genome.fa.s2307.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2307
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  251760

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 208 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125690--125896	107	1.9	107	82	1	254	26	27	15	30	1.96
127185--127222	20	2.0	20	94	5	69	13	21	42	23	1.88
127501--127540	21	2.0	21	90	5	64	47	0	20	32	1.50
131931--132010	34	2.4	34	97	0	151	35	16	12	36	1.86
131952--132010	13	4.9	13	74	19	65	33	15	13	37	1.86
131999--132143	52	2.8	49	83	10	182	33	19	18	28	1.96
137755--137820	35	1.9	35	93	3	116	28	22	12	36	1.90
138352--138407	21	2.7	21	83	2	69	33	14	16	35	1.88
139096--139220	62	2.0	62	95	0	223	20	24	3	52	1.60
142867--142995	70	1.9	68	86	9	185	31	21	11	34	1.89
142882--142995	34	3.4	33	84	8	142	32	22	11	33	1.90
143418--143525	52	2.1	52	82	0	126	35	15	12	36	1.86
143591--143648	13	3.9	13	73	26	53	39	13	15	31	1.86
143573--143669	33	3.0	33	92	1	151	42	12	14	30	1.82
143604--143668	20	3.6	19	71	26	61	40	10	15	33	1.82
144362--144421	23	2.4	25	76	15	63	28	36	3	31	1.74
147363--147409	23	2.1	23	81	14	55	19	17	6	57	1.60
148847--148871	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
148880--149004	52	2.4	52	93	0	214	35	18	18	28	1.94
152572--152704	34	4.0	33	78	8	128	30	23	12	33	1.92
152600--152705	34	3.0	35	79	9	135	28	25	11	34	1.90
156419--156497	35	2.4	31	87	8	104	36	18	10	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156945--156997	21	2.6	21	90	3	81	35	16	9	37	1.82
156961--157006	13	3.9	13	73	26	57	36	15	13	34	1.86
157055--157121	33	2.0	33	88	5	100	40	17	11	29	1.86
157949--158030	38	2.2	39	82	10	100	46	0	0	53	1.00
158410--158444	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
159599--159631	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
162972--163026	20	2.8	20	88	0	83	32	10	14	41	1.81
163043--163093	20	2.5	20	90	0	75	33	11	15	39	1.84
162961--163128	71	2.4	70	92	2	273	28	15	13	42	1.84
164414--164466	13	4.5	13	71	26	55	37	15	13	33	1.86
164414--164482	33	2.1	33	89	5	104	37	17	13	31	1.88
164512--164565	19	2.8	20	85	5	74	38	16	12	31	1.87
164551--164577	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
171039--171069	13	2.4	13	100	0	62	38	12	16	32	1.86
171017--171085	33	2.1	33	86	5	95	37	21	11	28	1.89
171118--171167	19	2.5	20	90	3	75	38	18	14	30	1.89
184693--184737	12	3.9	11	83	16	56	80	17	2	0	0.82
185970--186584	28	21.7	29	83	6	626	31	30	15	22	1.95
185976--186584	56	10.7	56	83	5	695	31	30	16	22	1.95
185970--186584	141	4.3	142	84	6	732	31	30	15	22	1.95
185976--186584	169	3.6	169	86	4	775	31	30	16	22	1.95
187546--187651	20	4.8	20	69	22	77	31	15	11	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187569--187700	51	2.6	51	84	3	160	31	15	12	41	1.83
192261--192293	17	2.0	17	88	5	50	30	9	15	45	1.77
196787--197030	29	8.5	28	71	13	133	27	29	20	22	1.98
196787--197071	58	4.9	58	73	8	161	28	30	19	22	1.98
197273--197340	31	2.3	28	87	7	91	26	35	14	23	1.94
196787--239158	59	720.8	58	70	11	7622	29	30	17	22	1.97
197725--197949	117	1.9	117	80	8	262	30	28	16	25	1.96
197934--198093	31	5.2	29	71	10	113	26	26	23	23	2.00
197956--198093	61	2.3	61	97	0	258	26	25	25	22	2.00
196666--239159	88	481.5	85	70	12	13776	29	30	17	22	1.97
196787--239169	148	288.2	144	69	12	9740	29	30	17	22	1.97
198212--198703	114	4.3	113	77	6	395	29	30	15	23	1.96
198743--239169	30	1376.4	28	71	11	14179	29	30	17	22	1.97
199191--199293	31	3.4	31	79	2	109	31	33	20	15	1.94
202990--203368	202	1.9	203	84	4	516	27	32	18	21	1.97
204324--206365	825	2.5	824	96	0	3739	28	29	19	22	1.98
206506--206565	32	1.9	30	83	6	75	30	33	16	20	1.94
208968--209440	58	8.0	59	74	9	202	29	30	17	22	1.97
209126--209820	58	11.9	56	74	11	185	29	31	17	21	1.96
212487--212888	179	2.2	178	81	6	454	29	32	17	20	1.96
215085--215222	61	2.3	61	96	0	249	26	24	25	23	2.00
200887--239156	238	162.8	228	68	14	2800	29	30	17	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219630--219863	123	1.9	122	80	8	269	29	30	15	24	1.96
221759--221877	61	2.0	61	86	0	166	30	30	23	15	1.96
222337--222403	25	2.7	25	95	0	116	40	31	11	16	1.85
225254--225592	178	1.9	177	81	9	404	28	27	23	20	1.99
226915--227500	233	2.5	230	79	4	570	30	30	16	22	1.95
230609--239169	493	17.4	493	77	10	6444	29	31	16	22	1.95
236164--238336	971	2.2	963	84	4	2787	29	30	16	22	1.96
237416--239095	790	2.1	791	95	0	3028	29	32	15	21	1.95
242251--242380	52	2.5	51	90	3	190	32	16	18	33	1.93
242251--242400	52	2.9	50	82	12	162	33	16	18	32	1.93
242389--242413	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
242454--242520	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
242476--242500	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
243265--243798	48	10.9	52	82	8	435	30	17	26	25	1.97
243329--243808	48	10.0	49	84	7	666	30	18	26	24	1.98
243329--243808	97	5.0	95	87	6	661	30	18	26	24	1.98
243855--244292	70	6.8	67	82	9	372	31	13	33	21	1.92
243855--244269	34	12.8	33	79	12	377	31	13	33	21	1.92
243855--244272	104	4.3	99	78	14	403	31	13	33	21	1.92
244059--244238	27	6.2	27	77	14	171	30	13	33	22	1.93
244025--244269	61	4.0	62	85	6	324	30	14	33	22	1.93
244126--244238	28	4.0	27	84	10	145	27	14	34	23	1.93

Tables:   1   2

The End!