genome.fa.s2243.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2243
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  246073

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148--203	20	2.8	20	97	0	103	28	14	12	44	1.81
128--203	40	1.9	40	83	0	98	30	14	13	42	1.84
4528--4637	34	3.2	34	80	5	96	39	20	27	12	1.89
5949--5982	11	3.1	11	86	0	50	26	8	8	55	1.59
6656--6891	98	2.4	97	89	0	364	28	30	11	30	1.91
12604--12648	22	2.0	23	82	4	56	48	15	17	17	1.81
13003--13043	11	3.5	11	81	12	55	78	0	19	2	0.87
13074--13230	80	2.0	80	100	0	314	39	26	8	24	1.85
20915--20972	30	1.9	31	89	3	91	24	27	15	32	1.95
20940--21028	46	1.9	46	97	0	169	23	26	11	38	1.89
20992--21838	27	31.0	27	92	1	1406	21	35	14	27	1.93
20992--21838	82	10.3	81	93	1	1406	21	35	14	27	1.93
20992--21838	109	7.8	108	93	1	1406	21	35	14	27	1.93
21821--22804	32	31.8	32	89	4	1327	30	32	18	18	1.95
21830--22752	399	2.3	399	98	0	1758	30	32	18	17	1.95
22837--22955	49	2.5	47	80	9	127	19	29	22	28	1.98
23642--23686	22	2.0	23	82	4	56	48	15	17	17	1.81
24041--24081	11	3.5	11	81	12	55	78	0	19	2	0.87
32574--32602	14	2.1	14	100	0	58	20	20	27	31	1.98
36738--36847	55	2.0	55	83	1	141	48	5	10	35	1.62
37917--38134	34	6.5	34	84	5	273	40	27	7	24	1.81
37915--38134	67	3.3	67	85	2	307	40	27	7	24	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37915--38134	101	2.2	101	90	4	345	40	27	7	24	1.81
42545--42760	34	6.4	34	84	5	269	40	27	7	24	1.81
42543--42760	67	3.2	67	84	2	303	40	27	7	24	1.81
42543--42760	101	2.2	101	89	4	341	40	27	7	24	1.81
42860--42921	18	3.3	18	77	16	63	61	0	1	37	1.06
42867--42936	27	2.7	26	80	8	70	57	0	1	41	1.08
46208--46274	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
46228--46252	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
46315--46339	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
46348--46475	52	2.5	52	94	3	224	33	17	17	30	1.94
49634--49799	58	2.9	57	75	10	147	48	13	10	28	1.75
49861--49973	58	1.9	58	83	3	147	50	7	7	34	1.59
51153--51223	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
51300--51330	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
51442--51467	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
51935--52001	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
53136--53171	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
53685--53737	20	2.6	20	84	3	61	41	11	16	30	1.84
53846--53900	20	2.8	20	82	0	74	38	16	3	41	1.66
64775--64826	20	2.7	20	84	3	70	32	15	17	34	1.91
65711--65812	28	3.7	27	72	13	84	41	0	0	56	1.12
65743--65809	11	6.4	11	76	10	61	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67206--67251	24	2.0	23	83	12	58	54	0	2	43	1.12
68256--68301	24	1.9	24	86	0	65	36	0	2	60	1.09
71667--71701	4	9.0	4	87	6	54	71	0	0	28	0.86
72947--72984	20	1.9	20	89	10	60	18	0	5	76	0.97
76442--76477	16	2.1	18	90	10	58	58	0	0	41	0.98
77451--77498	2	24.5	2	82	4	53	45	4	0	50	1.21
77463--77501	19	2.1	19	90	0	60	41	2	0	56	1.13
77461--77502	21	2.0	20	90	4	66	40	2	0	57	1.12
77521--77554	15	2.2	16	89	5	52	38	0	0	61	0.96
77522--77571	25	2.0	24	85	11	66	40	0	0	60	0.97
77522--77571	24	2.0	25	85	11	68	40	0	0	60	0.97
78034--78077	15	2.9	15	75	0	52	61	2	2	34	1.21
78367--78474	50	2.2	50	94	0	189	45	15	10	28	1.79
81996--82049	20	2.7	20	91	0	81	33	11	14	40	1.82
81996--82059	20	3.2	20	86	4	67	35	9	17	37	1.82
89069--89296	115	2.0	117	84	3	300	39	3	7	48	1.49
89171--89363	101	1.9	102	86	1	280	39	4	9	46	1.56
89209--89394	101	1.9	99	85	4	257	40	5	10	43	1.63
89379--89429	25	2.1	25	82	10	61	29	7	9	52	1.62
97435--97640	107	1.9	107	82	0	259	13	17	32	37	1.88
97478--97714	106	2.2	107	82	0	269	12	18	31	37	1.88
98913--99548	43	15.0	43	82	4	659	37	17	29	14	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108812--109153	31	11.0	30	82	8	353	25	30	14	29	1.95
108820--109153	62	5.4	62	84	5	397	26	29	14	29	1.95
108820--109158	125	2.7	125	83	6	420	25	30	14	29	1.95
109091--109308	94	2.3	93	79	6	217	22	31	12	33	1.92
109155--109802	34	19.9	33	77	11	547	18	31	13	36	1.89
109224--109281	27	2.1	27	96	0	107	20	32	13	32	1.92
109418--109542	33	4.2	27	80	12	72	20	30	12	36	1.90
109140--109809	161	4.2	162	78	11	643	18	31	13	36	1.90
109914--110150	39	5.6	39	66	25	108	27	26	18	27	1.98
109858--110286	87	4.9	88	89	2	618	26	26	18	27	1.98
110075--110239	39	4.0	39	76	13	168	27	26	20	25	1.99
110219--110330	52	2.2	49	82	7	127	25	27	18	27	1.98
117707--117784	20	3.9	20	80	5	86	44	12	11	30	1.78
120180--120221	21	2.0	20	86	4	57	40	2	0	57	1.12
122116--122153	6	6.3	6	96	0	67	13	18	52	15	1.74
126473--126512	20	2.0	20	90	9	64	62	0	0	37	0.95
128181--128224	6	7.3	6	81	0	52	50	13	2	34	1.55
129066--129170	50	2.1	50	91	3	167	30	12	8	48	1.71
129479--129509	14	2.1	15	94	5	55	48	3	0	48	1.17
130569--130608	15	2.5	16	88	8	55	57	0	0	42	0.98
130569--130611	16	2.6	17	85	10	63	55	0	0	44	0.99
130835--130880	19	2.4	18	86	10	65	58	2	6	32	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130985--131024	18	2.2	18	86	4	53	55	10	5	30	1.54
131931--131981	21	2.7	20	80	17	56	56	3	7	31	1.46
132942--133006	11	5.7	11	73	12	51	40	0	0	60	0.97
132920--132983	28	2.2	28	86	8	85	46	0	1	51	1.10
132938--133015	19	4.2	18	76	16	70	41	0	0	58	0.98
132938--133023	21	4.2	20	74	18	70	43	0	0	56	0.99
134137--134193	22	2.7	21	84	7	71	47	15	8	28	1.75
136604--137072	179	2.6	179	89	3	726	42	8	7	40	1.64
136937--136973	16	2.3	16	90	9	58	21	0	0	78	0.75
137198--137227	15	2.0	15	93	0	51	50	23	6	20	1.71
138168--138196	5	6.0	5	92	8	51	79	0	0	20	0.74
140022--140301	45	6.4	45	75	13	210	42	15	23	18	1.88
139989--140301	170	1.8	170	83	2	414	42	15	23	19	1.88
140067--140314	125	2.0	124	86	2	345	43	16	21	18	1.88
140574--140628	18	3.0	18	81	10	58	16	16	7	60	1.57
140867--141113	92	2.7	92	89	1	352	27	11	29	31	1.91
141783--141842	8	6.8	8	80	17	66	11	0	6	81	0.86
141782--141842	9	6.7	9	78	10	70	11	0	6	81	0.85
141795--141855	29	2.1	29	90	6	97	9	0	11	78	0.96
141787--141880	37	2.5	37	83	13	122	8	0	12	78	0.95
141802--141880	20	3.8	19	75	12	68	7	0	15	77	0.98
141810--141879	33	2.1	34	84	12	92	7	0	14	78	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145602--145792	79	2.4	78	82	5	215	35	14	21	28	1.93
145837--146072	79	3.0	79	79	9	266	34	13	25	26	1.93
145926--146318	130	3.0	129	82	3	486	31	11	28	28	1.91
146005--146123	51	2.3	52	86	1	168	29	12	27	30	1.93
146134--146251	51	2.3	51	86	0	164	28	11	31	28	1.91
148671--148805	50	2.7	49	91	2	189	39	15	19	25	1.91
148722--148806	20	3.8	20	70	26	71	41	16	17	24	1.90
159370--159417	10	4.7	11	77	12	50	0	20	2	77	0.88
161062--161098	16	2.3	16	90	0	56	32	29	13	24	1.93
162478--162629	32	4.7	32	76	7	112	34	16	12	36	1.86

Tables:   1   2