genome.fa.s2200.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2200
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114701

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2818--2875	19	3.1	19	78	7	73	56	1	1	39	1.19
2860--2933	32	2.4	31	84	8	89	56	1	0	41	1.07
2860--2939	30	2.5	33	82	9	96	57	1	0	41	1.07
3886--3929	17	2.6	17	82	7	54	56	0	0	43	0.99
3891--3957	25	2.6	27	76	9	77	53	0	0	46	1.00
5549--5585	2	18.5	2	88	0	56	54	0	0	45	1.00
7332--7424	16	5.8	16	75	8	73	52	5	2	39	1.36
7682--7707	8	3.2	8	100	0	52	65	0	0	34	0.93
9134--9191	25	2.4	25	85	8	75	51	0	1	46	1.11
9154--9192	20	2.0	20	89	0	60	51	0	2	46	1.14
9058--9281	107	2.1	108	81	1	252	45	2	4	48	1.33
9209--9258	20	2.5	20	87	9	75	42	0	0	58	0.98
9209--9270	20	3.2	20	84	6	56	41	1	1	54	1.19
9440--9503	26	2.5	24	80	14	74	35	1	1	60	1.15
9474--9528	21	2.7	21	76	15	62	38	0	0	61	0.96
9488--9540	18	2.9	18	74	23	56	37	0	0	62	0.96
10915--10956	16	2.6	16	77	7	50	40	0	0	59	0.97
15275--15332	18	3.1	18	79	13	64	58	0	0	41	0.98
15313--15366	22	2.5	22	82	17	60	46	1	0	51	1.11
17769--17798	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
19973--20012	6	6.5	6	83	16	55	82	2	0	15	0.77
19973--20012	11	3.4	11	86	13	53	82	2	0	15	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20945--20989	22	2.0	24	83	12	60	57	2	6	33	1.37
20980--21004	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
21268--21331	30	2.2	30	82	2	76	37	9	4	48	1.56
23899--23943	22	2.0	22	87	8	65	35	11	13	40	1.80
25656--25716	19	3.4	18	73	13	63	44	0	0	55	0.99
25668--25727	31	1.9	31	83	6	77	45	0	0	55	0.99
25645--25724	36	2.3	33	78	17	92	50	0	0	50	1.00
25712--25779	30	2.2	31	80	17	79	52	8	0	38	1.33
29105--29140	16	2.2	16	90	0	54	58	5	0	36	1.22
31562--31625	11	5.8	12	68	18	50	65	0	0	34	0.93
31562--31626	20	3.2	20	76	23	64	64	0	0	35	0.94
32949--32984	18	2.1	17	94	5	63	75	0	0	25	0.81
33002--33045	12	3.5	12	81	9	52	59	2	2	36	1.23
33480--33538	24	2.4	24	88	8	84	45	0	1	52	1.10
33493--33550	24	2.5	23	80	5	71	53	0	0	46	1.00
33518--33578	18	3.3	18	76	19	54	62	0	0	37	0.96
34148--34213	25	2.5	25	85	11	80	56	0	0	43	0.99
34184--34236	19	2.9	19	76	23	60	66	0	0	33	0.92
34190--34221	15	2.2	15	94	5	57	68	0	0	31	0.90
34206--34254	21	2.3	22	85	3	64	61	0	2	36	1.08
34268--34298	10	3.1	10	95	0	53	51	6	41	0	1.27
35347--35384	16	2.3	17	86	4	51	50	2	0	47	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37626--37859	97	2.4	96	83	3	283	29	25	13	31	1.93
45401--45464	33	1.9	34	84	6	87	48	4	7	39	1.53
48429--48483	21	2.6	22	80	8	62	50	0	0	49	1.00
49961--50013	3	17.7	3	96	0	97	64	0	1	33	1.05
50169--50260	21	4.7	20	64	30	56	59	0	0	40	0.97
50442--50475	18	1.9	18	88	5	52	58	0	2	38	1.13
51407--51480	6	12.5	6	70	18	57	58	0	1	40	1.07
51407--51480	24	3.1	23	73	9	69	58	0	1	40	1.07
52515--52567	23	2.2	24	83	6	63	41	1	0	56	1.10
53129--53170	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
53601--53667	22	2.9	22	74	22	66	40	0	0	59	0.97
53608--53667	24	2.6	23	75	19	61	41	0	0	58	0.98
54213--54240	14	2.0	14	100	0	56	64	0	0	35	0.94
55246--55412	19	9.2	19	67	23	65	36	0	2	61	1.09
55335--55383	18	2.7	18	84	12	64	38	0	4	57	1.18
55356--55412	10	5.7	10	72	15	55	31	0	0	68	0.90
55362--55426	22	3.1	21	80	14	73	30	1	0	67	1.00
55562--55595	17	2.1	15	89	10	50	47	0	0	52	1.00
55584--55639	11	5.1	11	77	14	53	30	0	0	69	0.89
55584--55642	22	2.8	21	76	19	68	32	0	0	67	0.91
58061--58241	91	2.0	91	91	2	292	33	17	16	32	1.93
63004--63202	101	2.0	101	93	0	344	31	12	16	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63889--63957	10	7.0	10	78	15	65	72	0	0	27	0.85
64463--64508	16	2.7	17	76	10	58	36	0	0	63	0.95
64877--64910	12	2.8	12	86	0	50	5	38	38	17	1.74
65590--65630	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
65677--65719	23	1.9	22	85	4	59	62	0	0	37	0.95
65922--65959	11	3.5	11	82	10	51	28	0	0	71	0.87
66432--66595	38	4.3	38	78	7	152	30	28	12	28	1.93
66495--66603	39	2.8	39	82	5	134	30	26	13	29	1.94
71092--71171	38	2.1	37	88	2	115	32	26	11	30	1.91
71153--71209	30	1.9	29	89	3	87	36	17	5	40	1.72
71156--71223	30	2.3	29	80	7	73	38	20	4	36	1.73
71399--71446	21	2.2	23	85	10	66	56	0	0	43	0.99
71600--71648	11	4.5	11	82	7	57	73	0	0	26	0.83
71667--71706	21	1.9	21	84	0	53	62	0	0	37	0.95
71907--71949	14	3.1	14	86	6	52	79	0	2	18	0.85
73312--73372	28	2.1	28	82	11	70	39	1	0	59	1.08
73536--73574	21	1.9	21	89	5	62	48	2	0	48	1.15
74974--75054	34	2.4	35	75	6	87	59	0	0	40	0.98
75237--75264	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
76689--76727	14	2.7	15	84	7	55	56	0	5	38	1.22
76730--76797	32	2.1	32	86	5	91	48	1	4	45	1.31
76752--76825	18	4.4	17	71	19	57	52	0	2	44	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77431--77473	16	2.7	15	85	7	50	60	0	0	39	0.97
78607--78654	19	2.4	20	89	6	71	50	2	0	47	1.12
78683--78716	15	2.3	15	89	0	50	61	0	0	38	0.96
79019--79072	15	3.4	15	76	14	54	40	0	0	59	0.98
79040--79116	13	5.5	14	69	14	52	40	2	1	55	1.22
78978--79063	18	4.6	18	69	21	52	36	2	3	58	1.28
79008--79155	18	8.1	18	68	24	80	38	1	1	58	1.15
79280--79306	8	3.4	8	100	0	54	59	0	0	40	0.98
79289--79353	33	2.0	33	81	6	78	49	1	3	46	1.27
80311--80367	28	1.9	29	86	10	80	49	0	0	50	1.00
80824--80857	10	3.3	10	91	4	50	41	0	0	58	0.98
80827--80867	21	2.0	21	85	9	57	48	0	0	51	1.00
81056--81082	6	4.5	6	100	0	54	33	0	0	66	0.92
81549--81582	9	3.6	9	85	14	50	76	0	0	23	0.79
82105--82147	22	2.0	22	90	4	70	65	0	0	34	0.93
83786--83836	18	3.0	17	78	21	54	43	0	1	54	1.11
83786--83824	18	2.2	18	86	13	55	46	0	2	51	1.14
83817--83863	16	2.8	17	83	3	60	40	2	2	55	1.24
83814--83871	17	3.5	16	75	13	55	37	1	1	58	1.18
86222--86263	16	2.7	16	81	3	50	52	2	2	42	1.27
86782--86822	5	8.4	5	79	15	50	36	0	0	63	0.95
86767--86835	29	2.3	30	82	7	88	39	0	1	59	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91363--91405	19	2.3	19	87	0	59	30	9	2	58	1.42
91618--91673	26	2.1	28	86	6	80	26	0	0	73	0.84
91626--91676	5	11.0	5	89	8	56	31	0	0	68	0.90
91592--91675	10	8.2	10	76	15	66	29	1	0	69	0.97
91968--92028	27	2.4	23	76	15	59	50	1	0	47	1.10
92043--92091	17	2.9	17	84	3	64	26	2	0	71	0.97
92042--92093	14	3.8	13	76	14	52	25	1	0	73	0.94
92040--92095	28	2.0	27	86	10	78	25	1	0	73	0.93
93876--93900	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
94487--94532	24	2.0	23	83	12	58	28	17	2	52	1.56

Tables:   1   2