genome.fa.s2034.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2034
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85416

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1466--1524	21	2.6	21	84	10	73	33	1	32	32	1.68
2170--2207	20	1.9	20	94	0	67	44	15	10	28	1.80
2138--2210	33	2.2	32	85	4	92	38	16	13	31	1.88
2947--2991	20	2.2	20	84	0	54	35	15	15	33	1.89
6467--6621	58	2.7	59	79	3	161	27	12	27	31	1.93
6639--7012	32	12.2	32	82	6	270	23	16	28	31	1.96
6633--6782	33	4.7	32	80	4	106	23	18	25	32	1.97
6633--6919	96	3.0	96	81	5	320	22	18	28	30	1.97
6785--7061	28	9.4	28	82	8	202	23	16	31	28	1.97
6994--7106	30	3.9	29	73	5	93	25	15	31	26	1.96
7081--7187	30	3.6	29	79	8	90	30	16	28	24	1.97
7086--7210	60	2.1	60	83	3	153	30	16	28	24	1.97
7114--7210	30	3.2	30	83	0	95	29	16	28	24	1.97
10663--10740	20	3.8	19	80	11	84	44	11	12	30	1.78
15035--15375	79	4.3	79	81	5	359	31	13	26	28	1.93
15191--15246	28	1.9	30	92	7	98	30	17	26	25	1.97
18342--19271	45	21.7	40	69	17	382	39	12	27	20	1.88
18455--19275	45	18.8	43	76	10	658	39	12	27	20	1.88
18455--19271	134	6.2	132	81	7	843	39	12	27	20	1.88
19266--20224	61	15.6	61	83	5	1049	30	19	26	24	1.98
19266--20223	183	5.2	182	85	4	1158	30	19	26	24	1.98
26430--26576	79	1.9	79	83	11	194	31	14	27	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26513--26671	51	3.1	51	81	7	207	36	10	23	30	1.88
26618--26837	79	2.8	78	80	6	223	31	16	25	26	1.96
30453--30500	20	2.3	20	86	10	62	29	12	12	45	1.78
32893--33318	158	2.7	158	83	7	535	27	26	12	33	1.92
33250--33368	51	2.3	51	88	0	175	30	26	12	31	1.93
32894--33309	79	5.3	79	82	3	482	27	25	12	33	1.92
33189--33438	130	1.9	130	83	6	319	29	25	11	34	1.90
39196--39328	56	2.4	56	97	0	257	38	16	6	38	1.75
40849--40891	22	2.0	22	95	0	77	32	6	0	60	1.23
43553--43586	17	1.9	17	88	5	50	73	2	2	20	1.09
44657--44788	66	2.0	66	82	2	158	41	15	25	16	1.88
45034--45203	66	2.6	67	84	1	218	41	17	25	15	1.88
45034--45233	66	3.0	66	78	12	205	41	16	25	17	1.90
48875--49028	79	1.9	80	81	3	186	29	27	9	33	1.89
51111--51152	20	2.1	20	86	0	57	73	0	23	2	0.94
53343--53411	33	2.1	33	88	0	102	34	15	13	36	1.87
53365--53395	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
53440--53553	19	5.7	19	81	7	120	35	20	16	28	1.94
53440--53534	40	2.4	40	100	0	190	33	20	16	29	1.95
53956--54193	97	2.5	97	88	2	361	27	29	12	31	1.92
56037--56241	35	5.7	35	85	5	284	22	32	11	34	1.89
56037--56243	73	2.8	73	92	0	362	22	32	11	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56224--56260	19	1.9	19	100	0	74	21	48	16	13	1.80
56189--56357	54	3.0	54	74	20	157	20	37	13	27	1.91
56269--56328	27	2.2	27	87	0	84	18	38	15	28	1.91
56243--56497	33	7.7	33	80	12	265	19	35	12	32	1.89
56499--56638	34	4.5	31	88	7	180	29	38	17	14	1.89
56631--56999	49	7.7	49	82	9	438	24	25	18	31	1.97
56729--56999	92	2.9	92	95	1	470	25	24	18	32	1.97
56913--57295	55	6.7	55	73	14	280	24	23	14	36	1.93
56913--57306	170	2.3	171	95	2	709	24	24	14	36	1.93
58125--58149	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
58215--58239	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
58228--58368	52	2.7	51	89	4	219	33	17	17	31	1.94
66535--66768	35	7.1	31	80	13	177	22	31	13	32	1.93
66531--66673	30	4.6	31	89	4	200	23	28	16	30	1.96
66619--66854	35	6.7	35	85	6	300	22	32	11	33	1.90
66650--66856	73	2.8	73	93	0	371	22	32	11	33	1.89
66837--66873	19	1.9	19	100	0	74	21	48	16	13	1.80
66802--66970	54	3.0	54	74	20	157	20	37	13	27	1.91
66882--66941	27	2.2	27	87	0	84	18	38	15	28	1.91
66856--67110	33	7.7	33	80	12	274	19	35	12	32	1.89
67112--67251	34	4.5	31	88	7	180	29	38	17	14	1.89
67244--67612	49	7.7	49	82	9	438	24	25	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67342--67612	92	2.9	92	95	1	470	25	24	18	32	1.97
67526--67908	55	6.7	55	73	14	280	24	23	14	36	1.93
67526--67919	170	2.3	171	95	2	709	24	24	14	36	1.93
68738--68762	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
68828--68852	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
68841--68981	52	2.7	51	89	4	219	33	17	17	31	1.94
77159--77298	30	4.6	31	89	4	196	23	29	17	30	1.97
77244--77477	35	6.7	35	84	7	282	22	32	11	32	1.91
77275--77479	72	2.8	73	91	2	353	22	33	11	33	1.89
77460--77496	19	1.9	19	100	0	74	21	48	16	13	1.80
77505--77564	27	2.2	27	87	0	84	18	38	15	28	1.91
77479--77733	33	7.7	33	80	12	274	19	35	12	32	1.89
77735--77874	34	4.5	31	88	7	180	29	38	17	14	1.89
77867--78235	49	7.7	49	82	9	438	24	25	18	31	1.97
77965--78235	92	2.9	92	95	1	470	25	24	18	32	1.97
78149--78527	55	6.6	55	73	14	272	24	24	14	36	1.93
78149--78540	170	2.3	171	94	3	691	24	24	14	36	1.93
79357--79381	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
79448--79472	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
79461--79601	52	2.7	51	89	4	219	33	17	17	31	1.94

Tables:   1

The End!