genome.fa.s2161.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2161
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  357411

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9056--9277	52	4.3	51	78	2	228	32	12	25	29	1.92
8946--9277	52	6.4	51	68	13	183	31	13	26	28	1.94
9286--9337	27	1.9	27	92	0	86	26	19	30	23	1.98
9209--9411	103	1.9	105	80	3	230	29	16	28	25	1.97
9395--9515	51	2.4	51	88	0	170	32	12	25	29	1.92
9428--9538	51	2.2	51	90	0	177	35	9	25	30	1.87
9497--9671	79	2.2	79	83	4	210	31	14	26	27	1.95
9624--9698	27	2.7	27	89	6	107	22	20	33	24	1.97
9682--9803	53	2.4	51	86	8	167	31	11	24	31	1.91
12156--12181	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
12135--12201	34	2.0	33	91	2	107	44	13	16	25	1.84
12225--12276	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
12233--12297	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
12225--12295	32	2.2	32	97	0	133	36	18	12	32	1.88
13194--13476	143	2.0	139	88	2	422	34	13	12	39	1.83
15790--15822	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
18893--18964	21	3.2	24	75	16	73	56	0	0	43	0.99
18900--18962	22	2.9	22	88	4	83	57	0	0	42	0.99
19172--19234	22	3.0	22	71	13	60	34	0	0	65	0.93
19150--19234	40	2.1	41	85	12	113	36	0	0	63	0.95
19142--19234	35	2.6	36	81	8	93	36	0	1	62	1.03
19541--19590	22	2.2	22	82	10	57	70	0	6	24	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20174--20207	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
20308--20362	15	3.8	14	77	13	58	41	0	1	56	1.10
21008--21048	21	2.0	21	85	9	57	39	2	2	56	1.26
21774--21845	36	2.0	36	91	5	119	23	16	12	47	1.81
23532--23719	86	2.2	87	91	1	308	52	8	4	34	1.53
24230--24282	17	2.9	17	81	10	52	56	5	3	33	1.41
24585--24642	21	2.9	21	85	7	68	0	34	0	65	0.93
24591--24638	15	3.0	17	74	20	50	0	35	0	64	0.94
25190--25230	20	2.1	20	90	4	66	58	2	0	39	1.11
25247--25281	9	3.8	9	88	7	52	0	14	0	85	0.59
25246--25288	19	2.3	19	80	8	52	6	11	0	81	0.87
25460--25484	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
27809--27853	22	2.1	21	92	8	74	46	6	8	37	1.61
27950--27999	19	2.5	20	83	3	66	28	14	18	40	1.89
30220--30279	21	2.9	21	80	14	79	50	1	28	20	1.58
33449--33510	32	1.9	33	86	3	90	30	14	14	40	1.86
33558--33584	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
34037--34163	32	3.9	32	80	15	136	31	11	24	32	1.91
34056--34152	36	2.8	34	83	13	119	32	13	24	28	1.93
38568--38596	15	1.9	15	100	0	58	17	6	0	75	1.01
40370--40533	52	3.1	52	74	5	143	35	13	23	27	1.92
40601--40716	32	3.4	34	78	5	137	29	15	25	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40868--42611	62	28.5	62	82	4	1882	29	18	25	26	1.98
41812--41911	52	1.9	52	87	4	148	30	11	28	31	1.91
42417--42522	53	2.0	52	81	1	122	27	13	27	32	1.94
43494--43518	13	1.9	13	100	0	50	0	16	4	80	0.87
43798--43869	22	3.3	21	78	3	63	5	12	9	72	1.27
43807--43869	22	2.9	22	78	4	74	4	12	11	71	1.29
48267--48309	17	2.5	17	88	0	59	2	30	0	67	1.03
50591--50622	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
52727--52760	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
54330--54383	20	2.7	20	82	5	65	27	12	11	48	1.76
56723--57475	79	9.5	79	86	1	936	27	25	14	32	1.94
69653--69703	14	3.5	14	81	10	50	84	3	11	0	0.75
69653--69706	22	2.4	22	85	11	74	85	3	11	0	0.73
69667--69703	15	2.4	16	90	4	58	83	0	16	0	0.64
70696--71418	61	11.9	61	84	2	904	26	27	17	27	1.98
70669--71420	181	4.1	182	85	4	923	27	28	17	26	1.98
70696--71424	241	3.0	241	88	1	1064	27	27	17	27	1.98
71401--71578	40	4.5	39	76	11	166	20	23	17	38	1.93
71429--71592	78	2.1	75	86	3	220	16	24	17	42	1.89
71775--71804	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
72271--72343	20	3.7	20	86	0	101	30	12	12	45	1.78
74692--74923	79	3.0	77	85	4	306	29	24	12	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74779--75053	130	2.1	130	89	0	415	30	25	12	31	1.92
74858--74977	51	2.4	51	91	0	186	29	26	13	30	1.94
74909--75257	79	4.4	79	84	0	430	26	25	14	33	1.94
74698--75127	209	2.1	209	90	1	675	29	24	13	33	1.93
78908--78946	20	1.9	21	89	5	62	64	2	0	33	1.08
78922--78955	13	2.7	12	86	13	50	58	5	0	35	1.22
78908--78951	20	2.2	20	84	8	54	63	4	0	31	1.14
79740--80053	141	2.2	141	83	5	393	42	5	4	48	1.46
81399--81447	17	2.7	18	78	9	55	73	4	0	22	1.00
82324--82384	30	2.1	29	84	9	79	52	1	0	45	1.10
83130--83181	18	2.9	17	80	11	59	65	1	1	30	1.14
83549--83593	8	5.8	8	89	2	56	71	2	0	26	0.98
83549--83593	15	2.8	16	83	6	56	71	2	0	26	0.98
83158--83941	404	1.9	395	87	7	1140	41	7	10	39	1.70
90840--90873	2	17.0	2	93	0	59	0	2	50	47	1.16
95392--95444	25	2.1	26	92	3	90	33	15	11	39	1.83
97181--97234	22	2.5	22	90	0	90	42	18	3	35	1.68
99272--99405	45	2.9	46	87	5	191	50	6	8	34	1.58
105556--105625	35	2.0	35	88	0	104	42	14	12	30	1.83
108622--108675	25	2.1	27	86	6	76	51	0	1	46	1.11
109373--109438	20	3.3	20	87	4	71	37	10	12	39	1.77
109393--109438	10	4.6	10	83	0	65	39	10	10	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110249--110294	13	3.5	13	77	22	51	76	0	17	6	1.00
112361--112425	33	2.0	33	90	0	103	35	16	16	30	1.92
114736--114792	21	2.8	20	71	7	51	36	1	24	36	1.66
114881--114935	19	2.8	19	81	5	65	32	12	14	40	1.84
114879--114932	20	2.8	20	82	2	65	35	12	14	37	1.85
114899--114990	48	1.9	48	84	4	123	38	14	16	31	1.88
123831--123889	20	3.0	20	85	7	86	37	15	15	32	1.88
123978--124030	20	2.7	20	100	0	106	33	11	15	39	1.83
126182--126224	21	2.1	21	82	4	52	55	11	13	18	1.68
132593--132622	13	2.3	13	94	0	51	33	13	13	40	1.83
135158--135214	20	2.8	20	84	7	71	40	14	15	29	1.87
135204--135320	53	2.2	53	95	0	207	36	17	17	27	1.93
135344--135374	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
143856--143952	50	1.9	50	87	0	140	28	15	12	43	1.83
143869--143999	70	1.9	70	90	0	208	30	16	11	41	1.84
143869--144019	70	2.2	70	86	2	205	31	16	11	41	1.84
150147--150177	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
152259--152296	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
152408--152453	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
153907--153950	23	2.0	21	82	8	52	15	9	15	59	1.61
154842--154867	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
154824--154887	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157517--157563	23	2.0	24	84	12	62	59	19	4	17	1.53
158922--158963	21	2.0	21	85	0	57	23	28	4	42	1.74
160555--160580	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
160535--160599	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
160652--160706	20	2.8	20	88	5	76	30	14	14	40	1.86
165547--165587	21	2.0	20	90	4	64	51	17	12	19	1.76
169112--169210	40	2.4	42	84	3	121	21	25	14	39	1.90
169143--169275	42	3.1	42	80	8	151	18	26	12	43	1.84
170693--171063	78	4.7	79	78	4	358	26	23	12	37	1.90
170690--171062	157	2.4	156	82	5	414	27	23	12	37	1.90

Tables:   1   2