genome.fa.s2281.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2281
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  210577

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3513--3585	27	2.7	27	86	0	101	28	8	15	47	1.73
3571--3616	24	1.9	24	86	8	67	23	8	23	43	1.82
6149--6194	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
7421--7446	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
8104--8189	39	2.2	39	89	0	127	30	25	6	37	1.82
9518--9560	20	2.1	20	82	4	50	11	30	41	16	1.83
10003--10041	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
10003--10106	46	2.3	46	83	3	120	37	16	17	28	1.91
16206--16231	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
18049--18120	27	2.7	27	86	4	101	26	6	18	48	1.73
18106--18151	24	1.9	24	91	8	76	21	8	23	45	1.80
21386--21548	84	2.0	83	86	3	229	34	26	20	19	1.96
23234--23280	24	2.0	24	87	4	69	55	2	4	38	1.31
23400--23560	29	5.5	29	73	16	118	59	0	3	37	1.18
23467--23565	30	3.3	31	76	13	107	62	0	0	37	0.95
23394--23567	58	3.0	57	77	9	174	59	0	2	37	1.17
23467--23535	31	2.2	31	89	7	104	60	0	0	39	0.97
23510--23571	18	3.3	18	80	17	72	69	0	0	30	0.89
23521--23573	28	2.0	26	88	7	79	69	0	0	30	0.88
23832--23870	17	2.2	18	86	13	55	23	0	7	69	1.14
23956--23998	13	3.2	13	77	6	50	30	0	2	67	1.03
27001--27239	58	4.1	59	78	6	200	27	8	14	49	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27007--27102	30	3.2	30	72	16	92	22	9	17	50	1.75
27163--27204	20	2.0	21	90	4	68	26	4	14	54	1.59
27095--27262	58	2.9	58	81	2	185	27	8	12	51	1.68
27529--27556	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
28692--28742	25	2.0	26	84	3	68	56	0	0	43	0.99
29017--29048	17	1.9	17	93	6	57	6	12	0	81	0.87
33358--33411	24	2.2	24	83	0	63	38	12	11	37	1.79
38581--38686	37	2.9	37	79	0	131	22	16	24	36	1.94
38556--38700	37	3.9	37	70	7	123	25	17	20	36	1.94
40137--40207	20	3.5	20	76	0	79	35	11	12	40	1.79
54404--54528	52	2.4	52	94	0	214	28	18	17	36	1.94
54404--54548	52	2.8	51	88	4	202	29	17	17	34	1.94
54537--54561	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
54601--54670	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
54626--54650	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
57755--59011	49	26.6	49	82	7	1532	31	18	25	24	1.97
57752--59016	92	13.4	92	89	5	1866	31	17	25	24	1.97
57752--59016	190	6.7	190	90	2	1998	31	17	25	24	1.97
59004--59143	31	4.4	32	87	6	205	16	16	37	30	1.91
59015--59138	63	1.9	65	91	3	207	13	17	37	31	1.89
59011--59146	34	4.2	33	88	4	206	17	16	37	28	1.91
59149--59886	34	21.8	34	83	9	736	34	12	33	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59392--59444	27	2.0	27	88	0	79	26	16	35	20	1.94
59879--60011	31	4.3	29	85	11	167	29	16	29	24	1.97
59733--60014	63	4.4	63	80	12	209	30	14	31	22	1.94
59214--60016	102	8.1	96	78	13	375	33	12	32	20	1.91
59862--60011	31	4.9	29	83	11	158	30	16	29	24	1.97
68144--68266	52	2.4	52	95	0	219	27	17	18	36	1.93
68144--68289	52	2.8	52	87	4	197	29	16	18	35	1.93
68328--68397	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
68353--68377	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
71604--71667	11	5.5	11	89	9	92	85	9	3	1	0.76
71605--71667	23	2.7	23	88	9	92	85	9	3	1	0.77
71604--71656	1	53.0	1	76	0	52	88	9	1	0	0.58
72885--73864	29	33.9	29	84	5	1114	28	30	17	23	1.97
72884--73864	115	8.5	115	85	5	1191	28	30	17	23	1.97
73804--73873	33	2.1	33	84	5	88	25	21	15	37	1.93
74425--74499	20	3.8	19	82	3	87	34	12	12	41	1.79
74425--74502	40	2.0	39	85	7	104	34	11	12	41	1.80
78110--78134	13	1.9	13	100	0	50	24	0	40	36	1.55
79648--79702	16	3.4	16	92	0	83	23	9	14	52	1.70
79648--79710	32	2.0	32	84	6	83	23	9	15	50	1.73
79648--79710	16	3.9	15	85	4	63	23	9	15	50	1.73
80170--80233	31	2.1	30	82	8	76	65	0	1	32	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81086--81166	31	2.6	31	84	3	74	51	7	7	33	1.58
81131--81294	83	2.0	84	91	1	267	39	13	13	34	1.84
81271--81318	24	2.0	24	95	0	87	22	16	14	45	1.84
81188--81439	107	2.4	107	95	0	441	36	13	13	36	1.85
81616--81649	17	1.9	18	88	5	52	52	0	2	44	1.16
82966--83013	23	2.1	23	84	7	62	0	33	0	66	0.92
82965--83013	22	2.2	22	86	13	66	0	34	0	65	0.93
82977--83020	18	2.4	19	82	14	56	0	40	0	59	0.98
83928--84030	53	2.0	52	84	9	138	52	2	0	43	1.22
84883--84919	16	2.3	16	90	0	56	37	0	5	56	1.22
84888--84943	25	2.2	25	81	6	60	33	3	5	57	1.39
85010--85039	10	2.8	11	90	10	53	56	16	0	26	1.40
85010--85046	15	2.4	16	86	8	51	54	16	0	29	1.43
86372--86516	73	2.0	73	90	2	229	30	16	26	26	1.97
96765--96840	20	3.8	20	79	6	91	39	13	13	34	1.83
96762--96840	40	2.0	39	87	2	113	39	13	12	34	1.83
97218--97426	45	4.5	47	78	8	198	33	19	26	20	1.96
97218--97392	47	3.7	47	78	7	178	33	18	27	20	1.96
97227--97424	92	2.1	93	83	6	242	33	19	26	20	1.96
97517--99010	28	51.5	28	80	10	806	23	18	29	28	1.98
97771--97810	20	2.0	20	85	0	53	25	15	35	25	1.94
97743--97838	48	2.0	48	87	0	138	21	16	35	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97715--97858	76	1.9	76	88	0	216	22	18	32	27	1.97
97695--97888	104	1.9	104	87	2	291	22	17	32	26	1.96
97873--98648	32	25.4	32	81	6	671	22	19	28	29	1.98
98682--98983	27	11.0	27	85	5	313	28	15	30	25	1.96
98709--98981	82	3.3	81	86	4	361	29	15	30	24	1.96
98682--98981	55	5.5	55	87	3	358	28	15	30	25	1.96
100011--100035	9	2.8	9	100	0	50	0	0	16	84	0.63
100319--100364	23	2.0	24	86	4	67	4	13	10	71	1.27
107412--107486	20	3.8	20	78	7	89	40	13	13	33	1.83
107409--107486	40	2.0	39	87	2	111	39	14	12	33	1.84
112603--112657	20	2.8	20	85	0	74	43	14	9	32	1.77
118065--118195	38	3.4	38	75	2	118	32	13	15	38	1.86
118067--118218	77	2.0	76	83	3	189	30	13	15	40	1.85
125196--125254	21	2.8	21	89	0	82	40	10	13	35	1.78
125293--125365	20	3.7	19	78	10	76	41	13	12	32	1.82
126942--126975	3	11.3	3	100	0	68	35	0	32	32	1.58
132195--132332	52	2.6	51	83	2	168	41	13	15	29	1.85
132460--132519	21	2.9	21	97	2	113	33	15	23	28	1.94
134166--134195	10	3.0	10	95	0	51	23	50	6	20	1.71
134614--134649	18	2.0	18	100	0	72	22	27	5	44	1.75
136468--136539	20	3.6	20	80	14	78	40	15	13	30	1.86
136732--137232	127	3.9	127	92	1	824	33	16	11	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138652--138717	15	4.3	15	81	12	73	48	0	0	51	1.00
138653--138717	32	2.1	29	86	13	87	47	0	0	52	1.00
140835--140872	20	1.9	20	89	10	60	68	0	0	31	0.90
143532--143556	11	2.3	11	100	0	50	44	0	36	20	1.52
149738--149773	16	2.2	16	90	9	56	66	0	0	33	0.92
149734--149790	28	2.0	29	87	12	84	64	0	1	33	1.04
149745--149790	16	2.7	17	83	6	58	63	0	2	34	1.07
150765--150807	15	2.8	15	82	3	50	46	2	4	46	1.36
150825--150882	30	1.9	30	92	0	98	43	5	5	46	1.48
150828--150880	14	3.6	14	74	18	54	43	5	5	45	1.51

Tables:   1   2