genome.fa.s2334.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2334
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  268611

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1051--1077	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
4627--4653	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
5284--5387	41	2.6	41	73	8	97	38	4	13	43	1.65
6078--6123	22	2.1	22	87	0	65	39	17	15	28	1.90
6683--6855	81	2.1	81	81	5	197	33	11	26	28	1.91
11535--11580	20	2.2	21	96	3	85	43	8	15	32	1.77
11894--11920	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
11855--11959	52	2.0	52	81	9	124	30	19	16	34	1.93
11904--11960	19	2.9	19	81	2	69	33	19	15	31	1.93
12010--12058	13	4.2	13	70	24	54	32	12	20	34	1.90
11989--12058	34	2.1	33	92	7	115	32	12	21	32	1.91
15557--15914	69	5.3	69	73	10	263	26	13	23	36	1.92
18263--18318	28	2.0	29	82	3	69	69	1	17	10	1.26
19022--19198	59	3.1	59	80	7	218	25	11	18	44	1.83
19009--19244	116	2.0	116	81	6	273	25	11	17	45	1.83
22195--22251	20	2.8	20	94	0	96	28	17	10	43	1.82
24250--24290	21	2.0	21	90	9	66	39	9	9	41	1.71
24452--24477	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
24434--24497	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
26525--26685	84	1.9	84	81	7	193	54	3	16	25	1.59
28196--28220	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
29838--29878	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30040--30065	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
30022--30085	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
43004--43121	1	118.0	1	74	0	92	86	10	1	1	0.72
43003--43121	19	6.0	19	79	10	123	85	10	1	1	0.74
43013--43121	15	7.3	15	80	16	104	86	11	1	0	0.70
43003--43110	41	2.6	41	85	12	132	86	10	1	1	0.73
43004--43121	34	3.6	32	80	15	116	86	10	1	1	0.72
43004--43120	44	2.6	44	82	10	141	86	10	1	1	0.72
43003--43121	53	2.3	50	85	8	157	85	10	1	1	0.74
44360--45744	28	48.7	28	82	6	1470	30	30	16	21	1.96
44365--45758	169	8.2	167	83	6	1526	30	30	17	21	1.96
46613--46696	31	2.7	31	100	0	168	26	21	10	41	1.85
61691--61742	21	2.5	21	80	0	59	69	5	0	25	1.10
62067--62107	20	2.0	21	90	9	66	41	24	17	17	1.89
62638--62682	23	2.0	23	82	8	56	28	8	22	40	1.84
64380--64420	21	2.0	21	85	0	55	53	12	17	17	1.72
68363--68429	31	2.2	31	84	10	84	29	19	2	47	1.64
70098--70142	22	2.0	22	82	0	54	48	2	24	24	1.62
70746--70784	22	1.9	20	85	15	53	41	10	5	43	1.61
74175--74303	52	2.5	52	96	0	231	30	17	17	34	1.93
74377--74432	20	2.8	20	97	2	105	51	10	10	26	1.69
74421--74445	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74401--74465	33	2.0	33	87	0	94	40	15	12	32	1.84
75252--76118	43	16.8	54	73	16	503	34	15	24	25	1.95
75051--75753	174	4.1	174	91	2	1064	37	13	24	23	1.91
75654--76123	92	5.1	92	94	1	787	31	17	26	25	1.97
76159--76719	68	8.4	68	85	7	722	33	12	33	19	1.90
76185--76719	203	2.7	203	90	3	827	33	12	34	19	1.90
76699--77187	30	15.7	30	76	13	393	30	17	28	24	1.97
76693--77189	92	5.3	91	76	12	415	31	17	27	23	1.97
76730--77186	95	4.9	92	77	11	306	30	17	27	24	1.97
76159--77128	34	29.8	33	78	12	630	32	14	31	21	1.93
78415--78444	11	2.7	11	100	0	60	6	6	6	80	1.04
78415--78465	12	4.3	12	77	2	59	7	7	9	74	1.22
85334--85462	52	2.5	52	96	0	231	30	17	17	34	1.93
85334--85482	52	2.9	51	89	4	219	31	17	17	33	1.93
85471--85495	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
85560--85584	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
85538--85604	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
87411--87563	78	2.0	78	88	5	229	30	22	13	33	1.93
87410--87588	78	2.3	78	83	3	227	30	22	13	32	1.93
88159--88747	35	16.9	35	81	2	583	20	19	15	45	1.85
90933--90982	8	5.9	8	80	19	57	80	0	2	18	0.82
90945--90996	15	3.2	16	86	8	70	80	0	1	17	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91265--91389	38	3.3	38	91	2	182	47	17	17	17	1.83
98272--98331	31	1.9	31	96	0	111	20	25	15	40	1.90
98510--99381	42	20.8	42	74	5	564	18	28	17	35	1.94
98524--99381	84	10.2	84	81	2	776	18	28	18	35	1.94
99910--99954	7	6.7	7	80	10	58	82	0	0	17	0.68
99912--99954	13	3.3	12	81	12	50	83	0	0	16	0.64
99910--99954	20	2.3	19	85	11	63	82	0	0	17	0.68
100278--100370	38	2.4	38	89	0	141	44	15	20	20	1.87
100779--100841	17	3.6	17	77	14	65	52	30	14	3	1.57
101005--101067	31	2.0	31	93	0	108	25	12	25	36	1.91
103226--103283	13	4.0	13	76	23	62	29	15	15	39	1.88
103239--103301	19	3.6	19	74	24	75	28	14	15	41	1.87
103206--103301	32	3.0	32	93	1	156	28	13	15	42	1.85
107645--107737	30	3.0	31	74	4	89	34	12	12	39	1.82
107701--107975	32	8.6	32	63	8	92	35	18	11	34	1.87
107693--107891	64	3.1	64	77	5	188	34	18	13	33	1.90
107658--108095	64	6.9	64	71	11	184	34	15	13	36	1.86
107998--108095	32	3.1	32	78	0	115	33	9	15	41	1.79
108002--108106	32	3.3	32	75	0	102	31	8	16	43	1.78
108637--108688	20	2.5	21	87	3	70	32	13	13	40	1.83
109755--109844	30	3.1	30	68	12	87	21	10	22	46	1.80
109818--110079	117	2.2	117	80	0	292	24	11	17	46	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109757--110139	58	6.6	59	75	6	278	25	10	18	46	1.80
110039--110160	58	2.1	58	83	3	147	28	12	14	44	1.82
110385--110501	60	2.0	60	93	3	200	39	8	11	40	1.73
110773--110806	11	3.1	11	82	0	50	47	5	8	38	1.59
112107--112178	20	3.5	21	79	9	76	34	12	15	37	1.85
113219--113257	21	1.9	21	89	5	62	17	28	12	41	1.87
117942--118045	26	3.9	26	78	12	120	45	18	6	29	1.75
117918--118012	29	3.4	29	73	15	101	43	16	8	31	1.78
117918--118030	55	2.1	55	96	0	208	44	17	7	30	1.77
119273--119297	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
119286--119338	20	2.7	19	80	5	70	32	15	13	39	1.85
123321--123534	115	1.8	118	93	3	380	26	15	17	39	1.90
126572--126700	52	2.5	52	98	0	249	29	18	17	34	1.94
126776--126828	20	2.7	20	91	2	90	39	16	11	32	1.85
127186--127757	285	2.0	284	94	1	993	39	15	20	25	1.91
132116--132142	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
132097--132163	33	2.0	33	88	0	98	31	13	16	38	1.87
135591--135808	57	3.9	56	75	7	183	38	17	16	27	1.91
135584--135813	113	2.0	112	81	7	261	39	17	16	26	1.91
135668--135825	57	2.8	57	77	7	162	39	17	15	27	1.90
135905--135967	31	2.0	31	84	0	81	19	20	14	46	1.84
135915--135991	31	2.5	31	85	2	93	19	15	15	49	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136009--136099	30	3.0	30	80	4	112	24	17	8	49	1.75
136139--136432	30	9.7	30	69	12	131	20	19	14	45	1.85
138890--139214	69	4.8	69	72	3	264	27	12	23	36	1.91
140617--140660	20	2.1	22	91	8	74	29	9	20	40	1.83
140685--140736	19	2.7	20	84	6	70	28	13	17	40	1.87
140685--140742	19	3.0	18	80	12	62	25	12	20	41	1.87
141973--142025	21	2.5	21	87	0	88	45	9	3	41	1.54
143520--143626	50	2.1	50	85	0	142	26	9	17	46	1.78
148278--148321	22	2.1	21	91	8	72	45	6	9	38	1.63
149005--149064	32	2.0	30	83	9	77	30	13	26	30	1.94

Tables:   1   2