838	91	2.1	92	84	0	242	41	8	17	32	1.79
291676--291717	19	2.2	20	86	4	59	66	0	0	33	0.92
291818--291908	31	3.1	31	81	16	131	53	0	0	46	1.00
291840--291894	26	2.3	22	80	20	58	56	0	0	43	0.99
291851--291907	26	2.3	25	88	8	82	54	0	0	45	0.99
293450--293492	16	2.7	16	74	0	50	13	20	30	34	1.92
293741--293780	18	2.2	18	86	8	55	52	0	2	45	1.14
294947--294991	16	2.8	16	83	6	56	22	13	11	53	1.71
296259--296301	20	2.2	20	83	8	52	48	4	6	39	1.51
296584--296648	30	2.2	30	85	0	85	30	30	36	1	1.67
296692--296722	6	5.2	6	92	0	53	45	16	38	0	1.47
296692--296725	12	2.8	12	90	0	59	44	14	41	0	1.45
302302--302332	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
303466--303496	14	2.1	15	94	5	55	70	9	0	19	1.14
309106--309140	2	17.5	2	87	0	52	45	0	5	48	1.26
309106--309137	14	2.3	14	100	0	64	43	0	6	50	1.27
309725--309759	9	3.9	9	84	0	52	0	11	54	34	1.37
311067--311114	23	2.0	24	84	11	64	41	2	0	56	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
313590--313618	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
313858--313899	17	2.4	17	84	11	50	42	0	0	57	0.99
321352--321505	42	3.6	42	73	6	139	38	12	24	23	1.90
321483--321741	61	4.3	60	83	8	311	26	20	26	26	1.99
321763--322066	55	5.4	55	86	7	394	25	20	25	27	1.99
321609--321891	150	1.8	152	88	5	428	25	20	27	26	1.99
321763--322066	118	2.7	111	85	8	423	25	20	25	27	1.99
321486--322014	268	1.9	272	86	6	757	27	20	27	25	1.99
321483--322137	323	2.0	326	86	6	925	26	19	27	25	1.99
323162--323199	10	3.9	10	86	6	60	0	0	21	78	0.74

Tables:   1   2   3