genome.fa.s210.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold210
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  317021

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 243 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2839--2891	22	2.6	21	85	8	65	39	9	1	49	1.46
3037--3073	19	2.0	19	89	5	58	67	0	0	32	0.91
3068--3110	16	2.8	14	83	16	50	55	0	0	44	0.99
6576--6632	25	2.1	25	84	12	69	50	0	0	49	1.00
6964--7270	92	3.4	91	87	4	426	27	19	15	37	1.92
11044--11094	27	1.9	26	88	4	75	45	0	1	52	1.12
31334--31422	1	89.0	1	77	0	70	86	5	7	0	0.70
31348--31409	16	3.8	16	80	4	79	85	4	9	0	0.73
31335--31422	33	2.7	33	94	5	153	86	5	7	0	0.71
31334--31420	27	3.2	26	88	9	113	86	5	8	0	0.71
52322--52353	15	2.0	17	88	11	50	31	0	6	62	1.20
52392--52428	17	2.1	18	90	5	58	35	0	0	64	0.94
54887--54940	16	3.7	15	71	19	51	44	0	1	53	1.11
55225--55285	24	2.6	24	87	7	90	36	3	11	49	1.55
55465--55518	23	2.2	25	83	6	67	44	0	3	51	1.19
55477--55535	23	2.5	24	79	15	61	42	0	1	55	1.09
56224--56276	24	2.2	25	83	10	65	41	0	3	54	1.18
57878--57921	23	1.9	23	95	0	79	36	15	18	29	1.92
58444--58477	18	1.9	17	94	5	59	70	0	11	17	1.16
59211--59260	6	9.0	6	79	16	54	38	0	2	60	1.09
59207--59247	21	1.9	22	90	5	66	34	0	4	60	1.18
63659--63720	5	13.0	5	75	13	51	33	0	1	64	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63659--63720	8	7.0	9	76	16	51	33	0	1	64	1.03
63660--63720	14	4.7	13	78	12	63	32	0	1	65	1.02
66587--66633	16	2.8	16	82	17	60	46	2	0	51	1.13
66736--66769	16	2.2	16	94	5	61	38	0	5	55	1.24
68924--68981	13	4.0	15	82	17	70	65	0	0	34	0.93
68926--69087	5	34.4	5	64	21	57	59	0	0	39	1.02
68918--69008	27	3.3	27	77	16	89	61	0	0	38	0.96
68935--69087	57	2.7	57	75	13	158	60	0	0	39	1.02
68967--69043	32	2.4	32	83	14	104	54	0	0	45	0.99
68983--69046	17	3.9	16	73	13	51	48	0	0	51	1.00
69012--69066	25	2.2	24	87	3	74	52	0	0	47	1.00
70398--70439	16	2.7	16	81	3	50	50	0	2	47	1.14
70447--70504	29	2.1	29	81	12	70	58	0	0	41	0.98
70749--70816	25	2.8	24	75	4	64	60	1	4	33	1.26
74034--74841	210	3.8	210	94	0	1251	30	18	21	29	1.97
76882--76906	11	2.3	11	100	0	50	52	0	0	48	1.00
77072--77112	2	21.0	2	95	5	75	48	0	0	51	1.00
78188--78215	8	3.5	8	100	0	56	89	0	0	10	0.49
78733--78796	27	2.4	27	89	2	103	28	7	17	46	1.75
83183--83243	27	2.3	27	97	0	113	18	6	24	50	1.70
83198--83255	27	2.1	27	87	0	80	24	5	25	44	1.74
85918--85948	16	1.9	16	100	0	62	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85940--86006	26	2.5	26	83	11	75	61	1	0	37	1.05
90840--90949	32	3.4	32	74	8	98	37	2	4	55	1.35
91195--91239	23	1.9	24	90	4	74	66	0	0	33	0.92
91172--91240	15	4.6	15	73	10	61	63	1	0	34	1.03
103315--103497	34	5.4	34	88	0	260	25	7	26	39	1.83
103800--103862	19	3.3	19	90	0	90	28	17	19	34	1.94
107928--108112	34	5.5	34	88	0	264	25	7	26	40	1.82
109412--109511	32	3.1	32	84	4	130	34	2	7	57	1.37
111337--111435	27	3.7	27	90	0	144	46	22	6	25	1.74
115960--116028	27	2.6	27	88	0	102	46	23	5	24	1.74
118417--118467	23	2.2	23	86	6	68	47	13	13	25	1.80
118346--118482	69	2.0	68	92	1	229	44	12	18	24	1.84
119918--119996	32	2.5	32	83	4	106	35	3	8	51	1.51
120179--120226	24	1.9	24	83	8	60	66	6	4	22	1.32
120265--120320	16	3.3	17	80	12	62	64	1	0	33	1.04
120283--120320	18	2.1	19	90	5	60	63	2	0	34	1.09
121084--121146	27	2.3	28	80	5	83	22	11	17	49	1.78
121241--121273	13	2.5	13	95	0	57	18	45	6	30	1.73
123725--123770	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
130121--130148	12	2.3	12	100	0	56	25	50	7	17	1.72
132231--132255	13	1.9	13	100	0	50	32	8	12	48	1.69
136101--136149	24	2.0	24	96	0	89	30	8	12	48	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136816--136910	48	2.0	48	97	0	181	42	10	6	41	1.65
137764--139429	210	7.9	209	89	1	2505	30	16	21	31	1.96
141036--141065	13	2.3	13	94	0	51	46	3	0	50	1.18
141073--141131	27	2.1	27	81	3	64	55	1	0	42	1.09
141563--141601	12	3.2	12	92	0	51	38	2	10	48	1.51
141567--141605	16	2.4	16	91	0	60	41	2	7	48	1.45
142086--142138	16	3.2	17	71	10	56	45	0	0	54	0.99
142081--142315	32	7.3	32	79	1	211	40	4	5	48	1.48
142081--142325	64	3.8	64	80	2	249	40	4	6	48	1.50
142072--142315	96	2.5	96	78	1	247	40	4	6	48	1.48
142303--142340	19	2.0	19	94	0	67	34	0	18	47	1.49
142268--142375	51	2.1	51	89	0	162	36	2	12	49	1.55
142304--142400	19	5.8	18	68	21	59	35	2	13	49	1.54
142241--142400	83	1.9	83	84	0	212	36	3	10	48	1.56
142322--142400	32	2.5	32	89	0	113	35	2	11	50	1.52
142419--142455	18	2.1	19	90	10	60	27	5	5	62	1.39
145430--145492	5	13.2	5	74	15	62	38	1	0	60	1.07
145430--145492	9	6.6	10	74	17	62	38	1	0	60	1.07
149276--149301	7	3.7	7	100	0	52	30	0	0	69	0.89
149433--149770	171	2.0	172	88	0	507	26	13	16	42	1.86
150515--150585	27	2.6	27	86	0	97	25	8	19	46	1.78
150672--150718	13	3.6	13	82	0	67	19	44	8	27	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155104--155176	27	2.7	27	89	0	110	24	8	20	46	1.78
155109--155207	27	3.9	24	72	16	83	24	8	22	45	1.79
155264--155319	26	2.2	25	81	12	60	17	35	7	39	1.78
155973--156288	120	2.7	119	89	3	442	28	13	6	50	1.67
156359--156645	115	2.5	111	79	7	283	31	12	5	50	1.62
156560--156744	94	2.0	94	88	3	275	27	12	8	51	1.68
156882--156931	13	3.7	13	74	10	55	14	12	2	72	1.22
156757--157058	156	1.9	156	81	1	363	24	13	5	57	1.57
156654--157578	397	2.3	400	80	9	964	26	13	5	54	1.59
156979--157290	121	2.6	121	83	4	371	29	13	5	50	1.64
157371--157595	112	2.0	108	80	6	247	29	10	4	55	1.54
157618--157653	17	2.1	17	100	0	72	50	11	5	33	1.61
157635--157920	113	2.5	116	82	4	319	33	8	3	54	1.47
158643--158710	17	3.9	17	81	13	68	45	1	0	52	1.09
159902--159949	19	2.5	20	80	10	55	56	0	0	43	0.99
160350--160421	35	2.1	35	97	0	135	29	13	16	40	1.87
161707--161748	16	2.6	16	84	3	57	59	0	0	40	0.97
161688--161771	40	2.1	41	80	10	93	57	1	1	40	1.14
164465--164539	13	5.7	13	78	9	71	50	0	0	49	1.00
164465--164542	25	2.9	26	79	12	79	51	0	0	48	1.00
164490--164524	17	2.0	18	88	5	54	48	0	0	51	1.00
164527--164563	19	1.9	19	88	0	56	64	0	2	32	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164802--164869	25	2.8	24	75	4	64	60	1	4	33	1.26
168285--168354	24	2.8	25	79	16	81	44	24	11	20	1.84
168287--168383	27	3.7	27	82	4	101	45	23	9	21	1.81
168371--168428	26	2.3	25	88	5	82	25	13	25	34	1.93
172883--172958	24	2.9	26	76	13	75	50	22	7	19	1.73
172909--172983	27	2.8	27	85	0	87	46	20	9	24	1.79
173118--173516	210	1.9	210	88	2	604	31	17	21	29	1.96
174437--174498	20	3.1	20	90	0	88	38	4	45	11	1.61
179000--179061	20	3.1	20	90	0	88	38	4	45	11	1.61
182320--182376	13	4.4	13	81	0	69	33	5	40	21	1.75

Tables:   1   2   3