genome.fa.s1967.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1967
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  158123

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 147 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1953--1996	13	3.5	13	87	3	54	38	9	0	52	1.33
5482--5594	57	2.0	57	83	0	145	28	8	12	50	1.70
5758--5905	78	1.9	78	90	2	235	33	10	18	37	1.85
7754--7812	30	2.0	30	83	6	75	44	16	11	27	1.83
9983--10027	21	2.1	22	88	8	67	55	4	17	22	1.60
13940--13978	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
14100--14145	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
16527--16552	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
21329--21484	79	2.0	79	83	7	201	37	10	23	27	1.88
21895--21984	28	3.2	28	91	0	144	38	25	13	22	1.90
24210--25637	156	9.1	155	80	6	1265	37	21	18	22	1.94
24210--25608	310	4.5	309	79	6	1268	37	21	18	22	1.95
26941--26986	4	11.8	4	80	13	51	0	17	0	82	0.67
26944--26980	11	3.4	11	96	0	65	0	13	0	86	0.57
26937--26986	15	3.3	15	86	5	66	0	18	0	82	0.68
26936--26980	23	2.1	21	88	12	65	0	15	0	84	0.62
27626--28709	166	6.5	166	88	3	1479	50	9	12	27	1.70
27626--28709	333	3.3	330	88	4	1520	50	9	12	27	1.70
29955--30220	83	3.2	80	76	13	245	43	14	23	18	1.87
30442--30569	42	3.1	42	66	15	102	32	17	31	18	1.95
30307--30675	83	4.4	84	83	4	363	35	14	28	20	1.93
30301--30675	167	2.2	167	81	3	407	35	14	28	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30962--32057	85	12.9	85	72	9	612	32	18	27	21	1.97
30960--32057	42	25.8	42	74	7	580	32	18	27	21	1.97
31386--31796	169	2.4	170	82	7	489	34	18	25	21	1.96
31733--31822	44	2.1	43	85	2	117	38	18	23	18	1.93
31596--32073	257	1.9	255	82	7	601	33	18	26	21	1.96
30960--32074	127	8.8	126	73	10	644	32	18	27	21	1.97
32053--32098	22	2.1	22	91	0	74	43	8	28	19	1.80
32226--32357	42	3.1	42	79	4	149	31	21	27	20	1.98
33195--33221	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
41733--41799	33	2.0	33	88	5	100	32	19	13	34	1.91
41754--41779	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
41828--41883	19	2.9	19	91	2	94	35	14	19	30	1.91
42292--42377	42	2.0	42	88	4	129	36	18	29	16	1.93
42352--42990	43	14.9	43	84	1	645	36	18	28	15	1.92
43056--43201	42	3.5	42	74	1	141	35	20	31	12	1.90
43325--43481	44	3.6	44	68	5	129	40	15	22	22	1.91
43323--43489	88	1.9	88	86	2	237	40	14	22	22	1.91
43325--43508	88	2.1	87	82	6	219	39	15	24	20	1.91
45765--45790	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
45745--45808	32	2.0	33	87	9	96	28	17	15	39	1.90
50268--51718	156	9.3	155	77	7	920	38	20	17	23	1.93
53080--53597	152	3.2	165	81	10	651	51	8	11	27	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55979--56027	25	2.1	22	82	17	55	53	0	2	44	1.12
56338--56372	18	2.0	17	88	5	52	40	0	5	54	1.24
60258--60300	23	2.0	23	86	9	63	46	4	0	48	1.22
61341--61376	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
61856--61883	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
66131--66187	19	3.0	19	76	19	57	49	5	0	45	1.24
66683--66716	12	2.9	11	91	8	50	58	5	0	35	1.22
66789--66835	20	2.2	23	81	11	55	68	6	2	23	1.24
66904--66952	24	2.2	21	85	10	62	16	2	8	73	1.16
67231--67493	50	5.3	50	79	9	243	34	17	18	29	1.94
67231--67493	100	2.6	99	83	3	305	34	17	18	29	1.94
67491--67776	143	2.0	143	99	0	563	27	26	11	33	1.91
69523--70101	288	2.0	288	99	0	1140	29	20	14	35	1.92
72281--72418	50	2.8	49	92	2	222	34	21	15	28	1.93
72375--72457	40	2.1	40	86	0	112	37	25	12	25	1.90
72325--72493	90	1.9	90	87	2	250	35	21	15	27	1.93
72517--72561	22	2.0	23	91	4	74	31	2	0	66	1.04
72520--72569	22	2.3	22	82	6	57	36	2	0	62	1.07
72551--72589	12	3.3	12	85	7	53	35	0	0	64	0.94
73290--73331	16	2.7	16	85	3	59	50	0	2	47	1.14
76440--76511	15	4.8	15	74	5	65	34	1	2	61	1.19
76440--76514	30	2.5	30	84	4	89	36	1	2	60	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78714--78743	7	4.3	7	95	0	51	83	3	13	0	0.77
79142--79223	30	2.7	31	88	1	112	25	28	18	28	1.98
79177--79875	34	21.6	33	75	16	458	20	34	13	32	1.91
79172--79842	95	7.0	95	75	16	543	20	33	13	31	1.92
79200--79842	61	10.0	62	79	13	544	20	34	13	31	1.91
79358--79409	27	1.9	27	96	0	95	23	38	17	21	1.93
79388--79928	97	5.4	100	74	17	396	20	35	13	30	1.91
79172--79875	132	5.5	129	80	11	671	20	33	13	31	1.91
79713--79766	27	2.0	27	92	0	90	22	40	14	22	1.90
79741--79875	35	3.9	34	83	9	164	19	31	11	37	1.88
79739--79882	36	4.1	34	81	7	164	18	33	11	37	1.86
79746--79895	71	2.1	70	85	6	196	20	34	11	34	1.88
79880--79949	33	2.1	35	94	5	126	25	37	17	20	1.94
79949--80506	49	11.8	48	85	7	750	25	25	18	30	1.98
79944--80515	92	6.1	93	91	3	821	24	26	18	30	1.98
80228--80515	97	3.0	92	90	5	375	24	26	18	30	1.98
80416--80554	52	2.6	52	82	4	161	25	25	15	33	1.95
80520--80646	67	1.9	68	86	1	184	23	25	12	38	1.90
81368--81434	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
81388--81412	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
81475--81499	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
81508--81635	52	2.5	52	94	3	224	33	17	17	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87659--87757	51	1.9	51	91	4	164	42	8	18	31	1.79
87688--87915	79	2.9	79	86	2	316	38	10	21	29	1.86
87849--87966	51	2.3	51	89	2	175	36	7	23	32	1.83
87637--88016	209	1.8	209	84	4	516	38	10	20	30	1.87
87767--88016	130	1.9	129	82	4	306	38	9	20	30	1.85
95207--95243	6	6.3	6	96	3	67	35	13	16	35	1.88
97832--97860	6	4.8	6	100	0	58	51	0	0	48	1.00
98273--98298	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
97963--99055	387	2.8	382	79	10	1153	44	5	6	43	1.53
98757--99003	104	2.4	105	80	4	279	42	4	5	47	1.46
101445--101557	57	2.0	57	85	0	154	27	8	12	51	1.69
101720--101867	78	1.9	78	90	2	235	33	10	18	37	1.85
103731--103756	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
105940--105984	21	2.1	22	88	8	67	55	4	17	22	1.60
109899--109937	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
110059--110104	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
117653--117678	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
117717--117792	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
117738--117810	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
117717--117810	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
118396--118468	36	2.0	36	100	0	146	16	35	5	42	1.71
120289--120327	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120313--120391	20	3.7	20	70	20	70	45	16	12	25	1.82
122406--122436	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
126498--126523	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
126562--126637	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
126583--126655	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
126562--126655	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
127331--127486	79	2.0	79	83	7	201	37	10	23	27	1.88
127897--127958	28	2.2	28	91	0	97	40	25	12	20	1.89
130185--130823	158	4.0	157	82	6	688	37	21	18	22	1.94
132084--132129	4	11.8	4	80	13	51	0	17	0	82	0.67

Tables:   1   2