genome.fa.s2334.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2334
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  268611

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 220 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152720--152844	20	5.7	20	74	22	108	44	12	13	29	1.80
156038--156161	24	5.1	24	83	6	160	32	4	3	60	1.31
157705--157821	20	5.7	20	78	6	119	31	14	14	39	1.86
157698--157821	43	3.0	43	81	10	157	31	15	14	38	1.87
164400--164523	52	2.4	51	94	1	212	28	17	18	35	1.94
164400--164543	52	2.8	51	88	5	202	29	17	18	34	1.94
164532--164556	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
164597--164663	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
164619--164643	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
165224--165597	169	2.2	169	81	6	405	36	15	25	22	1.93
165573--165641	22	3.2	22	62	25	56	30	17	26	26	1.97
165449--165735	49	5.8	49	83	8	318	32	16	25	26	1.96
165735--165838	34	3.1	34	97	2	192	19	17	37	25	1.93
165843--166136	34	8.8	34	83	12	330	32	12	33	21	1.91
165981--166136	63	2.5	64	90	5	246	29	14	33	23	1.93
169481--169506	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
169462--169527	34	2.0	34	90	3	107	42	16	13	27	1.86
175493--175518	13	2.0	13	100	0	52	30	0	23	46	1.53
175678--175716	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
178291--178316	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
178272--178337	34	2.0	34	90	3	107	42	16	13	27	1.86
182373--183248	27	31.9	27	88	2	1095	24	31	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182371--183248	248	3.5	244	85	3	1141	24	31	14	28	1.95
182373--183266	138	6.5	136	85	2	1135	25	31	14	28	1.95
183105--183655	28	19.7	28	83	5	482	27	29	17	25	1.97
183206--183655	197	2.3	196	89	3	672	29	29	17	24	1.97
184272--184388	20	5.7	20	79	6	108	34	15	12	37	1.86
185222--185276	22	2.5	22	100	0	110	14	23	9	52	1.70
189321--189358	19	1.9	19	89	5	58	71	0	5	23	1.07
189595--189715	24	5.1	24	81	4	147	61	2	4	32	1.28
189595--189715	46	2.6	48	92	2	192	61	2	4	32	1.28
191062--191117	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
191169--191232	20	3.7	18	74	25	66	43	15	12	28	1.83
191187--191212	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
191169--191232	32	2.0	33	93	3	112	43	15	12	28	1.83
197394--197431	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
197543--197588	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
199193--199217	12	2.1	12	100	0	50	48	0	28	24	1.52
199865--199920	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
199972--200035	20	3.7	18	74	25	66	43	15	12	28	1.83
199990--200015	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
199972--200035	32	2.0	33	93	3	112	43	15	12	28	1.83
205154--205184	6	5.2	6	96	0	53	19	0	77	3	0.90
205505--205539	4	8.8	4	100	0	70	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206680--206719	3	13.3	3	89	0	62	0	62	2	35	1.09
210445--210507	33	1.9	33	83	6	83	41	0	0	58	0.98
210461--210512	27	1.9	27	88	7	79	38	0	0	61	0.96
210469--210513	19	2.4	19	85	7	56	37	0	0	62	0.96
213628--213662	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
214025--214055	15	2.1	15	100	0	62	41	12	6	38	1.69
214545--214587	21	2.2	19	84	12	52	60	0	0	39	0.97
215193--215231	19	2.1	19	85	9	53	41	0	0	58	0.98
218932--218962	3	10.3	3	100	0	62	67	0	32	0	0.91
219621--219676	8	6.4	9	72	15	55	48	0	0	51	1.00
219705--219766	21	2.9	21	76	17	65	54	0	0	45	0.99
219711--219772	24	2.6	24	78	16	76	58	0	0	41	0.98
219736--219794	21	2.8	20	80	12	57	54	3	0	42	1.17
219830--219908	36	2.1	38	79	11	92	51	3	0	44	1.19
219905--219982	27	2.9	28	80	14	67	17	24	1	56	1.49
219989--220023	17	2.0	18	88	5	54	8	31	5	54	1.54
220904--220944	20	2.0	20	85	0	55	41	0	2	56	1.13
220927--220973	24	2.0	24	83	8	60	36	0	8	55	1.31
222838--222909	27	2.6	27	87	10	94	20	18	34	26	1.95
222897--223278	52	7.4	51	72	11	274	30	12	26	29	1.93
222897--223066	49	3.4	50	89	5	236	28	12	27	31	1.93
222788--223278	260	1.9	259	88	2	743	30	13	27	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225642--225667	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
225654--225695	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
225720--225769	19	2.6	19	93	0	82	38	16	12	34	1.85
226602--227614	61	17.4	60	85	6	1180	25	20	28	25	1.99
226887--226972	27	3.1	27	61	9	66	23	20	30	25	1.99
226601--227614	229	4.4	226	86	8	1207	25	20	28	25	1.99
228584--228655	1	72.0	1	74	0	63	0	1	11	87	0.61
228584--228655	10	7.4	10	81	7	78	0	1	11	87	0.61
228584--228654	19	3.8	19	85	7	85	0	1	11	87	0.61
228584--228655	29	2.5	28	86	8	101	0	1	11	87	0.61
238957--238995	12	3.2	12	85	0	51	74	7	2	15	1.15
242876--242918	21	2.0	21	100	0	86	27	18	9	44	1.80
242943--242992	19	2.6	19	93	0	82	38	16	12	34	1.85
243052--243093	21	2.0	21	90	0	66	38	16	14	30	1.89
244120--244149	16	1.9	15	93	6	51	43	0	0	56	0.99
246393--246423	13	2.4	13	88	0	53	35	12	16	35	1.87
246468--246552	19	4.7	19	75	18	92	36	15	17	30	1.91
246506--246565	13	5.2	12	75	24	67	36	16	15	31	1.90
246490--246566	32	2.4	32	100	0	154	37	15	15	31	1.89
253174--253216	15	2.8	15	85	3	50	25	11	4	58	1.52
255280--255310	13	2.4	13	100	0	62	38	12	16	32	1.86
255257--255326	33	2.1	33	86	5	97	35	18	12	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255355--255410	20	2.9	19	78	2	67	39	12	17	30	1.87
255395--255425	13	2.5	13	94	5	55	38	12	16	32	1.86
255377--255439	32	2.0	32	84	12	85	41	12	15	30	1.85
255407--255458	19	2.7	19	84	3	59	40	13	13	32	1.83
261253--261335	41	2.0	42	92	2	141	43	8	7	40	1.63
261253--261316	22	3.0	21	67	28	55	40	7	6	45	1.58
263719--263762	21	2.1	21	86	0	61	36	15	13	34	1.87
265934--266000	31	2.2	31	97	0	125	43	13	16	26	1.85
267505--267629	39	3.2	39	79	2	142	32	9	17	40	1.82
267505--267669	39	4.2	39	80	6	138	32	9	16	40	1.82
267526--267668	39	3.7	38	80	10	139	33	10	16	39	1.83
267503--267669	79	2.1	77	81	7	194	33	9	16	40	1.81

Tables:   1   2

The End!