genome.fa.s2283.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2283
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  183339

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
784--909	20	5.8	20	72	20	92	30	15	12	42	1.84
782--959	51	3.7	51	74	18	191	30	15	11	42	1.82
786--959	91	1.9	91	90	2	278	30	16	10	42	1.82
835--911	20	3.8	20	83	6	102	31	14	12	41	1.83
10155--10208	13	4.2	13	92	0	90	31	16	14	37	1.89
14513--14538	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
14495--14558	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
18600--18630	15	2.1	15	93	0	53	41	16	25	16	1.88
21912--22035	52	2.4	51	94	1	212	28	17	18	35	1.94
21912--22055	52	2.8	51	88	5	202	29	17	18	34	1.94
22044--22068	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
22131--22155	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
24293--24330	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
24442--24487	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
26876--26901	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
26858--26921	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
37047--37100	12	4.6	11	84	13	65	87	7	3	1	0.74
37046--37091	13	3.5	13	85	5	65	89	4	4	2	0.66
37046--37100	26	2.1	26	90	6	85	87	7	3	1	0.73
38123--38204	37	2.2	37	95	0	146	28	18	10	42	1.84
38572--38870	29	10.5	28	85	5	350	29	30	16	23	1.96
38572--38891	86	3.7	87	83	6	379	30	30	17	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38849--38925	27	2.8	28	80	7	77	35	32	16	15	1.91
39004--39334	52	6.5	49	72	9	209	26	25	16	32	1.96
38997--39226	101	2.3	101	82	1	273	26	25	16	31	1.96
39934--39988	19	2.7	21	83	5	78	41	10	14	32	1.81
40034--40061	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
45191--45258	34	2.0	34	97	0	127	27	13	29	29	1.94
48104--48179	8	9.2	8	72	15	57	82	11	2	2	0.87
48105--48176	18	3.9	18	87	3	90	84	9	2	2	0.82
48105--48176	9	7.8	9	84	1	81	84	9	2	2	0.82
49375--50175	57	13.9	58	84	5	952	28	30	16	23	1.97
49375--50175	28	27.8	29	84	5	952	28	30	16	23	1.97
51027--51138	20	5.6	20	82	8	147	33	16	12	38	1.86
51027--51142	40	2.9	40	97	1	214	32	15	12	38	1.86
54504--54565	31	2.0	31	96	0	115	24	6	11	58	1.56
56251--56307	13	3.9	13	72	24	51	33	14	19	33	1.91
56250--56332	32	2.6	32	96	0	148	32	12	18	37	1.87
56264--56326	19	3.7	18	74	24	64	31	12	19	36	1.89
60881--60951	27	2.6	27	95	0	124	14	18	43	23	1.86
63092--63220	52	2.5	52	98	0	249	28	19	17	34	1.95
63226--63253	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
63871--63905	15	2.4	14	90	4	52	77	0	0	22	0.78
64016--64078	19	3.7	18	72	24	64	34	12	15	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64014--64085	32	2.2	32	95	0	126	36	12	15	36	1.85
64131--64156	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
66523--66907	52	7.4	53	69	16	169	30	26	11	31	1.92
66688--66908	51	4.3	50	80	6	201	30	26	11	31	1.92
66895--66967	28	2.6	28	86	0	92	26	35	16	21	1.94
66524--67015	262	1.9	262	93	0	858	29	27	12	31	1.93
66922--67122	79	2.5	79	82	1	242	26	28	15	29	1.96
71097--71221	52	2.4	52	93	0	214	28	17	17	36	1.93
71097--71241	52	2.8	51	87	4	202	30	17	17	34	1.93
71230--71254	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
71299--71351	25	2.1	26	92	3	90	37	16	11	33	1.85
76955--77324	55	6.4	55	81	11	384	28	28	20	22	1.99
76955--77326	122	3.2	110	80	13	417	27	29	20	22	1.98
77337--78496	55	20.4	55	86	6	1330	27	28	21	23	1.99
79392--79433	21	2.0	21	95	0	75	45	9	16	28	1.79
79418--79466	20	2.4	21	86	3	64	34	18	10	36	1.85
81806--82192	52	7.4	52	70	8	266	30	25	12	31	1.92
81972--82192	51	4.3	51	80	2	201	30	24	12	32	1.92
81812--82302	262	1.9	262	92	0	829	29	27	13	30	1.94
82210--82408	79	2.5	79	82	1	220	27	29	13	30	1.94
84692--84746	20	2.8	20	88	5	76	40	14	14	30	1.86
84798--84851	20	2.6	21	85	5	74	42	16	12	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88066--88157	28	3.0	30	86	13	134	46	9	7	35	1.65
88742--88774	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
88761--88804	23	1.9	23	85	0	61	43	4	2	50	1.35
89439--89478	21	2.0	21	90	5	64	50	7	0	42	1.30
90024--90051	5	5.6	5	100	0	56	0	57	0	42	0.99
94623--94697	28	2.7	28	91	0	132	32	20	12	36	1.89
97028--97068	21	2.0	21	90	9	66	41	0	0	58	0.98
99206--99232	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
99265--99326	33	1.9	32	87	9	90	43	16	12	27	1.84
101773--101812	13	3.1	13	85	0	62	42	15	10	32	1.79
109695--109792	32	3.0	32	90	1	151	37	15	10	36	1.81
110697--111267	199	3.0	185	84	9	725	33	16	25	24	1.96
110982--111267	92	3.1	92	89	5	423	33	15	25	25	1.95
110631--111262	43	13.1	49	76	13	569	33	16	25	24	1.96
111262--111488	33	7.0	33	88	6	329	18	18	33	28	1.95
111262--111488	65	3.5	64	86	6	314	18	18	33	28	1.95
111503--111833	100	3.3	100	82	4	391	32	12	34	20	1.90
111498--111789	34	8.6	34	81	7	328	33	13	34	19	1.90
111532--111927	63	6.0	69	83	8	314	32	13	33	20	1.91
111834--111927	30	3.0	30	69	7	89	31	15	29	22	1.95
112873--112939	11	5.9	11	81	6	71	0	5	10	83	0.80
112864--112931	34	2.0	35	85	8	95	0	10	8	80	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112873--112938	16	4.3	15	84	9	89	0	6	9	84	0.76
116256--116310	19	2.9	19	97	0	101	34	10	14	40	1.81
116350--116375	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
116330--116396	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
118737--119071	52	6.3	53	69	16	187	29	24	12	32	1.93
118847--118915	27	2.5	27	85	2	84	24	30	21	23	1.99
118732--119138	212	1.9	212	87	4	597	28	26	13	31	1.94
119085--119287	79	2.6	79	82	3	230	24	30	16	29	1.96
123452--123499	21	2.3	20	82	6	60	43	16	16	22	1.87
124348--124476	52	2.5	52	93	0	222	28	18	17	34	1.94
124554--124601	19	2.5	19	89	0	78	39	18	10	31	1.85
126305--126334	13	2.3	13	100	0	60	36	13	16	33	1.88
126282--126351	33	2.1	33	86	5	97	37	15	12	34	1.86
128215--128258	16	2.6	17	75	7	54	25	22	11	40	1.87
133379--133404	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
133493--133517	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
135390--135518	52	2.5	52	97	0	240	27	17	17	36	1.93
135594--135691	19	5.8	18	71	28	90	36	17	12	33	1.87
135613--135669	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
135592--135689	32	3.0	32	96	1	178	35	17	12	34	1.87
136416--136738	43	7.1	43	79	12	358	31	17	25	26	1.97
136412--136738	92	3.6	92	95	0	591	31	17	25	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136743--137000	32	8.0	32	84	7	324	20	18	31	28	1.97
136743--136997	65	4.0	62	88	6	357	20	18	31	29	1.97
136743--136997	97	2.6	97	88	3	370	20	18	31	29	1.97
136995--137332	36	10.1	34	73	16	219	33	13	33	19	1.91
137008--137061	27	2.0	27	100	0	108	25	14	37	22	1.93
136995--137356	100	3.7	100	85	6	486	32	13	33	20	1.91
136995--137357	202	1.8	195	89	4	573	32	13	33	20	1.91
137008--137357	31	10.7	31	73	13	156	31	14	33	21	1.92
138671--138712	14	3.0	14	76	13	50	0	2	14	83	0.75
145678--145702	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90

Tables:   1   2