genome.fa.s210.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold210
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  317021

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 243 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182461--182533	27	2.7	27	85	4	94	47	19	6	26	1.74
182432--182533	27	3.9	26	77	8	93	47	21	6	24	1.75
184411--184456	21	2.1	22	84	4	58	19	30	19	30	1.97
186946--187045	27	3.7	27	83	2	121	46	21	6	27	1.74
189370--189506	69	2.0	68	92	1	229	45	12	16	25	1.83
190236--190280	24	2.0	24	82	8	58	40	2	2	55	1.24
190965--191014	16	3.1	16	70	30	52	34	4	8	54	1.49
190956--191048	32	2.9	32	86	1	132	35	6	7	50	1.56
190984--191048	19	3.8	19	67	24	54	35	6	9	49	1.60
191270--191325	17	3.4	17	78	21	50	58	0	0	41	0.98
191271--191321	26	1.9	28	84	11	72	56	0	0	43	0.99
191270--191347	16	4.8	16	72	19	54	58	0	0	41	0.98
191320--191357	18	2.1	19	90	5	60	63	2	0	34	1.09
194144--194186	18	2.4	18	80	11	52	62	0	0	37	0.95
197439--197466	12	2.3	12	100	0	56	25	50	7	17	1.72
199549--199573	13	1.9	13	100	0	50	32	8	12	48	1.69
203419--203467	24	2.0	24	96	0	89	30	8	12	48	1.69
204134--204228	48	2.0	48	97	0	181	42	10	6	41	1.65
205082--206750	210	8.0	209	90	1	2570	30	16	21	30	1.96
208348--208377	13	2.3	13	94	0	51	46	3	0	50	1.18
208386--208444	27	2.1	27	81	3	64	55	0	0	44	0.99
209008--209261	32	7.9	32	78	1	222	39	3	7	49	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209017--209261	64	3.8	64	84	2	276	39	3	7	49	1.48
209017--209261	128	1.9	127	83	3	312	39	3	7	49	1.48
209204--209311	51	2.1	51	89	0	162	36	3	12	48	1.58
209175--209336	83	2.0	83	83	0	207	36	4	10	48	1.57
209239--209276	19	2.0	19	94	0	67	34	0	18	47	1.49
209240--209336	19	5.8	18	67	21	59	35	3	13	48	1.58
209258--209338	32	2.5	32	89	0	117	35	4	11	48	1.60
209355--209391	18	2.1	19	90	10	60	24	5	8	62	1.44
212287--212323	19	2.0	18	89	5	56	51	0	2	45	1.15
213883--213924	13	3.2	13	83	6	50	35	7	33	23	1.82
213888--213929	13	3.2	13	93	0	66	33	7	33	26	1.83
214026--214096	26	2.7	27	86	4	108	49	21	7	22	1.73
218583--218652	24	2.8	24	72	14	61	45	21	10	22	1.81
218585--218686	27	3.9	27	79	3	93	46	22	7	23	1.78
221249--221279	16	1.9	16	93	0	53	32	0	0	67	0.91
222267--222296	15	2.0	15	93	0	51	6	30	0	63	1.20
222975--223040	25	2.6	25	76	13	64	50	0	1	48	1.10
226919--226976	13	4.0	15	82	17	70	65	0	0	34	0.93
226921--226975	5	11.4	5	76	21	55	65	0	0	34	0.93
226913--227003	27	3.3	27	77	16	89	61	0	0	38	0.96
226966--227059	27	3.4	25	69	23	64	53	1	0	45	1.07
226935--227066	57	2.3	56	80	13	146	57	0	0	41	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226935--227034	32	3.4	32	76	21	94	58	0	0	42	0.98
228405--228443	13	3.2	13	85	7	55	56	2	0	41	1.13
230307--230359	27	2.0	26	85	3	70	43	7	16	32	1.76
230689--230724	11	3.3	11	88	0	54	2	2	5	88	0.67
231978--232579	210	2.9	209	88	1	884	31	18	20	29	1.97
234764--234798	18	2.1	18	89	10	56	57	0	0	42	0.99
237891--237915	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
237924--238044	52	2.3	52	94	0	215	34	18	17	29	1.94
244350--244416	35	2.1	32	84	15	86	7	7	25	59	1.51
244929--244985	28	2.0	28	100	0	114	40	10	14	35	1.80
259584--259618	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
260128--260161	14	2.5	13	90	4	50	41	2	0	55	1.15
262562--262608	18	2.8	17	80	6	51	57	4	0	38	1.18
262710--262753	19	2.5	17	82	13	54	43	2	2	52	1.26
262819--262843	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
263708--263761	28	1.9	28	85	7	74	53	3	3	38	1.36
263779--263813	17	2.1	17	88	0	52	54	5	0	40	1.24
263751--263820	30	2.3	31	80	5	79	54	2	1	41	1.24
265031--265240	2	110.0	2	67	10	73	50	0	3	44	1.26
265029--265100	13	5.9	12	75	14	67	56	0	1	41	1.07
265044--265134	17	5.6	16	74	15	71	54	0	1	43	1.07
266763--266796	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271188--271221	8	4.4	8	88	7	52	73	0	0	26	0.83
271188--271221	15	2.2	15	89	5	50	73	0	0	26	0.83
271291--271337	24	2.0	24	87	8	69	8	8	2	80	0.97
271525--271552	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
272123--272152	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
272820--272868	24	2.0	24	84	7	64	63	0	2	34	1.06
273784--273839	5	12.0	5	82	17	68	78	0	0	21	0.75
273787--273840	4	13.0	4	80	20	58	77	0	0	22	0.76
273784--273840	9	6.2	9	84	11	80	77	0	0	22	0.77
273786--273839	23	2.3	23	87	9	83	79	0	0	20	0.73
273773--273835	28	2.3	27	89	10	92	77	0	0	22	0.76
273771--273840	18	3.8	18	80	14	81	75	0	0	24	0.80
273771--273838	15	4.2	17	77	19	74	76	0	0	23	0.79
273843--273926	17	4.7	19	70	22	67	58	0	0	41	0.98
273834--273883	14	3.3	15	74	20	50	58	0	0	42	0.98
273827--273902	32	2.3	34	82	13	95	57	0	0	42	0.98
274058--274136	35	2.2	36	76	14	85	46	0	1	51	1.08
274137--274177	21	2.0	21	85	0	55	43	2	0	53	1.13
274537--274575	12	3.2	12	79	13	53	35	2	2	58	1.25
274580--274676	22	4.8	20	70	22	71	47	1	1	50	1.14
279245--279333	43	2.1	43	97	0	169	17	23	17	40	1.91
281291--281332	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284079--284108	6	5.2	6	92	8	53	46	0	0	53	1.00
284133--284178	18	2.5	20	83	16	64	54	0	0	45	0.99
284133--284169	19	1.9	18	89	10	56	51	0	0	48	1.00
284175--284249	27	2.8	27	72	7	64	61	0	0	38	0.96
284239--284314	20	3.8	19	71	20	66	51	1	0	47	1.09
296973--297013	18	2.3	18	87	8	57	51	0	0	48	1.00
297268--297311	11	4.1	11	82	5	63	40	0	0	59	0.98
297267--297333	21	3.1	21	80	8	73	41	0	1	56	1.08
297276--297333	16	3.9	16	69	26	56	39	0	1	58	1.08
297268--297364	27	3.6	27	73	15	94	42	0	2	55	1.11
297320--297370	16	3.1	16	76	23	61	45	0	1	52	1.12
297382--297426	18	2.5	17	92	7	72	35	0	0	64	0.94
297923--297997	5	16.2	5	74	18	56	57	0	2	40	1.13
297922--298016	14	6.6	14	72	12	68	57	0	2	40	1.10
297922--298016	24	3.9	24	74	20	67	57	0	2	40	1.10
297933--298019	42	2.1	41	82	8	104	56	0	1	42	1.07
299433--299475	20	2.2	20	86	0	59	32	9	11	46	1.72
302725--302790	25	2.8	24	71	15	73	24	13	33	28	1.93
303524--303549	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
304280--304370	38	2.4	38	88	3	139	36	6	15	41	1.73
304333--304475	76	1.9	76	80	2	171	33	11	13	41	1.81
306577--306612	18	1.9	18	88	5	54	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
307580--307625	17	2.8	17	86	3	67	58	0	0	41	0.98
308190--308291	23	4.5	24	71	18	83	45	0	1	52	1.12
308177--308291	47	2.6	45	83	8	137	42	0	1	55	1.10
308211--308300	25	3.7	25	77	10	105	44	0	1	54	1.07
308211--308305	23	4.0	22	72	13	73	45	0	1	53	1.07
309352--309400	23	2.1	23	85	7	64	44	2	4	48	1.33
309618--309668	26	2.0	25	88	3	75	47	3	0	49	1.20
309637--309675	20	2.1	19	90	9	62	51	2	0	46	1.14
309777--309829	12	4.5	12	76	21	58	45	0	0	54	0.99
309776--309832	24	2.3	25	80	14	64	47	0	0	52	1.00

Tables:   1   2   3