genome.fa.s2275.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2275
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  181829

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60--98	19	2.1	18	90	4	60	33	10	12	43	1.77
177--237	32	1.9	32	90	6	97	31	13	16	39	1.87
4156--4374	34	6.5	34	84	0	260	26	7	26	40	1.83
4156--4376	102	2.2	101	87	3	318	25	7	26	40	1.82
5559--5616	8	6.8	8	75	14	53	79	0	20	0	0.74
5561--5603	21	2.0	21	95	0	77	83	0	16	0	0.64
5561--5616	18	3.2	18	82	12	71	80	0	19	0	0.71
6379--6429	20	2.5	20	83	0	57	29	1	1	66	1.13
6403--6463	20	3.2	20	75	11	56	40	1	0	57	1.08
6618--6650	17	1.9	17	93	0	57	60	0	0	39	0.97
6668--6727	26	2.3	27	83	11	81	48	1	1	48	1.21
15427--15465	16	2.4	17	84	16	55	7	5	12	74	1.20
15943--15973	16	2.0	15	93	6	53	77	3	0	19	0.90
28475--29098	42	14.6	42	77	6	482	11	29	18	39	1.86
28496--29077	300	1.9	299	82	3	724	11	29	18	39	1.86
30781--30811	16	2.0	15	93	6	53	77	3	0	19	0.90
35035--35467	165	2.6	163	80	5	444	35	17	6	41	1.74
37478--37514	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
38523--38550	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
39330--39357	13	2.2	13	100	0	56	42	0	28	28	1.56
41883--41968	43	2.0	43	95	0	154	46	11	18	23	1.82
42778--42808	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43358--43407	27	1.9	26	84	8	66	20	4	14	62	1.47
46378--46488	31	3.3	31	68	20	96	53	10	7	28	1.62
46357--46509	71	2.2	71	100	0	306	51	9	8	30	1.64
51024--51071	24	2.0	24	95	0	87	35	16	22	25	1.95
53821--53910	29	3.1	28	78	15	78	55	3	1	40	1.24
54152--54193	16	2.7	16	81	3	50	69	2	0	28	1.01
54824--54857	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
59989--60072	21	4.1	21	76	13	77	1	53	0	45	1.08
59989--60072	39	2.1	42	86	6	120	1	53	0	45	1.08
59991--60095	39	2.7	37	80	12	113	2	50	0	46	1.16
60029--60089	18	3.3	18	80	14	70	3	49	0	47	1.18
61274--61349	24	3.1	24	74	14	66	50	2	2	44	1.30
61282--61349	24	2.7	25	76	17	68	50	1	2	45	1.26
61900--61932	16	2.1	16	94	5	59	12	15	6	66	1.42
66503--66527	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
66627--66652	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
66609--66672	33	2.0	32	87	3	92	39	18	12	29	1.88
74666--74710	22	2.0	22	91	8	74	35	0	28	35	1.58
75265--75289	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
75277--75329	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
77084--77155	28	2.6	28	82	10	94	25	18	33	23	1.97
77143--77261	52	2.3	52	84	5	143	28	12	27	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77087--77387	160	1.9	160	87	4	446	28	13	28	29	1.94
77244--77319	27	2.8	28	85	2	100	21	19	34	25	1.96
77041--77421	160	2.4	159	80	5	437	31	13	25	28	1.94
82340--82460	52	2.3	52	94	2	208	30	18	17	33	1.94
82332--82480	52	2.9	50	85	9	185	32	16	16	33	1.92
82469--82493	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
82558--82582	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
82536--82602	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
83179--83655	49	9.9	49	89	3	682	31	18	26	23	1.98
83660--83850	33	5.9	32	87	7	289	19	18	34	28	1.95
83834--84352	34	16.0	33	77	14	417	32	12	33	21	1.91
83885--84332	62	7.0	63	77	15	333	31	12	34	21	1.91
84145--84352	29	6.7	29	80	11	191	31	12	33	21	1.91
84329--84396	32	2.2	30	89	5	100	35	17	22	25	1.95
83892--84362	95	4.9	90	71	19	208	31	13	33	21	1.92
86060--86585	49	10.9	49	89	2	762	31	18	26	24	1.97
86582--86779	33	6.1	32	85	8	274	20	18	33	27	1.96
86765--87268	34	15.3	34	80	14	519	32	12	33	21	1.91
87217--87300	30	2.8	30	88	1	114	28	17	28	25	1.98
88967--89492	49	10.9	49	90	2	771	30	18	26	23	1.97
89497--89681	33	5.7	32	85	5	248	18	18	32	29	1.95
89672--90175	34	15.3	34	78	15	485	32	12	33	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90124--90207	30	2.8	30	87	1	105	29	17	27	25	1.98
91874--92301	49	8.9	49	89	3	611	30	18	26	24	1.98
92298--92498	33	6.2	32	88	6	280	19	17	35	27	1.95
92481--92899	34	12.4	34	81	12	422	32	12	34	20	1.90
92481--92899	68	6.2	67	84	9	473	32	12	34	20	1.90
92481--92916	102	4.4	101	83	10	481	32	12	34	20	1.90
92950--93033	30	2.8	30	88	1	114	28	17	28	25	1.98
94970--94994	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
95788--96524	55	13.0	55	82	9	804	23	21	29	26	1.99
95946--96033	26	3.3	26	68	20	81	19	18	35	27	1.95
95792--96547	349	2.2	341	85	6	1014	23	20	29	26	1.99
95787--96528	404	1.8	397	84	7	1005	23	20	29	26	1.99
110233--110305	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
110251--110326	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
110233--110326	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
110365--110390	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
114452--114482	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
116496--116574	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
116561--116599	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
119040--119112	20	3.6	20	77	3	92	36	13	17	31	1.89
119058--119133	21	3.7	21	78	3	91	43	11	15	28	1.83
119040--119133	41	2.3	41	96	0	170	40	12	17	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119172--119197	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
119154--119217	32	2.0	33	87	9	96	42	15	14	28	1.86
120117--120191	28	2.7	28	82	0	87	26	18	30	24	1.98
120174--120292	52	2.3	52	85	2	150	28	13	27	30	1.94
120118--120452	160	2.1	160	85	3	451	30	14	26	28	1.95
120266--120350	27	3.1	27	83	5	109	27	20	29	23	1.99
120338--120456	51	2.3	53	85	7	154	33	11	22	31	1.90
122819--122844	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
122798--122864	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
122882--122953	19	4.2	17	74	25	80	38	12	11	37	1.79
122906--122930	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
122887--122949	32	2.0	32	93	0	108	36	14	12	36	1.84
122987--123063	21	3.7	21	87	3	102	36	16	11	35	1.86
124041--124071	7	4.4	7	91	0	53	0	16	0	83	0.64
124041--124082	21	2.0	21	90	9	68	2	19	0	78	0.86
129910--129955	24	1.9	24	86	8	67	43	2	0	54	1.12
130376--130417	19	2.2	20	86	4	59	40	4	0	54	1.21
130767--130807	14	3.0	13	86	10	55	65	2	7	24	1.30
131799--131844	23	2.0	23	87	8	67	17	28	28	26	1.98
132675--132703	12	2.3	13	94	5	51	17	6	0	75	1.01
132688--132787	33	3.1	30	76	16	85	13	12	1	74	1.14
132747--132790	23	2.0	22	95	4	79	15	13	0	70	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132751--132798	23	2.0	23	84	4	60	25	12	2	60	1.43
133789--133916	41	3.1	41	81	0	157	36	13	20	29	1.90
135322--135363	19	2.2	20	91	4	68	40	2	0	57	1.12
137949--137988	20	2.0	20	95	0	71	37	0	2	60	1.11
139561--139606	19	2.4	19	85	3	56	45	17	0	36	1.49
139679--139733	28	2.0	28	100	0	110	56	3	14	25	1.55
139757--139850	31	3.1	30	73	23	90	52	1	1	45	1.15
141089--141136	13	3.4	14	82	8	53	31	0	2	66	1.03
142307--142339	17	1.9	17	100	0	66	51	0	18	30	1.46
142592--142756	5	33.4	5	68	24	75	38	0	1	60	1.08

Tables:   1   2