genome.fa.s2101.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2101
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  301709

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3166--3211	20	2.2	20	84	3	56	43	6	15	34	1.72
3173--3219	20	2.3	20	92	3	76	42	10	14	31	1.80
5734--5944	97	2.2	97	87	0	298	27	24	11	36	1.90
7185--7258	21	3.6	21	83	7	71	40	10	14	33	1.81
7185--7238	20	2.7	20	91	2	81	40	11	14	33	1.82
10111--10141	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
10129--10184	22	2.5	22	100	0	112	26	25	12	35	1.91
10625--10691	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
11785--11826	21	2.0	21	85	0	57	42	4	28	23	1.74
16857--16881	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
16924--17021	19	5.8	18	69	28	81	36	18	12	32	1.88
16919--17019	32	3.1	32	94	1	175	35	18	11	33	1.88
16943--16999	13	3.9	13	72	24	51	33	19	14	33	1.91
17057--17098	21	2.0	21	95	0	75	35	14	16	33	1.89
18079--18218	70	2.0	70	97	0	262	35	5	28	30	1.80
19191--19221	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
19290--19332	22	2.0	22	100	0	86	27	23	13	34	1.93
19773--19839	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
26405--26457	20	2.7	20	91	2	90	39	16	11	32	1.85
30638--30764	52	2.4	52	94	0	236	29	18	17	35	1.93
30775--30799	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
31872--31961	47	1.9	47	95	0	162	44	15	6	33	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32139--32181	22	1.9	23	85	4	61	44	18	6	30	1.76
34473--34511	20	2.0	20	94	0	69	35	10	20	33	1.86
34577--34614	20	1.9	20	94	0	67	36	18	10	34	1.85
34664--34716	20	2.7	20	100	0	106	26	15	11	47	1.79
38143--38209	27	2.4	28	80	7	75	47	13	5	32	1.67
39735--39784	24	2.0	24	85	11	66	52	2	0	46	1.12
39784--39817	17	2.0	17	88	0	50	58	11	0	29	1.33
41072--41110	20	2.0	20	85	10	53	51	5	0	43	1.24
43390--43418	13	2.2	13	100	0	58	51	0	0	48	1.00
45261--45325	31	2.1	29	81	10	76	47	0	0	52	1.00
52559--52583	12	2.1	12	100	0	50	52	8	16	24	1.70
54188--54243	22	2.5	23	97	2	105	62	8	10	17	1.52
55151--55225	20	3.8	20	78	3	71	41	10	12	36	1.77
55148--55225	40	2.0	39	82	2	93	41	11	11	35	1.78
55760--56577	32	25.6	32	96	0	1422	14	18	35	31	1.91
56560--57053	27	18.0	27	90	3	765	26	14	35	23	1.94
56560--57053	82	6.0	81	90	3	765	26	14	35	23	1.94
56560--57053	110	4.5	110	90	4	786	26	14	35	23	1.94
62934--62958	12	2.1	12	100	0	50	52	8	16	24	1.70
64563--64618	22	2.5	23	97	2	105	62	8	10	17	1.52
65528--65602	20	3.8	20	78	3	71	41	10	12	36	1.77
65525--65602	40	2.0	39	82	2	93	41	11	11	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68120--68149	15	2.1	15	93	6	53	63	0	6	30	1.20
68981--69018	16	2.3	17	86	4	51	60	2	7	28	1.38
70005--70053	2	25.0	2	95	4	91	51	0	0	48	1.00
70303--70352	22	2.3	23	83	13	70	44	0	2	54	1.11
70307--70348	21	2.0	22	90	4	68	42	0	2	54	1.13
76490--76541	3	17.3	3	95	0	95	32	32	1	32	1.69
77140--77198	29	2.0	29	83	6	75	47	1	3	47	1.29
77413--77596	90	2.0	91	90	3	291	36	5	5	52	1.49
77924--77948	10	2.5	10	100	0	50	20	0	0	80	0.72
79342--79407	33	2.0	32	91	2	105	51	0	6	42	1.26
80448--80696	85	2.9	85	82	4	281	40	7	18	33	1.79
81107--81150	22	2.0	22	90	0	70	34	2	6	56	1.38
85765--85885	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
85765--85905	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
85894--85918	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
85984--86008	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
85962--86028	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
88150--88207	20	2.8	20	86	2	89	44	12	8	34	1.72
89377--89433	25	2.3	26	78	9	73	57	12	0	29	1.35
89745--89788	21	2.1	21	95	4	81	38	20	9	31	1.84
94677--94738	20	3.1	20	81	4	81	45	12	11	30	1.78
94721--94762	22	1.9	22	95	0	75	38	11	21	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95662--95712	24	2.2	23	85	3	66	62	0	3	33	1.13
96888--96926	18	2.2	17	90	4	60	56	7	0	35	1.28
101786--101848	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
101805--101829	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
101786--101856	32	2.2	32	97	0	133	32	12	18	36	1.88
107657--107682	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
108577--108642	20	3.4	20	73	23	68	22	28	4	43	1.73
108567--108642	38	2.0	38	92	0	125	21	31	3	43	1.71
108745--108794	24	2.0	25	88	3	75	44	18	10	28	1.81
116689--116799	42	2.6	43	79	9	113	29	29	0	40	1.57
117375--117966	61	9.4	61	74	10	478	28	26	16	28	1.97
117596--118080	199	2.5	197	83	5	594	30	25	16	27	1.96
119050--119081	17	1.9	17	93	6	57	46	25	15	12	1.81
120971--121120	51	3.0	50	76	4	140	32	25	9	33	1.88
121003--121329	129	2.5	130	80	7	346	29	26	12	31	1.93
121183--121600	79	5.3	79	80	4	405	27	24	13	35	1.92
127095--127691	122	4.7	122	76	11	500	27	25	17	28	1.98
127095--127486	61	6.4	62	82	5	426	27	26	17	29	1.97
127364--127806	197	2.2	199	84	6	572	28	26	17	27	1.97
130733--131427	79	8.8	79	80	3	655	27	25	13	33	1.93
130752--131418	238	2.8	237	82	5	783	28	25	12	33	1.93
132626--132665	18	2.2	18	95	0	71	15	27	22	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133049--133120	20	3.7	19	83	9	83	31	16	15	36	1.90
133066--133120	19	2.8	19	86	10	76	32	16	16	34	1.91
137104--137137	3	11.3	3	93	0	59	38	0	32	29	1.58
141660--141703	21	2.2	20	87	4	61	36	25	0	38	1.56
144879--144944	30	2.2	30	83	0	78	43	1	30	24	1.63
150306--150395	38	2.3	38	84	1	117	60	3	13	23	1.48
150354--150429	34	2.2	34	88	0	107	60	5	11	22	1.51
151173--151219	12	3.6	13	83	13	53	10	17	2	70	1.26
151165--151219	25	2.1	27	87	9	80	9	16	1	72	1.18
151764--151794	16	1.9	16	93	0	53	29	6	16	48	1.70
155165--155204	21	1.9	21	85	10	55	37	15	7	40	1.75
156734--156991	140	1.8	140	88	1	392	38	10	4	46	1.58
157657--157709	1	53.0	1	80	0	52	0	11	0	88	0.51
158007--158031	13	1.9	13	100	0	50	72	0	0	28	0.86
158154--158211	18	3.1	19	82	9	66	58	0	0	41	0.98
158394--158424	16	1.9	16	93	0	53	61	0	0	38	0.96
159972--160047	37	2.1	37	97	0	143	51	11	6	30	1.64
163671--164270	167	3.6	163	80	7	638	57	5	7	30	1.49
171982--172025	22	2.0	23	86	4	63	27	0	0	72	0.85
174563--174598	18	2.0	18	89	10	56	44	0	2	52	1.15
179718--179780	27	2.3	27	91	0	99	52	15	0	31	1.44
186250--186306	19	2.9	19	81	2	69	29	15	15	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195408--195595	79	2.4	79	79	3	225	34	14	25	26	1.94
195567--195684	51	2.3	50	86	5	166	34	15	23	26	1.94
195540--195870	158	2.1	157	84	5	418	32	15	25	26	1.95
195667--195743	28	2.8	28	85	0	109	28	19	28	23	1.98
195726--195842	51	2.3	51	90	0	180	30	12	27	29	1.93
195774--195999	79	2.9	77	84	4	292	28	14	28	28	1.95
195774--195999	78	2.9	79	85	2	303	28	14	28	28	1.95
198318--198373	20	2.8	20	94	0	94	41	14	16	28	1.87
201333--201498	84	2.0	84	83	2	208	30	13	12	43	1.81
205037--205092	17	3.3	17	74	0	58	1	19	0	78	0.84

Tables:   1   2