genome.fa.s2077.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2077
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  194399

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4873--4923	20	2.5	20	87	0	75	43	9	13	33	1.77
4961--5097	52	2.7	50	84	5	170	28	15	12	43	1.83
7553--7604	27	2.0	26	84	3	68	28	28	11	30	1.92
13009--13082	36	2.0	37	86	2	105	36	4	5	54	1.43
14426--14458	7	5.0	7	92	7	52	84	0	15	0	0.61
14430--14464	6	5.8	6	87	12	54	85	0	14	0	0.59
15017--15054	18	2.1	18	85	14	51	57	0	7	34	1.28
16100--16270	51	3.3	51	79	4	198	32	11	26	29	1.92
16253--16328	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
18789--18814	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
18768--18834	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
18854--18921	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
18876--18900	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
18857--18919	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
18977--19033	21	2.7	21	97	0	105	38	19	10	31	1.86
19044--19071	14	2.0	14	100	0	56	21	7	0	71	1.09
19653--20501	55	15.3	55	88	5	1122	21	21	28	28	1.99
20009--20094	27	3.1	27	60	3	64	29	22	23	25	1.99
20204--20287	26	3.1	26	65	15	62	17	19	35	27	1.94
21466--21519	15	3.4	16	89	7	83	0	12	1	85	0.69
21466--21506	14	2.9	14	88	3	55	0	12	0	87	0.53
22578--22634	21	2.7	21	97	0	105	38	19	10	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22647--22676	15	2.0	15	100	0	60	20	6	0	73	1.05
24619--25408	393	2.0	394	91	0	1276	36	12	16	34	1.86
25493--25544	24	2.1	26	85	7	72	75	1	19	3	1.06
26329--26566	57	4.2	56	75	10	189	28	10	11	50	1.71
27150--27217	36	1.9	35	82	8	84	63	1	2	32	1.18
27727--27771	18	2.6	18	82	3	56	77	0	20	2	0.87
27745--27774	14	2.1	14	93	0	51	83	0	16	0	0.65
27886--27917	16	2.0	16	93	0	55	81	0	3	15	0.82
37594--37647	18	2.9	18	78	10	56	59	1	9	29	1.39
39582--39620	14	2.6	16	80	19	57	51	12	5	30	1.62
39575--39621	15	3.1	16	82	14	64	51	12	4	31	1.59
39586--39895	157	2.0	157	86	5	439	42	11	14	31	1.81
39908--39949	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
49248--49287	20	2.0	20	85	5	53	72	2	0	25	0.97
49217--49361	73	2.0	72	94	4	256	57	6	1	34	1.34
49336--49390	18	2.9	18	76	10	56	61	0	3	34	1.13
50854--51036	34	5.4	34	86	0	251	26	7	26	39	1.83
55451--55635	34	5.5	34	88	0	264	25	7	26	40	1.82
58812--58860	15	3.4	15	78	16	50	46	0	4	48	1.20
58846--58884	20	2.0	20	84	0	51	48	2	5	43	1.38
59068--59284	43	4.9	43	67	16	138	45	8	3	42	1.50
59065--59320	135	1.9	131	90	5	377	46	8	3	42	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59448--59613	54	3.1	53	92	3	278	51	6	3	37	1.45
59497--59850	121	3.1	115	73	19	342	50	5	3	40	1.43
59547--59710	67	2.5	65	84	7	217	50	7	3	39	1.48
59675--59841	52	3.3	52	85	8	195	51	4	2	41	1.34
59387--59850	228	2.0	234	88	4	690	50	6	3	39	1.46
60018--60044	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
61275--61356	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
61339--61509	51	3.3	51	77	4	189	33	11	26	29	1.91
61492--61567	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
64037--64062	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
64016--64082	33	2.0	33	88	0	98	43	14	14	26	1.85
64102--64169	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
64124--64148	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
64105--64167	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
64225--64281	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
64287--64324	14	2.7	14	100	0	76	10	5	0	84	0.77
69031--69106	38	2.0	38	92	0	125	35	15	22	26	1.94
71685--71741	28	1.9	31	86	10	84	54	1	1	42	1.21
76547--76573	14	1.9	14	100	0	54	62	0	0	37	0.95
76853--76879	14	1.9	14	100	0	54	55	14	0	29	1.40
77461--77505	22	2.0	22	82	0	54	33	15	4	46	1.66
79378--79444	29	2.3	28	82	10	73	50	0	2	46	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82758--82786	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
83335--83427	38	2.5	35	79	13	89	46	0	1	52	1.07
83354--83435	14	5.6	14	74	11	60	47	0	1	51	1.08
83335--83450	11	10.5	11	69	20	66	44	0	0	53	1.12
83348--83447	19	5.3	19	72	21	77	47	1	1	51	1.14
83354--83456	17	6.3	17	70	23	62	44	0	0	53	1.13
87023--87064	20	2.1	20	100	0	84	35	4	0	59	1.19
87401--87449	25	2.0	25	87	0	71	24	4	6	65	1.33
87863--87895	16	2.0	17	94	5	59	42	0	0	57	0.98
88004--88050	24	2.0	24	84	12	62	55	0	4	40	1.19
88300--88345	2	23.5	2	95	4	85	50	0	0	50	1.00
90147--90197	24	2.1	25	82	7	61	45	0	1	52	1.12
90139--90208	25	2.8	25	75	16	63	47	0	1	51	1.09
98757--98805	25	2.0	25	87	0	71	48	8	0	42	1.32
104288--104807	284	1.8	284	80	4	636	38	15	15	31	1.88
105352--105439	31	2.8	31	74	3	79	42	14	7	35	1.75
118805--118924	6	20.5	6	78	14	110	80	16	1	1	0.89
118805--118923	40	2.9	39	82	14	136	79	16	1	1	0.89
120477--120616	65	2.2	65	82	1	174	29	30	18	22	1.97
120477--120627	32	4.7	32	79	6	144	27	29	20	22	1.99
120849--120995	52	2.8	52	80	4	163	25	21	14	38	1.91
126173--126209	17	2.2	17	100	0	74	13	16	18	51	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126569--126628	16	3.5	17	75	18	52	71	0	1	26	0.95
126571--126611	19	2.2	19	91	8	66	68	0	2	29	1.03
126694--126728	5	7.0	5	96	0	61	22	20	17	40	1.92
126863--126912	19	2.7	18	87	6	73	20	20	12	48	1.80
127166--127204	16	2.4	16	91	0	60	41	20	23	15	1.90
127470--127614	30	4.9	30	83	1	175	41	31	18	8	1.80
127475--127614	59	2.3	60	88	1	201	40	32	18	8	1.81
127469--127675	89	2.3	91	82	6	244	42	31	18	7	1.79
132958--133016	22	2.8	20	82	9	73	44	8	15	32	1.76
132958--133016	20	2.9	22	85	9	72	44	8	15	32	1.76
133828--134121	28	10.5	27	80	7	311	23	16	30	29	1.96
133828--134120	84	3.5	85	83	6	373	22	16	30	30	1.96
135369--135449	1	81.0	1	70	0	54	2	1	11	85	0.76
135369--135449	13	6.2	13	82	16	87	2	1	11	85	0.76
135369--135450	10	8.7	9	80	12	85	2	1	12	84	0.79
135375--135449	18	4.3	16	77	15	78	2	1	10	85	0.76
146606--146734	52	2.5	52	98	0	249	27	18	18	34	1.95
146743--146767	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
146810--146907	19	5.8	18	69	28	81	37	17	11	33	1.85
146805--146905	32	3.1	32	94	1	175	36	17	10	34	1.85
146829--146885	13	3.9	13	72	24	51	35	17	12	35	1.87
149950--149977	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149930--149995	33	2.0	33	85	5	89	30	13	13	42	1.83
150820--150873	20	2.7	20	94	0	90	31	18	7	42	1.78
150888--150941	20	2.7	20	97	0	99	38	11	12	37	1.79
150806--150941	71	1.9	70	85	8	186	31	16	11	41	1.83
151638--151714	37	2.1	37	97	0	145	16	18	9	55	1.66
162667--162696	15	1.9	16	93	6	53	10	30	33	26	1.89
164932--164986	8	7.1	8	75	8	60	81	12	3	1	0.89
164932--164986	23	2.4	22	82	8	65	81	12	3	1	0.89
164933--164962	15	2.0	15	100	0	60	86	13	0	0	0.57
166206--166651	57	7.7	57	85	5	583	30	30	15	22	1.95

Tables:   1   2