genome.fa.s2307.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2307
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  251760

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1285--1360	38	2.0	38	92	0	125	30	18	15	35	1.92
1448--1545	32	3.1	32	86	8	148	36	15	12	35	1.85
1448--1545	30	3.1	30	88	8	135	36	15	12	35	1.85
1453--1513	17	3.7	17	75	20	67	39	13	13	34	1.83
1790--2007	43	4.9	43	83	5	249	31	17	24	25	1.97
2017--2073	31	1.9	28	89	10	87	21	17	24	36	1.94
2022--2641	29	21.5	28	77	8	319	24	17	26	31	1.97
2073--2645	28	19.9	28	79	8	562	25	17	26	30	1.97
2010--2617	147	4.2	145	83	7	609	25	17	26	31	1.97
2073--2645	58	9.9	56	80	7	562	25	17	26	30	1.97
3005--3089	37	2.3	37	95	0	152	42	17	14	25	1.87
4114--4176	9	6.9	9	81	13	67	0	1	12	85	0.66
4114--4176	14	4.3	15	84	11	78	0	1	12	85	0.66
4114--4190	29	2.6	29	82	15	86	1	2	11	84	0.79
7910--8057	51	2.9	51	92	2	242	29	17	18	33	1.94
8122--8170	19	2.6	19	93	3	82	38	18	10	32	1.84
8140--8202	32	2.0	32	90	0	99	33	15	12	38	1.86
16692--16833	20	6.8	20	75	16	119	27	14	14	43	1.84
20772--20798	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
24117--24168	22	2.3	23	96	3	97	59	9	11	19	1.59
25079--25153	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
25076--25153	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32805--32860	22	2.5	23	97	2	105	62	8	10	17	1.52
33772--33846	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
33769--33846	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
42656--42776	52	2.3	52	91	0	206	28	18	18	35	1.94
42656--42794	52	2.7	52	80	4	181	28	16	19	35	1.94
42849--42917	20	3.8	19	70	26	69	49	11	10	28	1.72
42851--42983	33	4.0	33	95	0	185	40	13	11	34	1.80
42906--42963	13	3.9	13	73	26	53	32	15	13	37	1.87
42919--42984	20	3.7	20	73	26	83	34	15	12	37	1.84
43868--44524	49	13.7	49	86	6	902	31	17	25	25	1.97
43868--44524	141	4.6	142	89	4	979	31	17	25	25	1.97
44524--44644	33	3.7	33	92	4	201	19	19	33	27	1.96
44517--44644	65	2.0	63	92	6	213	18	18	34	28	1.95
44625--45210	34	18.6	31	71	17	285	30	14	34	21	1.93
44625--44931	120	2.5	115	82	9	337	28	15	33	21	1.94
44866--45189	61	5.0	68	76	15	233	32	12	34	20	1.90
44968--45112	61	2.4	61	92	0	245	31	11	35	22	1.90
44697--45214	163	3.3	156	81	11	453	29	14	34	21	1.93
44641--45277	283	2.3	278	78	15	609	30	14	33	21	1.93
44655--45314	61	10.6	62	74	15	232	30	14	33	21	1.93
48867--48970	53	1.9	53	88	1	154	36	10	24	28	1.89
48880--49016	51	2.6	51	81	4	141	35	12	23	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49022--49073	27	1.9	27	96	0	95	25	21	32	21	1.98
51532--51598	33	2.0	33	85	0	89	43	17	13	25	1.86
51618--51685	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
51640--51664	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
51621--51683	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
55332--55456	52	2.4	52	94	0	214	27	18	18	36	1.94
55332--55476	52	2.8	51	88	4	202	28	17	18	34	1.94
55465--55489	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
55534--55600	33	2.0	33	85	0	89	40	11	11	35	1.79
55901--56112	119	1.8	115	81	12	261	39	15	25	19	1.91
56116--56202	28	3.1	28	62	15	72	25	22	27	24	2.00
56096--56792	55	12.5	55	87	4	934	22	20	29	27	1.98
56307--56451	26	5.3	26	61	21	64	20	18	32	28	1.96
57768--57813	13	3.5	13	94	5	76	0	2	10	86	0.64
57777--57815	12	3.2	12	96	3	69	0	0	10	89	0.48
57752--57815	13	4.7	13	79	14	67	0	6	7	85	0.73
70206--70392	79	2.3	80	79	0	196	31	14	26	26	1.95
70347--70660	51	5.9	52	68	18	159	33	12	24	29	1.92
70479--70551	27	2.6	28	89	6	105	21	23	32	21	1.98
70538--70671	51	2.6	52	80	5	164	32	11	23	32	1.90
73010--73076	33	2.0	33	85	0	89	44	16	13	25	1.84
73096--73150	19	2.9	19	97	0	101	40	14	10	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73186--73238	21	2.5	21	93	0	88	35	22	11	30	1.89
74057--74192	51	2.6	50	79	6	148	35	13	23	27	1.93
74124--74745	79	7.9	79	92	0	1048	31	15	25	27	1.95
75699--75794	43	2.2	43	98	0	183	6	21	39	32	1.79
76166--76245	26	3.1	26	92	0	133	15	22	8	53	1.68
76278--76321	4	11.0	4	81	18	56	25	0	0	75	0.81
76266--76314	21	2.4	21	86	3	64	24	0	0	75	0.80
76399--76425	6	4.5	6	100	0	54	29	0	14	55	1.40
77049--77529	173	2.8	170	86	6	668	26	19	26	26	1.99
77046--77529	117	4.2	114	89	5	628	26	20	26	26	1.99
77505--77606	40	2.5	40	100	0	204	26	17	33	22	1.96
78569--78602	11	2.9	11	91	8	50	2	0	8	88	0.62
78568--78603	13	2.5	15	91	8	58	2	0	8	88	0.59
90975--91121	51	2.8	51	76	7	154	38	12	21	27	1.90
91053--91279	79	2.9	79	92	0	373	31	15	25	26	1.96
91211--91330	51	2.4	51	91	0	186	30	15	26	27	1.95
91262--91409	79	1.9	79	97	0	278	30	15	27	27	1.96
91132--91417	130	2.2	130	94	0	500	31	14	26	27	1.95
92370--92439	22	3.2	21	66	18	54	8	21	38	31	1.83
92365--92465	43	2.3	43	98	0	193	6	21	37	33	1.81
92395--92499	43	2.4	43	83	0	120	8	22	38	30	1.84
92819--92898	26	3.1	26	94	0	133	13	26	8	51	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92930--92973	4	10.8	4	86	13	63	25	0	0	75	0.81
92919--92966	20	2.4	22	80	16	59	22	0	0	77	0.78
92930--92980	12	4.7	11	82	17	63	25	0	0	74	0.82
92931--92987	14	4.4	12	75	20	53	22	0	0	77	0.77
93058--93084	6	4.5	6	100	0	54	29	0	14	55	1.40
93801--94580	59	13.3	59	88	5	986	25	26	20	26	1.99
95432--95488	21	2.8	21	89	2	80	22	17	14	45	1.84
97824--98219	51	7.5	54	71	15	197	29	25	11	33	1.92
97938--98013	27	2.8	25	80	9	80	25	31	19	23	1.98
98035--98220	55	3.5	54	78	10	197	29	24	11	34	1.90
98203--98279	28	2.8	28	83	0	91	23	32	19	24	1.97
97829--98330	266	1.9	266	89	2	794	28	26	13	32	1.94
98234--98388	79	2.0	80	82	6	190	27	27	14	30	1.95
108442--108467	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
110680--110724	21	2.1	21	84	8	56	51	4	22	22	1.66
112498--112528	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
114609--114647	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
114768--114813	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
117196--117221	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
120425--120484	1	60.0	1	76	0	57	88	5	6	0	0.63
120424--120478	19	2.9	19	84	12	78	87	7	5	0	0.68
120434--120484	15	3.3	16	81	8	70	88	5	5	0	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120426--120484	21	2.8	21	82	10	75	88	5	6	0	0.64
121449--122106	55	11.3	59	84	7	743	26	27	20	25	1.99
121475--122107	236	2.7	231	87	4	899	26	27	20	25	1.99
122977--123002	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
122957--123023	34	2.0	33	91	2	107	26	16	11	44	1.82
123538--123569	11	2.9	11	95	0	55	78	21	0	0	0.76
125361--125754	51	7.5	53	73	12	231	29	25	11	33	1.92
125475--125550	27	2.8	27	86	6	100	25	31	19	23	1.98
125743--125814	28	2.6	28	84	10	94	20	34	20	23	1.96
125366--125859	264	1.9	265	89	2	778	28	25	13	32	1.93

Tables:   1   2