genome.fa.s2227.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2227
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  151494

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88--143	22	2.5	22	82	5	69	48	0	0	51	1.00
103--203	34	3.0	34	81	7	109	51	0	0	47	1.07
120--203	34	2.4	36	86	7	122	53	0	1	45	1.08
3451--3494	23	1.9	23	95	0	79	31	27	18	22	1.97
4066--4100	15	2.4	15	95	4	63	17	20	5	57	1.60
4125--4211	15	5.8	15	94	0	138	20	19	6	52	1.68
4125--4211	5	17.4	5	89	0	111	20	19	6	52	1.68
18062--18673	42	14.6	42	85	1	726	10	33	19	36	1.86
18617--18696	42	1.9	42	84	5	108	11	27	18	42	1.84
19289--19323	15	2.4	15	95	4	63	17	20	5	57	1.60
19348--19414	25	2.7	25	97	0	125	19	19	7	53	1.68
19348--19414	5	13.4	5	91	0	89	19	19	7	53	1.68
20750--20780	16	2.0	15	93	6	53	77	3	0	19	0.90
22428--22460	9	3.7	9	84	15	50	42	0	0	57	0.98
23135--23178	12	3.7	12	81	6	54	47	0	0	52	1.00
23834--23871	18	2.1	19	90	5	60	52	0	0	47	1.00
24316--24352	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
27853--28108	128	2.0	128	93	1	442	49	10	18	22	1.77
30228--30308	33	2.5	33	80	5	87	45	6	3	44	1.46
31638--31686	20	2.2	21	86	13	64	51	0	0	48	1.00
33782--33849	21	3.2	21	73	10	57	64	1	1	32	1.11
33872--33953	17	4.8	16	75	16	67	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33896--33950	16	3.2	18	80	17	55	49	0	0	50	1.00
34347--34431	33	2.5	35	76	14	90	38	0	0	61	0.96
34709--34743	18	1.9	18	88	11	54	45	5	0	48	1.26
35070--35100	15	2.1	15	93	0	53	64	0	0	35	0.94
36264--36330	22	2.9	24	76	8	59	58	0	0	41	0.98
36367--36411	22	2.1	23	84	12	60	28	2	0	68	1.01
39423--39457	2	17.0	2	94	5	61	48	2	0	48	1.16
39870--39913	18	2.4	18	80	0	52	45	0	0	54	0.99
40276--40311	13	2.7	13	91	4	54	41	0	0	58	0.98
41584--41643	29	2.1	29	84	6	77	40	1	0	58	1.08
41631--41667	17	2.1	18	90	5	58	56	0	0	43	0.99
42080--42111	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
42597--42636	19	2.0	20	90	4	64	62	0	0	37	0.95
44259--44324	15	4.1	16	73	19	66	60	1	0	37	1.06
46222--46269	18	2.7	18	84	9	64	41	0	0	58	0.98
46229--46269	17	2.5	17	88	11	59	39	0	0	60	0.96
46494--46518	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
49918--49958	19	2.2	19	95	0	73	14	12	14	58	1.63
52267--52301	11	3.3	11	88	4	54	8	22	2	65	1.34
52961--53269	50	6.2	50	93	0	510	29	19	22	29	1.98
53521--53557	19	1.9	19	88	0	56	32	24	13	29	1.93
57002--57310	50	6.2	50	91	0	465	30	18	20	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58785--58856	36	2.0	35	86	7	101	48	0	0	51	1.00
59180--59211	15	2.2	15	94	5	57	37	3	0	59	1.13
59609--59640	15	2.2	14	94	5	55	56	0	0	43	0.99
59537--59646	34	3.2	33	74	15	100	59	0	1	39	1.08
59624--59662	15	2.5	16	83	8	53	66	0	0	33	0.92
60236--60279	14	3.4	14	79	14	51	47	0	0	52	1.00
61179--61226	18	2.7	18	84	9	64	41	0	0	58	0.98
61186--61226	17	2.5	17	88	11	59	39	0	0	60	0.96
61434--61487	10	5.4	10	80	8	56	50	1	0	48	1.11
61440--61495	14	3.9	14	75	13	51	51	1	0	46	1.11
64737--65149	164	2.5	164	83	6	455	30	9	7	51	1.63
73472--73730	35	7.4	35	85	2	306	24	22	11	40	1.87
73471--73733	105	2.5	105	87	1	359	24	22	11	41	1.87
73721--74106	60	6.4	59	78	7	352	23	24	11	40	1.87
73723--74105	121	3.2	119	82	5	441	23	24	11	40	1.88
73858--74066	30	6.9	30	66	14	115	23	23	11	40	1.87
74117--74501	44	8.8	43	71	9	190	20	22	15	41	1.90
74122--74501	88	4.3	87	83	4	417	21	22	15	41	1.90
74100--74358	132	2.0	132	80	6	292	22	23	14	40	1.90
74127--74501	176	2.1	176	86	1	502	21	22	15	41	1.90
75692--76203	167	3.0	163	82	8	555	30	10	7	52	1.63
75767--76203	167	2.6	167	86	5	562	30	10	6	52	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78070--78111	13	3.2	13	77	16	50	71	0	2	26	0.98
78070--78104	16	2.2	16	89	0	52	71	0	2	25	1.00
81883--81926	18	2.4	18	85	7	54	29	0	0	70	0.88
81886--81923	19	2.1	19	90	5	60	28	0	0	71	0.87
82277--82330	2	28.0	2	82	14	69	46	0	1	51	1.11
82324--82366	21	2.0	22	86	13	63	23	0	9	67	1.19
87385--87462	20	3.9	20	80	6	104	39	11	15	33	1.83
87958--88051	31	3.0	32	84	6	131	37	23	13	25	1.92
93594--93710	31	3.8	31	86	0	144	30	24	17	27	1.97
96102--96140	17	2.3	17	83	12	53	51	2	0	46	1.14
96233--96364	27	4.7	28	70	21	89	57	0	0	41	1.04
96239--96306	26	2.7	26	82	10	79	57	0	1	41	1.08
96273--96352	17	4.5	19	72	24	68	53	0	0	46	1.00
96278--96362	32	2.4	36	83	15	106	54	0	0	45	1.00
96322--96363	22	2.0	21	90	4	66	57	0	0	42	0.99
100701--100741	18	2.3	18	86	0	55	75	7	2	14	1.12
100695--100751	18	3.2	18	72	7	53	75	5	1	17	1.07
100704--100800	26	3.7	26	75	12	92	73	8	3	15	1.20
101286--101363	35	2.3	35	86	2	113	44	20	25	8	1.80
102926--103060	69	2.0	69	90	0	216	29	19	10	40	1.84
104639--104762	62	2.0	62	88	3	187	22	15	13	48	1.80
105680--105752	36	2.0	36	97	0	137	35	12	21	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105976--106044	22	3.2	21	79	8	68	73	7	10	8	1.24
107270--108971	29	58.4	28	77	11	1251	30	27	16	26	1.96
107270--108971	57	29.2	56	76	9	1232	30	27	16	26	1.96
107526--107709	94	2.0	93	83	5	237	32	28	14	25	1.94
108432--108581	28	5.3	28	84	3	174	30	28	16	26	1.96
108585--108971	28	13.4	28	74	11	271	31	26	15	26	1.95
107270--108971	180	9.7	170	77	9	1197	30	27	16	26	1.96
112677--113165	49	9.8	49	81	4	478	34	16	24	24	1.95
112668--113165	101	5.0	98	82	4	489	34	16	25	24	1.95
112768--113165	150	2.7	149	83	3	467	34	16	24	24	1.95
113169--113478	29	10.5	31	85	6	111	22	17	30	29	1.97
113228--113577	29	12.0	29	88	3	497	22	17	31	28	1.97
113223--113578	59	6.1	59	94	0	572	22	17	31	28	1.96
113561--113679	34	3.5	33	82	5	157	31	10	34	22	1.89
113551--113680	68	1.9	68	91	0	215	31	13	33	22	1.92
115127--115232	1	106.0	1	69	0	68	0	2	12	84	0.72
115115--115234	23	5.5	22	77	14	108	0	2	14	83	0.75
115115--115226	27	4.3	26	77	17	101	0	2	14	83	0.76
115115--115232	13	9.5	13	75	14	106	0	2	13	83	0.74
115114--115232	63	1.9	63	87	6	179	0	3	13	83	0.77
115136--115234	28	3.4	27	72	18	76	0	2	14	83	0.73
129078--129103	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129458--129568	28	4.0	28	80	3	91	25	27	21	26	2.00
129537--129611	29	2.6	30	80	4	91	30	24	16	29	1.96
129578--129754	32	5.6	32	84	4	171	31	27	17	24	1.97
129578--129731	64	2.4	63	83	3	193	31	26	16	25	1.97
129578--129761	63	2.9	61	81	5	197	30	27	16	25	1.97
129578--129751	95	1.8	96	83	1	233	31	26	17	24	1.97
129813--129917	52	2.0	52	92	0	174	25	22	15	36	1.93
129862--130289	61	7.2	60	70	13	224	25	25	11	36	1.90
129949--130303	174	2.0	173	88	2	525	25	27	11	35	1.91
131001--131103	20	5.1	20	73	14	63	74	5	1	17	1.10

Tables:   1   2