genome.fa.s2161.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2161
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  357411

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 233 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171311--171377	33	2.0	33	85	0	89	32	10	14	41	1.80
171449--171579	52	2.5	52	94	0	226	34	17	16	31	1.93
175030--175078	23	2.2	22	81	3	53	14	4	16	65	1.42
182925--182976	19	2.7	20	87	6	79	28	13	15	42	1.85
183601--183691	39	2.3	40	77	9	96	34	21	5	38	1.77
185051--185093	20	2.1	20	86	4	59	9	25	44	20	1.81
189448--189492	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
191713--191738	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
191693--191756	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
195514--195543	10	3.0	10	95	0	51	30	0	6	63	1.20
195549--195577	14	2.0	15	93	6	51	44	0	0	55	0.99
196072--196125	29	2.0	26	82	10	63	24	5	9	61	1.48
199792--199840	16	2.9	17	75	22	50	36	2	2	59	1.21
199804--199843	16	2.4	16	87	4	53	37	2	2	57	1.26
204768--204854	39	2.2	42	82	17	123	39	10	19	31	1.85
207099--207136	20	1.9	20	88	0	58	39	18	13	28	1.88
211480--211531	20	2.6	19	77	22	54	67	5	0	26	1.13
211488--211550	27	2.4	25	77	10	63	65	4	0	30	1.13
217088--217138	20	2.5	20	84	6	59	35	19	13	31	1.91
217210--217235	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
217192--217256	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
218847--218880	12	2.8	12	90	0	50	41	0	35	23	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223419--223457	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
223578--223624	21	2.3	20	82	10	60	31	19	4	44	1.70
225904--225954	20	2.5	20	87	6	68	35	17	15	31	1.92
226007--226059	19	2.7	20	85	8	72	39	18	13	28	1.88
228710--228744	14	2.4	14	90	4	52	88	8	2	0	0.61
230724--230923	60	3.3	58	80	8	204	18	18	17	46	1.84
231298--231595	151	2.0	152	87	2	429	25	16	11	46	1.80
231318--231596	76	3.7	75	81	7	339	26	16	11	45	1.80
232158--232198	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
232238--232308	20	3.6	19	77	7	70	39	16	14	29	1.88
232385--232415	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
232403--232458	21	2.6	22	91	5	96	25	25	12	37	1.91
232495--232533	13	3.0	13	92	0	69	30	15	17	35	1.91
233003--233069	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
234203--234250	25	2.0	24	83	4	60	27	4	2	66	1.21
235336--235360	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
235316--235380	33	2.0	32	85	11	87	32	18	13	35	1.90
235431--235502	20	3.7	18	82	12	81	40	15	16	27	1.89
235430--235482	19	2.7	19	88	8	72	41	16	15	26	1.88
236072--236135	33	1.9	32	81	12	76	31	20	14	34	1.92
236185--236237	19	2.7	21	82	8	67	39	16	15	28	1.89
234891--236406	755	2.0	755	98	0	2960	35	14	15	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237166--237230	33	2.0	33	96	0	121	27	23	26	23	2.00
244862--244924	19	3.3	19	82	6	83	33	15	14	36	1.88
244908--244934	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
246440--246875	155	2.8	153	83	4	513	27	12	19	40	1.87
250082--250217	51	2.7	51	86	6	195	38	11	17	32	1.86
250183--250308	20	5.8	20	70	18	81	41	14	14	30	1.85
250133--250319	71	2.6	71	94	0	329	41	12	16	29	1.85
250847--251661	154	5.3	154	80	5	765	28	13	17	40	1.88
260682--260706	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
261296--261430	34	4.1	33	78	11	134	32	11	24	31	1.90
263915--263953	20	1.9	21	89	5	62	17	2	23	56	1.53
263915--263959	21	2.2	20	84	4	54	20	4	22	53	1.63
266694--266757	32	2.0	32	87	9	94	29	15	15	39	1.89
267370--267430	31	2.0	30	87	9	88	29	13	22	34	1.92
270670--270694	9	2.8	9	100	0	50	20	12	8	60	1.57
270870--270953	28	2.9	29	72	10	91	19	11	10	58	1.62
270832--270958	57	2.2	57	83	6	168	20	11	11	56	1.65
271036--271230	58	3.4	58	81	7	200	28	10	10	50	1.70
271654--271697	22	2.0	22	86	4	63	43	4	9	43	1.56
272087--272152	35	1.9	34	90	3	105	30	12	24	33	1.91
273268--273299	3	10.7	3	93	0	55	37	0	31	31	1.58
279319--279343	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279411--279584	63	2.7	63	86	6	219	33	15	16	35	1.90
280010--280091	41	2.0	41	100	0	164	31	12	19	36	1.89
281128--281178	20	2.5	20	87	12	70	37	19	11	31	1.88
282858--282892	15	2.3	15	95	0	61	42	0	28	28	1.56
289951--290004	20	2.8	20	88	2	74	27	16	16	38	1.90
290049--290078	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
290034--290098	33	2.0	33	90	6	105	35	13	16	33	1.89
292366--292408	22	2.0	22	86	9	61	44	2	11	41	1.53
297571--297637	32	2.1	32	100	0	134	37	26	8	26	1.86
299178--299290	52	2.2	52	91	1	181	44	8	23	23	1.81
300464--300531	35	2.0	35	91	2	111	33	11	25	29	1.91
301927--301983	20	3.0	20	84	5	82	35	14	17	33	1.90
302028--302057	13	2.3	13	94	0	51	33	16	16	33	1.92
302013--302077	33	2.0	33	87	6	96	33	13	18	33	1.90
303132--303992	429	2.0	429	90	1	1361	28	18	17	35	1.94
311171--311218	22	2.4	18	78	18	51	37	4	20	37	1.72
311936--311992	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
311949--312011	19	3.7	18	74	24	64	33	14	15	36	1.88
311935--312019	32	2.7	32	96	0	152	32	14	16	36	1.89
315295--315319	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
315273--315339	32	2.1	32	86	8	91	34	14	13	37	1.86
315304--315360	19	3.0	20	79	7	73	35	15	17	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
315389--315441	20	2.7	20	91	2	81	32	15	16	35	1.90
316405--316430	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
316469--316544	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
316490--316562	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
316469--316562	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
317148--317218	36	2.0	36	100	0	142	15	36	5	42	1.71
318155--318179	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
321782--321807	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
321846--321921	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
321867--321939	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
321846--321939	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
330456--330482	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
332623--332675	19	2.7	19	88	8	72	32	20	13	33	1.91
338863--338918	19	2.9	19	89	2	76	35	12	17	33	1.88
341655--341706	20	2.7	20	87	3	70	26	13	23	36	1.92
343157--343198	19	2.2	19	86	4	57	78	4	0	16	0.91
347797--347824	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
347863--347952	32	2.8	32	87	0	126	36	20	12	31	1.89
348527--348593	33	2.0	33	82	5	82	37	17	8	35	1.82
348622--348677	19	2.9	19	89	2	85	35	10	19	33	1.87
348812--348867	21	2.6	21	78	10	60	46	16	3	33	1.64
348804--348870	21	3.1	21	68	21	50	41	13	2	41	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
349687--349761	20	3.8	20	87	0	114	32	14	13	40	1.85
351429--351457	10	2.7	11	94	5	51	34	13	0	51	1.42
352151--352215	32	2.0	32	96	0	121	26	24	16	32	1.96

Tables:   1   2

The End!