genome.fa.s2225.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2225
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  146236

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
771--836	27	2.3	29	82	15	84	51	0	0	48	1.00
771--844	27	2.6	29	73	20	66	50	1	0	48	1.09
3024--3099	23	3.2	24	74	10	68	65	1	2	30	1.14
4277--4364	3	27.7	3	77	17	81	63	0	4	31	1.14
4259--4342	43	2.0	43	87	0	123	59	0	9	30	1.29
5364--5416	15	2.9	19	73	26	60	58	0	5	35	1.22
7324--7396	17	4.3	17	70	17	53	9	8	5	76	1.14
7362--7407	24	1.9	24	86	0	65	13	10	2	73	1.17
9452--9514	31	2.1	31	90	3	101	23	11	6	58	1.55
9912--9945	17	2.0	17	88	0	50	55	2	8	32	1.45
11877--11921	20	2.2	20	84	0	54	55	4	6	33	1.46
12486--12511	12	2.2	12	100	0	52	38	7	7	46	1.61
12870--12908	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
12930--12970	21	1.9	21	85	14	57	36	4	0	58	1.20
13959--14029	36	2.0	36	88	5	108	35	11	15	38	1.83
14753--14793	22	1.9	22	95	5	75	43	4	4	46	1.46
14828--14872	22	2.0	23	86	4	65	66	0	2	31	1.04
15323--15380	24	2.3	26	88	5	84	34	25	13	25	1.93
15370--15435	27	2.4	27	89	0	96	24	10	19	45	1.82
15397--15466	24	2.8	24	77	14	70	21	10	22	45	1.81
18010--18055	21	2.1	22	88	4	67	32	19	28	19	1.96
19919--19976	24	2.3	26	85	5	84	36	27	13	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19966--20031	27	2.4	27	89	0	96	24	10	19	45	1.82
19993--20062	24	2.8	24	77	14	70	21	10	22	45	1.81
22206--22245	21	1.9	21	84	0	53	55	0	0	45	0.99
22505--22588	11	8.3	11	78	12	74	65	2	0	32	1.05
22509--22574	28	2.5	26	76	13	73	68	1	0	30	0.99
22503--22596	37	2.5	37	77	14	95	63	2	1	32	1.13
22570--22678	30	3.7	29	76	12	100	56	0	1	40	1.16
22646--22706	28	2.2	28	82	11	72	62	0	1	36	1.05
24786--24832	24	1.9	25	86	4	69	53	6	0	40	1.27
26738--26785	14	3.4	14	77	13	53	68	0	4	27	1.07
26762--26806	13	3.3	13	82	11	54	73	0	8	17	1.08
26730--26806	28	2.8	28	80	7	77	72	1	5	20	1.11
26757--26861	7	14.1	7	79	7	84	76	0	3	20	0.94
27203--27228	12	2.2	12	100	0	52	38	0	0	61	0.96
27271--27394	60	2.0	66	81	15	156	54	3	0	41	1.16
28092--28138	7	6.4	7	80	9	58	70	0	0	29	0.88
28094--28136	15	2.9	15	90	10	63	67	0	0	32	0.91
28100--28157	25	2.3	25	85	5	73	63	0	0	36	0.94
28486--28562	34	2.3	34	88	2	111	27	5	22	45	1.73
32997--33119	34	3.7	33	88	4	192	25	7	25	42	1.80
34630--34844	79	2.8	76	80	9	238	33	8	6	51	1.58
36468--36525	19	2.9	19	72	18	55	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36448--36521	23	3.2	23	78	12	80	52	0	0	47	1.00
38345--38403	25	2.4	25	77	5	66	47	1	3	47	1.29
42395--42422	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
42918--42992	28	2.6	28	75	8	71	70	0	8	21	1.12
45238--45284	24	2.0	23	83	4	58	34	2	2	61	1.20
45255--45300	19	2.4	18	82	10	56	32	4	2	60	1.28
45567--45627	17	3.6	17	77	6	70	27	1	3	67	1.16
45565--45624	11	5.3	12	71	13	56	28	1	3	66	1.17
45645--45719	13	5.4	14	73	13	66	42	1	0	56	1.08
45660--45715	27	2.0	29	83	10	73	41	0	0	58	0.98
45685--45727	16	2.7	16	79	13	52	46	0	0	53	1.00
47213--47245	17	2.0	17	88	5	50	54	0	0	45	0.99
47242--47280	15	2.7	15	88	11	55	58	0	0	41	0.98
47509--47689	10	18.3	11	66	25	68	62	2	0	34	1.10
47517--47694	19	9.9	18	71	18	104	62	2	0	35	1.08
47622--47701	10	8.4	10	75	15	64	62	1	0	36	1.03
47499--47667	70	2.4	70	77	11	154	61	3	0	34	1.13
47517--47701	27	6.9	26	72	17	139	62	2	0	35	1.08
47546--47697	80	1.9	80	80	10	177	61	2	0	36	1.10
53285--53502	34	6.5	34	85	5	282	40	27	7	24	1.82
53283--53502	67	3.3	67	88	1	323	40	27	7	24	1.82
57913--58128	34	6.4	34	84	5	260	41	27	6	24	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57911--58128	67	3.2	67	86	1	301	41	27	6	24	1.80
58436--58475	17	2.4	17	95	0	71	55	7	10	27	1.60
60244--60295	24	2.3	23	83	6	61	46	5	7	40	1.57
61190--61221	16	2.1	15	94	5	55	31	12	25	31	1.92
62182--62246	21	3.1	20	84	8	76	76	1	3	18	0.99
62199--62245	7	6.6	7	76	13	51	82	0	0	17	0.66
62199--62245	15	3.2	15	81	3	60	82	0	0	17	0.66
62636--62697	23	2.6	24	77	10	65	58	0	0	41	0.98
64127--64304	60	2.8	61	73	14	173	52	2	7	38	1.42
64442--64857	104	4.0	104	85	5	565	17	14	24	43	1.85
64790--64922	67	2.0	67	89	2	205	22	13	23	40	1.89
64916--65117	104	1.9	104	89	2	316	19	12	24	44	1.85
64670--65175	252	2.0	253	90	1	791	19	13	25	41	1.88
65047--65188	67	2.1	68	89	1	214	21	14	23	40	1.90
64943--65273	171	1.9	171	91	0	536	19	13	25	41	1.88
67221--67376	77	2.0	80	82	6	194	29	9	9	51	1.66
67245--67407	80	2.1	77	80	7	177	33	9	7	49	1.65
70378--70414	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
70790--70819	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
71165--71193	8	3.6	8	100	0	58	10	0	0	89	0.48
71166--71201	16	2.2	16	90	0	54	8	5	0	86	0.72
71272--71322	7	7.3	7	82	10	52	78	0	0	21	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71262--71320	23	2.5	23	81	13	75	76	0	0	23	0.79
71273--71323	16	3.4	16	80	20	65	78	0	0	21	0.75
71262--71325	12	5.4	13	71	17	59	76	0	0	23	0.79
71276--71325	6	8.2	6	78	12	57	78	0	0	22	0.76
73208--73251	2	22.5	2	95	4	81	50	0	0	50	1.00
73914--73990	12	6.2	12	72	12	57	31	2	1	64	1.15
74006--74066	13	4.3	15	73	19	60	44	0	0	55	0.99
75564--75596	17	2.0	17	88	5	50	54	0	0	45	0.99
75593--75630	15	2.6	15	88	12	53	57	0	0	42	0.98
75976--76055	10	8.4	10	75	15	64	62	0	0	37	0.95
75853--76038	24	8.3	23	65	22	58	61	2	1	35	1.15
79508--79552	14	2.9	16	78	18	51	73	0	24	2	0.95
79511--79556	13	3.2	14	84	9	58	76	0	21	2	0.90
79505--79554	17	2.9	17	76	5	57	76	0	22	2	0.89
79919--79977	2	29.5	2	85	0	82	42	0	6	50	1.28
79931--79977	16	2.9	16	100	0	94	44	0	4	51	1.21
85979--86016	13	2.9	13	77	14	51	73	10	10	5	1.23
86306--86336	1	31.0	1	100	0	62	100	0	0	0	0.00
87358--87944	27	21.5	27	90	4	828	22	33	14	29	1.93
87356--87944	54	10.8	54	93	1	971	22	33	14	29	1.93
88045--89943	32	61.2	32	90	3	2583	30	33	18	17	1.94
91182--91231	14	3.4	15	78	18	52	76	0	22	2	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91178--91231	20	2.7	20	79	2	63	77	0	20	1	0.86
91205--91234	10	3.0	10	95	0	51	86	0	13	0	0.57
91178--91241	20	3.2	19	77	6	56	76	0	18	4	0.95
91605--91641	14	2.6	14	95	0	65	40	0	8	51	1.32
95724--95797	27	2.7	27	81	4	78	51	21	4	22	1.65
98465--98538	27	2.7	27	87	0	103	48	22	5	22	1.71
99309--99361	24	2.2	24	83	6	63	7	13	1	77	1.06
99484--99535	13	3.9	13	75	9	52	76	0	1	21	0.87
99904--99949	6	7.7	6	92	0	74	32	0	0	67	0.91
99951--100041	39	2.4	37	82	10	105	54	1	0	43	1.07

Tables:   1   2